RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000563952.1

CMTM4-204, Transcript of CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 4, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CMTM4, Length 1,023 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CMTM4-204ENST00000563952 NISCHQ9Y2I1 1504 aa75.29■■■■■ 9.64
CMTM4-204ENST00000563952 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa67.11■■■■■ 8.33
CMTM4-204ENST00000563952 ABCC9O60706 1549 aa66.14■■■■■ 8.18
CMTM4-204ENST00000563952 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa63.39■■■■■ 7.74
CMTM4-204ENST00000563952 DCAF8L2P0C7V8 631 aa63.21■■■■■ 7.71
CMTM4-204ENST00000563952 NACADO15069 1562 aa63.18■■■■■ 7.71
CMTM4-204ENST00000563952 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP62.62■■■■■ 7.61
CMTM4-204ENST00000563952 MYO15BQ96JP2 1530 aa62.6■■■■■ 7.61
CMTM4-204ENST00000563952 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa62.2■■■■■ 7.55
CMTM4-204ENST00000563952 UNC13AQ9UPW8 1703 aa61.99■■■■■ 7.51
CMTM4-204ENST00000563952 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP61.76■■■■■ 7.48
CMTM4-204ENST00000563952 BICRAQ9NZM4 1560 aa61.48■■■■■ 7.43
CMTM4-204ENST00000563952 SCRIBQ14160 1630 aa61.3■■■■■ 7.4
CMTM4-204ENST00000563952 DNAJC5BQ9UF47 199 aa61.05■■■■■ 7.36
CMTM4-204ENST00000563952 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa60.71■■■■■ 7.31
CMTM4-204ENST00000563952 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP59.9■■■■■ 7.18
CMTM4-204ENST00000563952 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa59.79■■■■■ 7.16
CMTM4-204ENST00000563952 CECR2Q9BXF3 1484 aa59.45■■■■■ 7.11
CMTM4-204ENST00000563952 SMARCA4P51532 1647 aa58.53■■■■■ 6.96
CMTM4-204ENST00000563952 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP58.38■■■■■ 6.94
CMTM4-204ENST00000563952 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa58.3■■■■■ 6.92
CMTM4-204ENST00000563952 NCAPD3P42695 1498 aa58.29■■■■■ 6.92
CMTM4-204ENST00000563952 SMARCA2P51531 1590 aa58.2■■■■■ 6.91
CMTM4-204ENST00000563952 MROH2BQ7Z745 1585 aa58.05■■■■■ 6.88
CMTM4-204ENST00000563952 HMGXB3Q12766 1538 aa57.98■■■■■ 6.87
CMTM4-204ENST00000563952 PEG3Q9GZU2 1588 aa57.9■■■■■ 6.86
CMTM4-204ENST00000563952 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP57.83■■■■■ 6.85
CMTM4-204ENST00000563952 WIZO95785 1651 aa57.44■■■■■ 6.79
CMTM4-204ENST00000563952 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP57.21■■■■■ 6.75
CMTM4-204ENST00000563952 NESP48681 1621 aa57.11■■■■■ 6.73
CMTM4-204ENST00000563952 ERCC6Q03468 1493 aa57.05■■■■■ 6.72
CMTM4-204ENST00000563952 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa56.84■■■■■ 6.69
CMTM4-204ENST00000563952 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP56.76■■■■■ 6.68
CMTM4-204ENST00000563952 CADPSQ9ULU8 1353 aa56.6■■■■■ 6.65
CMTM4-204ENST00000563952 CUX2O14529 1486 aa56.51■■■■■ 6.64
CMTM4-204ENST00000563952 PDS5BQ9NTI5 1447 aa56.48■■■■■ 6.63
CMTM4-204ENST00000563952 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa56.43■■■■■ 6.62
CMTM4-204ENST00000563952 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP56.3■■■■■ 6.6
CMTM4-204ENST00000563952 CFTRP13569 1480 aa56.17■■■■■ 6.58
CMTM4-204ENST00000563952 CCDC88BA6NC98 1476 aa56.1■■■■■ 6.57
CMTM4-204ENST00000563952 FANCD2Q9BXW9 1451 aa55.99■■■■■ 6.55
CMTM4-204ENST00000563952 MRC2Q9UBG0 1479 aa55.95■■■■■ 6.55
CMTM4-204ENST00000563952 CEP164Q9UPV0 1460 aa55.95■■■■■ 6.55
CMTM4-204ENST00000563952 WDR62O43379 1518 aa55.77■■■■■ 6.52
CMTM4-204ENST00000563952 PRDM2Q13029 1718 aa55.76■■■■■ 6.52
CMTM4-204ENST00000563952 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa55.71■■■■■ 6.51
CMTM4-204ENST00000563952 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP55.57■■■■■ 6.49
CMTM4-204ENST00000563952 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP55.46■■■■■ 6.47
