Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHFRQ96EP1 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
CHFRQ96EP1 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHFRQ96EP1 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHFRQ96EP1 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.4 ms