Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXD4P09016 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXD4P09016 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXD4P09016 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXD4P09016 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXD4P09016 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXD4P09016 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXD4P09016 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXD4P09016 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXD4P09016 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXD4P09016 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXD4P09016 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXD4P09016 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXD4P09016 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXD4P09016 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXD4P09016 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXD4P09016 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXD4P09016 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXD4P09016 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXD4P09016 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXD4P09016 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXD4P09016 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXD4P09016 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
HOXD4P09016 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXD4P09016 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXD4P09016 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXD4P09016 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD4P09016 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD4P09016 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD4P09016 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD4P09016 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXD4P09016 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXD4P09016 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXD4P09016 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXD4P09016 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXD4P09016 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXD4P09016 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXD4P09016 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXD4P09016 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXD4P09016 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXD4P09016 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXD4P09016 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXD4P09016 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXD4P09016 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXD4P09016 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXD4P09016 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXD4P09016 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXD4P09016 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXD4P09016 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXD4P09016 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXD4P09016 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXD4P09016 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXD4P09016 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXD4P09016 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXD4P09016 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXD4P09016 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXD4P09016 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXD4P09016 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXD4P09016 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXD4P09016 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXD4P09016 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXD4P09016 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HOXD4P09016 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXD4P09016 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXD4P09016 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.9 ms