Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 SNHG15-204ENST00000579383 731 ntTSL 214.58□□□□□ -0.081e-11■■■■■ 43.1
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SF3B1O75533 MEIS2-209ENST00000558313 1088 ntTSL 514.49□□□□□ -0.092e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 MACROD1-205ENST00000542105 431 ntTSL 214.45□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CSNK1E-201ENST00000359867 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.112e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PRDM10-204ENST00000423662 5998 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.122e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 UROD-214ENST00000478467 857 ntTSL 314.3□□□□□ -0.125e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 DCAF10-202ENST00000377724 3862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.142e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PDXDC1-218ENST00000627450 2683 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.142e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SRM-203ENST00000465788 402 ntTSL 514.18□□□□□ -0.142e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 GULP1-207ENST00000409843 2643 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.142e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SEC22A-203ENST00000466950 565 ntTSL 514.14□□□□□ -0.152e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SLC25A42-202ENST00000594070 1228 ntTSL 214.13□□□□□ -0.152e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 TMEM123-201ENST00000361236 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.152e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CAP1-209ENST00000417287 610 ntTSL 514□□□□□ -0.172e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CDK5RAP3-212ENST00000579175 867 ntTSL 313.98□□□□□ -0.171e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CAP1-214ENST00000435719 817 ntTSL 313.96□□□□□ -0.172e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SEC22A-205ENST00000477063 759 ntTSL 513.96□□□□□ -0.172e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 DDX12P-201ENST00000432996 2947 ntBASIC13.94□□□□□ -0.182e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 MACROD1-204ENST00000541041 230 ntTSL 313.9□□□□□ -0.192e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CALM1-214ENST00000557020 557 ntTSL 413.87□□□□□ -0.192e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CREBRF-203ENST00000520420 1660 ntTSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.22e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CDK5RAP3-222ENST00000581708 543 ntTSL 413.82□□□□□ -0.21e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CSNK1D-207ENST00000578194 567 ntTSL 413.8□□□□□ -0.26e-7■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 TMEM123-202ENST00000398136 3579 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.22e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 UROD-207ENST00000462688 901 ntTSL 513.66□□□□□ -0.225e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CDK5RAP3-202ENST00000536708 1975 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.251e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CSNK1E-211ENST00000451964 873 ntTSL 313.5□□□□□ -0.252e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 UBE2A-210ENST00000630695 1771 ntTSL 4 BASIC13.48□□□□□ -0.252e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 TMOD1-202ENST00000375175 2516 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.262e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 IDH1-208ENST00000481557 556 ntTSL 213.38□□□□□ -0.272e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 BAG2-201ENST00000370693 6651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.272e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 UBE2A-204ENST00000469205 686 ntTSL 213.26□□□□□ -0.292e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 OSGEP-210ENST00000556124 1546 ntTSL 513.26□□□□□ -0.292e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 YLPM1-207ENST00000552421 4899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.292e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 KDM2A-207ENST00000526258 5671 ntTSL 1 (best)13.24□□□□□ -0.292e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SMS-204ENST00000478094 488 ntTSL 413.24□□□□□ -0.292e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CDK5RAP3-217ENST00000580287 2609 ntTSL 1 (best)13.22□□□□□ -0.291e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 G2E3-210ENST00000552488 786 ntTSL 313.14□□□□□ -0.312e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PPP1R12A-201ENST00000261207 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CCNG1-201ENST00000340828 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.312e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 MORF4L1-208ENST00000558746 874 ntTSL 3 BASIC13.05□□□□□ -0.322e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SYMPK-201ENST00000245934 4195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.325e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 UBE2A-211ENST00000631185 1435 ntTSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.332e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 EXOC4-208ENST00000468932 753 ntTSL 312.95□□□□□ -0.342e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 OSGEP-206ENST00000554915 586 ntTSL 212.92□□□□□ -0.342e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 MORF4L1-210ENST00000558893 1209 ntTSL 1 (best)12.91□□□□□ -0.342e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 AC018521.1-202ENST00000641877 2655 ntBASIC12.85□□□□□ -0.351e-11■■■■■ 43.1
