Protein–RNA interactions for Protein: Q92547

TOPBP1, DNA topoisomerase 2-binding protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,522 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TOPBP1Q92547 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC59,51■■■■■ 7,12
TOPBP1Q92547 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC59,47■■■■■ 7,11
TOPBP1Q92547 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC58,76■■■■■ 7
TOPBP1Q92547 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC58,17■■■■■ 6,9
TOPBP1Q92547 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC57,5■■■■■ 6,79
TOPBP1Q92547 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC56,95■■■■■ 6,71
TOPBP1Q92547 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC56,82■■■■■ 6,69
TOPBP1Q92547 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC56,74■■■■■ 6,67
TOPBP1Q92547 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC56,69■■■■■ 6,67
TOPBP1Q92547 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC56,5■■■■■ 6,64
TOPBP1Q92547 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC56,41■■■■■ 6,62
TOPBP1Q92547 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC56,39■■■■■ 6,62
TOPBP1Q92547 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC56,35■■■■■ 6,61
TOPBP1Q92547 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC56,31■■■■■ 6,6
TOPBP1Q92547 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC56,23■■■■■ 6,59
TOPBP1Q92547 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC55,89■■■■■ 6,54
TOPBP1Q92547 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC55,44■■■■■ 6,47
TOPBP1Q92547 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC55,42■■■■■ 6,46
TOPBP1Q92547 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC55,29■■■■■ 6,44
TOPBP1Q92547 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC55,14■■■■■ 6,42
TOPBP1Q92547 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC55,05■■■■■ 6,4
TOPBP1Q92547 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC55,05■■■■■ 6,4
TOPBP1Q92547 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54,98■■■■■ 6,39
TOPBP1Q92547 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC54,88■■■■■ 6,38
TOPBP1Q92547 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54,8■■■■■ 6,36
TOPBP1Q92547 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC54,64■■■■■ 6,34
TOPBP1Q92547 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC54,57■■■■■ 6,33
TOPBP1Q92547 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC54,55■■■■■ 6,32
TOPBP1Q92547 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC54,38■■■■■ 6,3
TOPBP1Q92547 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC54,31■■■■■ 6,28
TOPBP1Q92547 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC54,24■■■■■ 6,27
TOPBP1Q92547 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC54,06■■■■■ 6,24
TOPBP1Q92547 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC54■■■■■ 6,23
TOPBP1Q92547 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC53,84■■■■■ 6,21
TOPBP1Q92547 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC53,74■■■■■ 6,19
TOPBP1Q92547 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC53,69■■■■■ 6,19
TOPBP1Q92547 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC53,63■■■■■ 6,18
TOPBP1Q92547 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC53,46■■■■■ 6,15
TOPBP1Q92547 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC53,36■■■■■ 6,13
TOPBP1Q92547 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC53,26■■■■■ 6,12
TOPBP1Q92547 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC53,11■■■■■ 6,09
TOPBP1Q92547 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC52,93■■■■■ 6,06
TOPBP1Q92547 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC52,79■■■■■ 6,04
TOPBP1Q92547 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC52,7■■■■■ 6,03
TOPBP1Q92547 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC52,69■■■■■ 6,03
TOPBP1Q92547 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC52,68■■■■■ 6,02
TOPBP1Q92547 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC52,64■■■■■ 6,02
TOPBP1Q92547 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC52,46■■■■■ 5,99
TOPBP1Q92547 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC52,43■■■■■ 5,98
TOPBP1Q92547 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC52,43■■■■■ 5,98
TOPBP1Q92547 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC52,43■■■■■ 5,98
TOPBP1Q92547 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC52,43■■■■■ 5,98
TOPBP1Q92547 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC52,4■■■■■ 5,98
TOPBP1Q92547 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52,39■■■■■ 5,98
TOPBP1Q92547 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC52,37■■■■■ 5,97
TOPBP1Q92547 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC52,33■■■■■ 5,97
TOPBP1Q92547 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52,32■■■■■ 5,97
TOPBP1Q92547 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC52,3■■■■■ 5,96
TOPBP1Q92547 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC52,29■■■■■ 5,96
TOPBP1Q92547 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC52,09■■■■■ 5,93
TOPBP1Q92547 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52,04■■■■■ 5,92
TOPBP1Q92547 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC51,99■■■■■ 5,91
TOPBP1Q92547 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51,98■■■■■ 5,91
TOPBP1Q92547 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC51,92■■■■■ 5,9
TOPBP1Q92547 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51,88■■■■■ 5,9
TOPBP1Q92547 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC51,82■■■■■ 5,89
TOPBP1Q92547 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC51,79■■■■■ 5,88
TOPBP1Q92547 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC51,74■■■■■ 5,87
TOPBP1Q92547 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC51,72■■■■■ 5,87
TOPBP1Q92547 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC51,69■■■■■ 5,87
TOPBP1Q92547 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC51,69■■■■■ 5,87
TOPBP1Q92547 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC51,62■■■■■ 5,85
TOPBP1Q92547 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC51,59■■■■■ 5,85
TOPBP1Q92547 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC51,54■■■■■ 5,84
TOPBP1Q92547 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51,53■■■■■ 5,84
TOPBP1Q92547 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC51,53■■■■■ 5,84
TOPBP1Q92547 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51,5■■■■■ 5,83
TOPBP1Q92547 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC51,48■■■■■ 5,83
TOPBP1Q92547 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51,44■■■■■ 5,82
TOPBP1Q92547 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC51,37■■■■■ 5,81
TOPBP1Q92547 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51,35■■■■■ 5,81
TOPBP1Q92547 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51,33■■■■■ 5,81
TOPBP1Q92547 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC51,33■■■■■ 5,81
TOPBP1Q92547 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC51,21■■■■■ 5,79
TOPBP1Q92547 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC51,2■■■■■ 5,79
TOPBP1Q92547 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC51,19■■■■■ 5,79
TOPBP1Q92547 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51,18■■■■■ 5,78
TOPBP1Q92547 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC51,17■■■■■ 5,78
TOPBP1Q92547 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC51,14■■■■■ 5,78
TOPBP1Q92547 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC51,13■■■■■ 5,78
TOPBP1Q92547 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC51,13■■■■■ 5,78
TOPBP1Q92547 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51,1■■■■■ 5,77
TOPBP1Q92547 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC51,08■■■■■ 5,77
TOPBP1Q92547 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC51,08■■■■■ 5,77
TOPBP1Q92547 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51,05■■■■■ 5,76
TOPBP1Q92547 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC51,04■■■■■ 5,76
TOPBP1Q92547 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC51,01■■■■■ 5,76
TOPBP1Q92547 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC51■■■■■ 5,75
TOPBP1Q92547 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC50,93■■■■■ 5,74
TOPBP1Q92547 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC50,93■■■■■ 5,74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11,9 ms