Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.274e-6■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 ERMP1-206ENST00000489219 3293 ntTSL 1 (best)19.84■□□□□ 0.774e-6■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 ERMP1-203ENST00000462592 3554 ntTSL 218.87■□□□□ 0.614e-6■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 ERMP1-201ENST00000214893 4974 ntTSL 1 (best)11.09□□□□□ -0.634e-6■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 CSNK1D-214ENST00000580565 566 ntTSL 414.92□□□□□ -0.021e-6■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 TRAPPC8-213ENST00000584876 715 ntTSL 519.26■□□□□ 0.672e-13■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TRAPPC8-210ENST00000582513 3205 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.332e-13■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TRAPPC8-201ENST00000283351 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.172e-13■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TRAPPC8-207ENST00000580104 5014 ntTSL 215.26■□□□□ 0.032e-13■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TRAPPC8-211ENST00000582539 4391 ntTSL 1 (best) BASIC9.94□□□□□ -0.822e-13■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TRAPPC8-202ENST00000577426 437 ntTSL 54.47□□□□□ -1.692e-13■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 CTPS1-202ENST00000372621 3201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.241e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 CTPS1-201ENST00000372616 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.51□□□□□ -1.211e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 CTPS1-204ENST00000463423 457 ntTSL 55.58□□□□□ -1.521e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 CTPS1-205ENST00000464283 643 ntTSL 55.11□□□□□ -1.591e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 CTPS1-212ENST00000498694 599 ntTSL 33.75□□□□□ -1.811e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 COL9A2-202ENST00000372748 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.191e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 COL9A2-207ENST00000482722 2887 ntTSL 1 (best)15.61■□□□□ 0.091e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.068e-18■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SEC14L1-207ENST00000561721 637 ntTSL 213□□□□□ -0.338e-18■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SNHG20-203ENST00000565256 1234 ntTSL 1 (best)12.93□□□□□ -0.348e-18■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SEC14L1-206ENST00000561633 603 ntTSL 1 (best)12.88□□□□□ -0.358e-18■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SNHG20-202ENST00000434411 2143 ntTSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.418e-18■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SEC14L1-224ENST00000589827 1791 ntTSL 212.43□□□□□ -0.428e-18■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SNHG20-205ENST00000568363 786 ntTSL 1 (best)11.53□□□□□ -0.568e-18■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SEC14L1-209ENST00000564509 806 ntTSL 1 (best)11.43□□□□□ -0.588e-18■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SEC14L1-211ENST00000569632 377 ntTSL 1 (best)10.25□□□□□ -0.778e-18■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SNHG20-201ENST00000366365 1028 ntTSL 29.16□□□□□ -0.948e-18■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SCARNA16-201ENST00000515981 187 ntBASIC9.1□□□□□ -0.958e-18■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SEC14L1-208ENST00000564414 528 ntTSL 1 (best)5.39□□□□□ -1.558e-18■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SEC14L1-210ENST00000568056 424 ntTSL 1 (best)3.85□□□□□ -1.798e-18■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TAF1D-213ENST00000529900 1066 ntTSL 24.5□□□□□ -1.693e-12■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.77e-10■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.087e-10■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 QPRT-201ENST00000219771 913 ntTSL 215.3■□□□□ 0.047e-10■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 QPRT-204ENST00000564967 2199 nt13.9□□□□□ -0.187e-10■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TTC3-205ENST00000411496 893 ntTSL 35.98□□□□□ -1.451e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TTC3-220ENST00000487711 925 ntTSL 54.61□□□□□ -1.671e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TTC3-214ENST00000472398 2305 ntTSL 1 (best)3.28□□□□□ -1.881e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 LGALS8-226ENST00000529796 556 ntTSL 410.04□□□□□ -0.86e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ARID3A-204ENST00000585895 377 ntTSL 224.27■■□□□ 1.482e-15■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-205ENST00000467980 899 ntTSL 324.11■■□□□ 1.452e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.272e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.212e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.042e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-206ENST00000469309 910 ntTSL 221.45■■□□□ 1.022e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-215ENST00000495535 672 ntTSL 321.3■■□□□ 12e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-219ENST00000522266 480 ntTSL 221.3■■□□□ 12e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SORBS3-210ENST00000520574 699 ntTSL 320.56■□□□□ 