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SF3B1O75533 RN7SKP176-201ENST00000363673 318 ntBASIC12.7□□□□□ -0.381e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CUX1-207ENST00000465461 502 ntTSL 312.63□□□□□ -0.392e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 UROD-211ENST00000469548 1044 ntTSL 212.62□□□□□ -0.395e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 COPG1-208ENST00000513965 730 ntTSL 212.59□□□□□ -0.392e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SNHG15-210ENST00000585030 953 ntTSL 3 BASIC12.57□□□□□ -0.41e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 AC012676.5-201ENST00000624337 1955 ntBASIC12.54□□□□□ -0.42e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 FADS1-221ENST00000545986 574 ntTSL 412.53□□□□□ -0.42e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 TMEM59-201ENST00000234831 6691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.46□□□□□ -0.412e-7■■■■■ 43.1
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SF3B1O75533 CALM1-201ENST00000356978 4242 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.39□□□□□ -0.432e-6■■■■■ 43.1
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SF3B1O75533 BOLA3-AS1-203ENST00000533563 1599 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.432e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 YLPM1-201ENST00000325680 7108 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.442e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SMS-202ENST00000404933 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.24□□□□□ -0.452e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 TDG-201ENST00000266775 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.19□□□□□ -0.462e-6■■■■■ 43.1
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SF3B1O75533 ZNF175-205ENST00000600460 982 ntTSL 212.15□□□□□ -0.462e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SNHG15-201ENST00000438705 509 ntTSL 3 BASIC12.11□□□□□ -0.471e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 UBE2A-201ENST00000346330 718 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.472e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 UROD-203ENST00000434478 600 ntTSL 312.09□□□□□ -0.475e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 UROD-217ENST00000491300 884 ntTSL 512.09□□□□□ -0.475e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 COPS7B-212ENST00000436564 474 ntTSL 312.08□□□□□ -0.482e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SNHG15-208ENST00000584327 505 ntTSL 3 BASIC12.08□□□□□ -0.481e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CDK5RAP3-232ENST00000584168 2684 ntTSL 512.04□□□□□ -0.481e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 TRAPPC8-204ENST00000578252 587 ntTSL 312.01□□□□□ -0.492e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PDXDC1-217ENST00000570001 4828 ntTSL 211.9□□□□□ -0.512e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CSNK1D-226ENST00000585026 563 ntTSL 511.89□□□□□ -0.516e-7■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CDK5RAP3-204ENST00000577664 568 ntTSL 411.88□□□□□ -0.511e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 MCCC2-201ENST00000340941 3665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.512e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 UBE2A-209ENST00000629303 557 ntTSL 411.86□□□□□ -0.512e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PDXDC1-202ENST00000396410 4521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.522e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CSNK1D-210ENST00000579308 598 ntTSL 211.78□□□□□ -0.526e-7■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 BCOR-212ENST00000615339 2618 ntTSL 5 BASIC11.77□□□□□ -0.522e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 ANXA7-203ENST00000394847 648 ntTSL 511.75□□□□□ -0.534e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 MACROD1-202ENST00000538042 264 ntTSL 211.75□□□□□ -0.532e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SNHG15-209ENST00000584686 541 ntTSL 3 BASIC11.75□□□□□ -0.531e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 RAN-208ENST00000537745 1065 ntTSL 1 (best)11.71□□□□□ -0.532e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PPP1R12A-203ENST00000450142 5721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CDK5RAP3-231ENST00000584063 2759 ntTSL 1 (best)11.62□□□□□ -0.551e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PPP1R12A-202ENST00000437004 4639 ntTSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.588e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PDXDC1-216ENST00000569715 3775 ntTSL 1 (best) BASIC11.43□□□□□ -0.582e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 LUZP1-205ENST00000475164 613 ntTSL 511.42□□□□□ -0.582e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CBFA2T3-203ENST00000562719 539 ntTSL 511.4□□□□□ -0.582e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SOD2-203ENST00000367055 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.592e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 ZNF175-202ENST00000436511 488 ntTSL 2 BASIC11.32□□□□□ -0.62e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PRMT1-206ENST00000526224 578 ntTSL 311.28□□□□□ -0.62e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CDK5RAP3-214ENST00000579632 738 ntTSL 411.27□□□□□ -0.611e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 KDM2A-213ENST00000531696 4160 ntTSL 511.23□□□□□ -0.612e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 RAN-207ENST00000536606 572 ntTSL 311.21□□□□□ -0.612e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PDXDC1-214ENST00000566633 2597 ntTSL 211.13□□□□□ -0.632e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 OSGEP-209ENST00000555785 464 ntTSL 311.1□□□□□ -0.632e-6■■■■■ 43.1
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 556.5 ms