Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SKA3Q8IX90 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SKA3Q8IX90 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SKA3Q8IX90 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SKA3Q8IX90 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SKA3Q8IX90 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SKA3Q8IX90 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SKA3Q8IX90 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SKA3Q8IX90 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SKA3Q8IX90 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SKA3Q8IX90 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SKA3Q8IX90 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SKA3Q8IX90 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SKA3Q8IX90 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SKA3Q8IX90 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SKA3Q8IX90 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SKA3Q8IX90 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SKA3Q8IX90 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SKA3Q8IX90 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SKA3Q8IX90 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SKA3Q8IX90 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SKA3Q8IX90 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SKA3Q8IX90 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SKA3Q8IX90 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SKA3Q8IX90 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SKA3Q8IX90 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SKA3Q8IX90 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SKA3Q8IX90 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SKA3Q8IX90 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SKA3Q8IX90 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SKA3Q8IX90 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SKA3Q8IX90 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SKA3Q8IX90 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SKA3Q8IX90 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SKA3Q8IX90 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SKA3Q8IX90 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SKA3Q8IX90 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SKA3Q8IX90 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SKA3Q8IX90 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SKA3Q8IX90 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SKA3Q8IX90 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SKA3Q8IX90 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SKA3Q8IX90 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SKA3Q8IX90 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SKA3Q8IX90 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SKA3Q8IX90 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SKA3Q8IX90 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SKA3Q8IX90 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SKA3Q8IX90 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SKA3Q8IX90 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SKA3Q8IX90 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SKA3Q8IX90 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SKA3Q8IX90 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
SKA3Q8IX90 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SKA3Q8IX90 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SKA3Q8IX90 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SKA3Q8IX90 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SKA3Q8IX90 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SKA3Q8IX90 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SKA3Q8IX90 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
SKA3Q8IX90 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SKA3Q8IX90 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SKA3Q8IX90 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SKA3Q8IX90 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SKA3Q8IX90 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SKA3Q8IX90 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SKA3Q8IX90 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SKA3Q8IX90 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SKA3Q8IX90 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SKA3Q8IX90 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SKA3Q8IX90 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SKA3Q8IX90 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
SKA3Q8IX90 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SKA3Q8IX90 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SKA3Q8IX90 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SKA3Q8IX90 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SKA3Q8IX90 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SKA3Q8IX90 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SKA3Q8IX90 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
SKA3Q8IX90 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SKA3Q8IX90 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SKA3Q8IX90 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SKA3Q8IX90 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SKA3Q8IX90 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms