Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
TRIM40Q6P9F5 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
TRIM40Q6P9F5 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
TRIM40Q6P9F5 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
TRIM40Q6P9F5 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
TRIM40Q6P9F5 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
TRIM40Q6P9F5 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TRIM40Q6P9F5 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
TRIM40Q6P9F5 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
TRIM40Q6P9F5 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
TRIM40Q6P9F5 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
TRIM40Q6P9F5 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TRIM40Q6P9F5 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
TRIM40Q6P9F5 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
TRIM40Q6P9F5 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
TRIM40Q6P9F5 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
TRIM40Q6P9F5 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
TRIM40Q6P9F5 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
TRIM40Q6P9F5 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC26.47■■□□□ 1.83
TRIM40Q6P9F5 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
TRIM40Q6P9F5 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
TRIM40Q6P9F5 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
TRIM40Q6P9F5 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
TRIM40Q6P9F5 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
TRIM40Q6P9F5 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
TRIM40Q6P9F5 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
TRIM40Q6P9F5 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
TRIM40Q6P9F5 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
TRIM40Q6P9F5 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
TRIM40Q6P9F5 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
TRIM40Q6P9F5 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
TRIM40Q6P9F5 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
TRIM40Q6P9F5 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
TRIM40Q6P9F5 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
TRIM40Q6P9F5 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
TRIM40Q6P9F5 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
TRIM40Q6P9F5 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
TRIM40Q6P9F5 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.35■■□□□ 1.81
TRIM40Q6P9F5 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
TRIM40Q6P9F5 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
TRIM40Q6P9F5 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
TRIM40Q6P9F5 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
TRIM40Q6P9F5 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
TRIM40Q6P9F5 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRIM40Q6P9F5 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRIM40Q6P9F5 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
TRIM40Q6P9F5 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
TRIM40Q6P9F5 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRIM40Q6P9F5 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRIM40Q6P9F5 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRIM40Q6P9F5 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRIM40Q6P9F5 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TRIM40Q6P9F5 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TRIM40Q6P9F5 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRIM40Q6P9F5 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRIM40Q6P9F5 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM40Q6P9F5 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM40Q6P9F5 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM40Q6P9F5 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM40Q6P9F5 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM40Q6P9F5 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM40Q6P9F5 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM40Q6P9F5 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM40Q6P9F5 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM40Q6P9F5 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM40Q6P9F5 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM40Q6P9F5 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM40Q6P9F5 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM40Q6P9F5 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM40Q6P9F5 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM40Q6P9F5 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM40Q6P9F5 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM40Q6P9F5 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM40Q6P9F5 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM40Q6P9F5 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
TRIM40Q6P9F5 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
TRIM40Q6P9F5 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM40Q6P9F5 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRIM40Q6P9F5 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
TRIM40Q6P9F5 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRIM40Q6P9F5 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRIM40Q6P9F5 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRIM40Q6P9F5 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRIM40Q6P9F5 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRIM40Q6P9F5 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.76
TRIM40Q6P9F5 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
TRIM40Q6P9F5 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
TRIM40Q6P9F5 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM40Q6P9F5 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM40Q6P9F5 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM40Q6P9F5 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM40Q6P9F5 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM40Q6P9F5 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM40Q6P9F5 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM40Q6P9F5 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM40Q6P9F5 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM40Q6P9F5 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC26■■□□□ 1.75
TRIM40Q6P9F5 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM40Q6P9F5 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM40Q6P9F5 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.3 ms