Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC37.61■■■■□ 3.61
COL6A3P12111 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.4■■■■□ 3.58
COL6A3P12111 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
COL6A3P12111 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC36.56■■■■□ 3.44
COL6A3P12111 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
COL6A3P12111 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
COL6A3P12111 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.06■■■■□ 3.36
COL6A3P12111 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.35
COL6A3P12111 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC35.85■■■■□ 3.33
COL6A3P12111 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.77■■■■□ 3.32
COL6A3P12111 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.76■■■■□ 3.32
COL6A3P12111 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
COL6A3P12111 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
COL6A3P12111 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC35.25■■■■□ 3.23
COL6A3P12111 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
COL6A3P12111 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC35.04■■■■□ 3.2
COL6A3P12111 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.96■■■■□ 3.19
COL6A3P12111 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC34.94■■■■□ 3.18
COL6A3P12111 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC34.92■■■■□ 3.18
COL6A3P12111 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
COL6A3P12111 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.77■■■■□ 3.16
COL6A3P12111 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC34.61■■■■□ 3.13
COL6A3P12111 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
COL6A3P12111 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
COL6A3P12111 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC34.5■■■■□ 3.11
COL6A3P12111 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
COL6A3P12111 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC34.43■■■■□ 3.1
COL6A3P12111 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC34.4■■■■□ 3.1
COL6A3P12111 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
COL6A3P12111 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
COL6A3P12111 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.15■■■■□ 3.06
COL6A3P12111 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
COL6A3P12111 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC34.02■■■■□ 3.04
COL6A3P12111 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
COL6A3P12111 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
COL6A3P12111 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
COL6A3P12111 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
COL6A3P12111 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.77■■■■□ 3
COL6A3P12111 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC33.76■■■■□ 3
COL6A3P12111 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
COL6A3P12111 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC33.7■■■□□ 2.99
COL6A3P12111 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.68■■■□□ 2.98
COL6A3P12111 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
COL6A3P12111 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.64■■■□□ 2.98
COL6A3P12111 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC33.57■■■□□ 2.96
COL6A3P12111 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.57■■■□□ 2.96
COL6A3P12111 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL6A3P12111 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
COL6A3P12111 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC33.47■■■□□ 2.95
COL6A3P12111 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
COL6A3P12111 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
COL6A3P12111 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.17■■■□□ 2.9
COL6A3P12111 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC33.17■■■□□ 2.9
COL6A3P12111 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
COL6A3P12111 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
COL6A3P12111 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
COL6A3P12111 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC33.11■■■□□ 2.89
COL6A3P12111 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC33.1■■■□□ 2.89
COL6A3P12111 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC33.09■■■□□ 2.89
COL6A3P12111 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC33.08■■■□□ 2.89
COL6A3P12111 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC33.08■■■□□ 2.89
COL6A3P12111 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
COL6A3P12111 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC32.91■■■□□ 2.86
COL6A3P12111 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
COL6A3P12111 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC32.82■■■□□ 2.84
COL6A3P12111 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC32.81■■■□□ 2.84
COL6A3P12111 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.8■■■□□ 2.84
COL6A3P12111 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC32.77■■■□□ 2.84
COL6A3P12111 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
COL6A3P12111 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
COL6A3P12111 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
COL6A3P12111 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC32.74■■■□□ 2.83
COL6A3P12111 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
COL6A3P12111 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC32.73■■■□□ 2.83
COL6A3P12111 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC32.71■■■□□ 2.83
COL6A3P12111 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.82
COL6A3P12111 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC32.7■■■□□ 2.82
COL6A3P12111 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC32.64■■■□□ 2.82
COL6A3P12111 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC32.62■■■□□ 2.81
COL6A3P12111 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
COL6A3P12111 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
COL6A3P12111 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC32.58■■■□□ 2.81
COL6A3P12111 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
COL6A3P12111 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
COL6A3P12111 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
COL6A3P12111 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
COL6A3P12111 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
COL6A3P12111 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC32.44■■■□□ 2.78
COL6A3P12111 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC32.43■■■□□ 2.78
COL6A3P12111 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
COL6A3P12111 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC32.41■■■□□ 2.78
COL6A3P12111 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC32.4■■■□□ 2.78
COL6A3P12111 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
COL6A3P12111 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC32.38■■■□□ 2.77
COL6A3P12111 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
COL6A3P12111 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC32.29■■■□□ 2.76
COL6A3P12111 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC32.29■■■□□ 2.76
COL6A3P12111 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
COL6A3P12111 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
COL6A3P12111 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC32.13■■■□□ 2.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.5 ms