Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 WDR48-202ENST00000413099 2300 ntTSL 26.83□□□□□ -1.324e-7■■■■■ 120.5
SF3B1O75533 WDR48-203ENST00000420940 3772 ntTSL 1 (best)5.96□□□□□ -1.464e-7■■■■■ 120.5
SF3B1O75533 SBNO2-207ENST00000590176 561 ntTSL 420.71■□□□□ 0.917e-7■■■■■ 120.5
SF3B1O75533 SBNO2-205ENST00000587655 914 ntTSL 317.45■□□□□ 0.387e-7■■■■■ 120.5
SF3B1O75533 MAP2K1-202ENST00000425818 1338 ntTSL 524.27■■□□□ 1.483e-6■■■■■ 120.4
SF3B1O75533 DOCK2-201ENST00000256935 6097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.553e-6■■■■■ 120.4
SF3B1O75533 DOCK2-216ENST00000524185 5656 ntTSL 1 (best)8.36□□□□□ -1.073e-6■■■■■ 120.4
SF3B1O75533 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.434e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.034e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.014e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.814e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 RGS12-210ENST00000506631 1530 ntTSL 1 (best)26.12■■□□□ 1.779e-10■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 SIPA1L1-210ENST00000555652 379 ntTSL 325.72■■□□□ 1.714e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 MBD3-211ENST00000592965 568 ntTSL 425.63■■□□□ 1.694e-15■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.684e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.524e-15■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TRIM8-202ENST00000462202 891 ntTSL 523.62■■□□□ 1.374e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 SLC38A9-208ENST00000504880 2040 ntTSL 523.54■■□□□ 1.364e-8■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TPCN2-204ENST00000535009 2175 ntTSL 223.12■■□□□ 1.293e-8■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TRMU-204ENST00000441818 1793 ntTSL 1 (best)22.34■■□□□ 1.175e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 NCOA2-205ENST00000520416 526 ntTSL 322.1■■□□□ 1.134e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TRMU-207ENST00000457572 1882 ntTSL 221.52■■□□□ 1.045e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TRMU-205ENST00000453630 1775 ntTSL 221.52■■□□□ 1.045e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TRMU-203ENST00000381021 1830 ntTSL 221.44■■□□□ 1.025e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.024e-15■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TRMU-206ENST00000456595 1688 ntTSL 1 (best)21.29■■□□□ 15e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.995e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 SIPA1L1-212ENST00000555989 569 ntTSL 420.66■□□□□ 0.94e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.894e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.855e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.854e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.845e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.74e-15■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TMEM241-212ENST00000578790 664 ntTSL 319.42■□□□□ 0.74e-8■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 RGS12-224ENST00000514268 2751 ntTSL 519.33■□□□□ 0.699e-10■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 SIPA1L1-214ENST00000556780 591 ntTSL 519.33■□□□□ 0.694e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.654e-15■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 MBD3-204ENST00000585967 583 ntTSL 418.82■□□□□ 0.64e-15■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 MBD3-210ENST00000592361 907 ntTSL 518.82■□□□□ 0.64e-15■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 RGS12-222ENST00000513784 710 ntTSL 218.38■□□□□ 0.539e-10■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.524e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.514e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TRMU-209ENST00000465378 610 ntTSL 418.23■□□□□ 0.515e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 SIPA1L1-216ENST00000557151 744 ntTSL 318.06■□□□□ 0.484e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 RRP1-202ENST00000471909 2544 ntTSL 1 (best)17.86■□□□□ 0.455e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.444e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.434e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TRMU-218ENST00000496831 576 ntTSL 417.64■□□□□ 0.415e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.389e-10■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 AC022098.1-202ENST00000588658 686 ntTSL 217.38■□□□□ 0.374e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 LDLRAD3-205ENST00000532490 562 ntTSL 417.35■□□□□ 0.374e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 IDH3G-205ENST00000444338 597 ntTSL 317.2■□□□□ 0.344e-8■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TRMU-215ENST00000486620 814 ntTSL 317.03■□□□□ 0.325e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.194e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 FYN-205ENST00000368682 3234 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.174e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.144e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.124e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 PITPNM2-204ENST00000451868 1639 ntTSL 1 (best)15.63■□□□□ 0.094e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 MAD1L1-219ENST00000481633 548 ntTSL 215.61■□□□□ 0.094e-8■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 CD59-201ENST00000351554 1775 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.051e-7■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 RRP1-201ENST00000467112 3019 ntTSL 1 (best)15.35■□□□□ 0.055e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 PITPNM2-202ENST00000320201 6736 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.044e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 NDUFB6-203ENST00000379847 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.045e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 SLC38A9-202ENST00000396865 2927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.014e-8■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 SEC14L1-207ENST00000561721 637 ntTSL 215.08■□□□□ 05e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 FYN-202ENST00000354650 3628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 04e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 PPM1A-203ENST00000395076 8184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.014e-8■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TMEM241-209ENST00000577448 578 ntTSL 214.95□□□□□ -0.024e-8■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 CD59-210ENST00000528700 652 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.031e-7■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TMEM108-209ENST00000514529 555 ntTSL 414.83□□□□□ -0.044e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 NDUFB6-202ENST00000366466 761 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.055e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 MED27-203ENST00000444872 433 ntTSL 514.67□□□□□ -0.064e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 PITPNM2-201ENST00000280562 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.074e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 RIC1-201ENST00000251879 4127 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.094e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 BSDC1-207ENST00000463967 616 ntTSL 314.37□□□□□ -0.114e-8■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 ARHGEF2-205ENST00000423422 420 ntTSL 314.35□□□□□ -0.114e-8■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 LDLRAD3-202ENST00000524419 1996 ntTSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.134e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 ZC3H18-201ENST00000301011 3729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.184e-7■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 RGS12-201ENST00000336727 4674 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.29e-10■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 RIC1-204ENST00000418622 6658 ntTSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.214e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 RIC1-203ENST00000414202 6774 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.224e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 GPHN-202ENST00000459628 1723 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.224e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 RGS12-204ENST00000382788 5512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.259e-10■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 GPHN-203ENST00000478722 4297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.264e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 ZC3H18-202ENST00000452588 3211 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.324e-7■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 HCLS1-205ENST00000473883 2710 ntTSL 212.67□□□□□ -0.385e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 FYN-203ENST00000368667 2416 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC12.61□□□□□ -0.394e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 MARCH5-201ENST00000358935 3926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.414e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 ZC3H18-210ENST00000567085 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 512.44□□□□□ -0.424e-7■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 C2orf88-201ENST00000340623 4035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.444e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 FYN-201ENST00000229471 2009 ntTSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.464e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 CAMSAP1-210ENST00000493088 429 ntTSL 311.82□□□□□ -0.524e-8■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 LDLRAD3-201ENST00000315571 3798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.524e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 DAB2-207ENST00000507539 931 ntTSL 511.75□□□□□ -0.534e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 NOD1-201ENST00000222823 4499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.544e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 TRMU-213ENST00000485175 731 ntTSL 511.28□□□□□ -0.65e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 DAB2-202ENST00000339788 3690 ntTSL 5 BASIC11.26□□□□□ -0.614e-6■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 NDUFB6-201ENST00000350021 666 ntTSL 2 BASIC11.19□□□□□ -0.625e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 C1orf61-227ENST00000615748 768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.18□□□□□ -0.625e-12■■■■■ 120.3
SF3B1O75533 NOD1-206ENST00000434755 4610 ntTSL 211.03□□□□□ -0.644e-6■■■■■ 120.3
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1267.9 ms