0.882e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.872e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TCP1-209ENST00000538128 557 ntTSL 420.47■□□□□ 0.872e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.772e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.732e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TAOK2-205ENST00000566552 2372 ntTSL 219.18■□□□□ 0.662e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 NPEPL1-205ENST00000527081 2061 ntTSL 219.07■□□□□ 0.642e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TCP1-208ENST00000537390 691 ntTSL 519.04■□□□□ 0.642e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.622e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.522e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.522e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.422e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 KIAA0368-201ENST00000259335 7391 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.352e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-209ENST00000479668 3182 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.342e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-208ENST00000475514 1192 ntTSL 517.1■□□□□ 0.332e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-201ENST00000397281 3292 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.322e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-213ENST00000488943 1262 ntTSL 516.97■□□□□ 0.312e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-207ENST00000473391 1064 ntTSL 216.48■□□□□ 0.232e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TCP1-206ENST00000536607 572 ntTSL 216.46■□□□□ 0.232e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-216ENST00000518462 621 ntTSL 416.3■□□□□ 0.22e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 OPLAH-203ENST00000567871 792 ntTSL 516.27■□□□□ 0.22e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SPAG9-222ENST00000618113 8246 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.182e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 VARS2-202ENST00000421263 460 ntTSL 216.06■□□□□ 0.162e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SPAG9-201ENST00000262013 8273 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.162e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 DNAJC7-202ENST00000426588 1774 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.142e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TCP1-213ENST00000543517 561 ntTSL 415.87■□□□□ 0.132e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SLC9A3R1-203ENST00000578958 714 ntTSL 215.13■□□□□ 0.012e-15■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -02e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 NPEPL1-209ENST00000533788 899 ntTSL 514.58□□□□□ -0.082e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.122e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC14.19□□□□□ -0.142e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 KLF6-203ENST00000461124 764 ntTSL 513.47□□□□□ -0.252e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 KIAA0368-202ENST00000338205 7078 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.272e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATP5G3-204ENST00000472782 686 ntTSL 213.15□□□□□ -0.32e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 CCT5-209ENST00000511700 582 ntTSL 313.11□□□□□ -0.312e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 KLF6-201ENST00000173785 925 ntTSL 212.53□□□□□ -0.42e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-218ENST00000519397 583 ntTSL 412.52□□□□□ -0.412e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 DNAJC7-211ENST00000588814 1719 ntTSL 212.28□□□□□ -0.442e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ACTN4-205ENST00000477174 544 ntTSL 312.01□□□□□ -0.492e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATP5G3-205ENST00000497075 1313 ntTSL 211.7□□□□□ -0.542e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-211ENST00000486714 824 ntTSL 511.28□□□□□ -0.62e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SLC9A3R1-204ENST00000581356 519 ntTSL 311.23□□□□□ -0.612e-15■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ARID3A-207ENST00000592216 564 ntTSL 211.16□□□□□ -0.622e-15■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 CCT5-203ENST00000503026 1933 ntTSL 2 BASIC11.04□□□□□ -0.642e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATP5G3-201ENST00000284727 5484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.97□□□□□ -0.652e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 DNAJC7-216ENST00000589810 1058 ntTSL 1 (best)10.52□□□□□ -0.732e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SPAG9-206ENST00000506483 848 ntTSL 310.47□□□□□ -0.732e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 KLF6-205ENST00000492125 432 ntTSL 1 (best)10.17□□□□□ -0.782e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATP5G3-203ENST00000409194 795 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.59□□□□□ -0.872e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 NEMF-213ENST00000556925 3699 ntTSL 59.56□□□□□ -0.882e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 FASN-213ENST00000637693 100 ntTSL 59.2□□□□□ -0.942e-15■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 CCT5-213ENST00000515390 1728 ntTSL 2 BASIC8.93□□□□□ -0.982e-6■□□□□ 9.2
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