CMTM4-204ENST00000563952 TOPBP1Q92547 1522 aa55.05■■■■■ 6.4
CMTM4-204ENST00000563952 ABCC8Q09428 1581 aa54.97■■■■■ 6.39
CMTM4-204ENST00000563952 DNMBPQ6XZF7 1577 aa54.93■■■■■ 6.38
CMTM4-204ENST00000563952 IFT140Q96RY7 1462 aa54.78■■■■■ 6.36
CMTM4-204ENST00000563952 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP54.6■■■■■ 6.33
CMTM4-204ENST00000563952 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP54.54■■■■■ 6.32
CMTM4-204ENST00000563952 CUX1P39880 1505 aa54.49■■■■■ 6.31
CMTM4-204ENST00000563952 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP54.46■■■■■ 6.31
CMTM4-204ENST00000563952 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP54.38■■■■■ 6.3
CMTM4-204ENST00000563952 FGD5Q6ZNL6 1462 aa54.37■■■■■ 6.29
CMTM4-204ENST00000563952 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa54.35■■■■■ 6.29
CMTM4-204ENST00000563952 SOGA1O94964 1423 aa54.32■■■■■ 6.29
CMTM4-204ENST00000563952 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP54.25■■■■■ 6.28
CMTM4-204ENST00000563952 OSCARQ8IYS5 282 aa54.13■■■■■ 6.26
CMTM4-204ENST00000563952 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP54.09■■■■■ 6.25
CMTM4-204ENST00000563952 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP53.97■■■■■ 6.23
CMTM4-204ENST00000563952 WDR97A6NE52 1622 aa53.95■■■■■ 6.23
CMTM4-204ENST00000563952 TOP2BQ02880 1626 aa53.9■■■■■ 6.22
CMTM4-204ENST00000563952 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa53.9■■■■■ 6.22
CMTM4-204ENST00000563952 SYNJ1O43426 1573 aa53.89■■■■■ 6.22
CMTM4-204ENST00000563952 CHD1O14646 1710 aa53.8■■■■■ 6.2
CMTM4-204ENST00000563952 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa53.78■■■■■ 6.2
CMTM4-204ENST00000563952 FBLN2P98095 1184 aa53.75■■■■■ 6.2
CMTM4-204ENST00000563952 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa53.74■■■■■ 6.19
CMTM4-204ENST00000563952 GRIN2BQ13224 1484 aa53.72■■■■■ 6.19
CMTM4-204ENST00000563952 GAPVD1Q14C86 1478 aa53.69■■■■■ 6.19
CMTM4-204ENST00000563952 PBRM1Q86U86 1689 aa53.63■■■■■ 6.18
CMTM4-204ENST00000563952 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa53.63■■■■■ 6.18
CMTM4-204ENST00000563952 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP53.61■■■■■ 6.17
CMTM4-204ENST00000563952 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP53.48■■■■■ 6.15
CMTM4-204ENST00000563952 SYNJ2O15056 1496 aa53.42■■■■■ 6.14
CMTM4-204ENST00000563952 TRIM41Q8WV44 630 aa53.4■■■■■ 6.14
CMTM4-204ENST00000563952 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa53.35■■■■■ 6.13
CMTM4-204ENST00000563952 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa53.35■■■■■ 6.13
CMTM4-204ENST00000563952 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa53.35■■■■■ 6.13
CMTM4-204ENST00000563952 ARHGEF11O15085 1522 aa53.27■■■■■ 6.12
CMTM4-204ENST00000563952 ADAMTS12P58397 1594 aa53.16■■■■■ 6.1
CMTM4-204ENST00000563952 CLASP1Q7Z460 1538 aa53.14■■■■■ 6.1
CMTM4-204ENST00000563952 ERICH3Q5RHP9 1530 aa53.13■■■■■ 6.1
CMTM4-204ENST00000563952 GRIN2AQ12879 1464 aa53.03■■■■■ 6.08
CMTM4-204ENST00000563952 FHAD1B1AJZ9 1412 aa53.03■■■■■ 6.08
CMTM4-204ENST00000563952 KIF27Q86VH2 1401 aa52.88■■■■■ 6.06
CMTM4-204ENST00000563952 CYB5RLQ6IPT4 315 aa52.83■■■■■ 6.05
CMTM4-204ENST00000563952 CEP170Q5SW79 1584 aa52.81■■■■■ 6.05
CMTM4-204ENST00000563952 ARAP1Q96P48 1450 aa52.81■■■■■ 6.04
CMTM4-204ENST00000563952 NUP160Q12769 1436 aa52.79■■■■■ 6.04
CMTM4-204ENST00000563952 IGF1RP08069 1367 aa52.7■■■■■ 6.03
CMTM4-204ENST00000563952 CUL7Q14999 1698 aa52.6■■■■■ 6.01
CMTM4-204ENST00000563952 SHROOM2Q13796 1616 aa52.45■■■■■ 5.99
CMTM4-204ENST00000563952 ERCC6L2Q5T890 1561 aa52.43■■■■■ 5.98
CMTM4-204ENST00000563952 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa52.39■■■■■ 5.98
CMTM4-204ENST00000563952 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa52.39■■■■■ 5.98
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 83.1 ms