Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 TRAPPC11-209ENST00000512476 2546 ntTSL 1 (best) BASIC6.1□□□□□ -1.432e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TTF2-201ENST00000369466 9462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.09□□□□□ -1.442e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 CYTH1-211ENST00000589768 988 ntTSL 36.05□□□□□ -1.442e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 LAMTOR2-204ENST00000463371 462 ntTSL 35.75□□□□□ -1.492e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 LTBR-212ENST00000543542 367 ntTSL 25.72□□□□□ -1.492e-10■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 SF3B1-210ENST00000482158 772 ntTSL 25.57□□□□□ -1.522e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 USP3-212ENST00000559276 554 ntTSL 45.39□□□□□ -1.552e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-213ENST00000490946 478 ntTSL 55.36□□□□□ -1.552e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 SUCO-206ENST00000608673 583 ntTSL 45.22□□□□□ -1.572e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 PAIP1-210ENST00000515338 726 ntTSL 55.17□□□□□ -1.582e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TRIM33-205ENST00000478032 536 ntTSL 25.1□□□□□ -1.592e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TRAPPC11-208ENST00000511955 2342 ntTSL 25.02□□□□□ -1.612e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-206ENST00000455892 530 ntTSL 44.64□□□□□ -1.672e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-223ENST00000638581 1203 ntTSL 54.64□□□□□ -1.672e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 CFAP20-204ENST00000564150 481 ntTSL 24.55□□□□□ -1.682e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 SRSF11-208ENST00000463859 1035 ntTSL 54.34□□□□□ -1.712e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 RBM5-224ENST00000493993 476 ntTSL 24.07□□□□□ -1.762e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 IBTK-203ENST00000445419 3663 ntTSL 24.05□□□□□ -1.762e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 MDM2-229ENST00000543046 432 ntTSL 34.01□□□□□ -1.772e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 SRSF11-205ENST00000460795 528 ntTSL 23.97□□□□□ -1.772e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 GTF3A-208ENST00000493903 748 ntTSL 33.97□□□□□ -1.772e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 USP34-222ENST00000498268 497 ntTSL 33.85□□□□□ -1.792e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 GTF3A-207ENST00000482655 829 ntTSL 23.77□□□□□ -1.812e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 DONSON-212ENST00000460557 786 ntTSL 23.63□□□□□ -1.832e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 PDE8A-206ENST00000557819 575 ntTSL 43.27□□□□□ -1.892e-6■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ABCA8-211ENST00000589533 2106 ntTSL 53.25□□□□□ -1.892e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 PPP2R2D-206ENST00000517472 573 ntTSL 32.77□□□□□ -1.978e-14■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 NAP1L4-205ENST00000455338 352 ntTSL 52.22□□□□□ -2.052e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 MIR6845-201ENST00000613182 61 ntBASIC1.67□□□□□ -2.142e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 SENP6-212ENST00000503501 2041 ntTSL 21.35□□□□□ -2.192e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 RNU6-42P-201ENST00000384165 107 ntBASIC1.33□□□□□ -2.23e-20■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 CFAP20-202ENST00000562443 276 ntTSL 50.63□□□□□ -2.312e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 GRK6-208ENST00000511244 555 ntTSL 415.39■□□□□ 0.054e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 COPB1-201ENST00000249923 3481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.77□□□□□ -0.851e-6■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 COPB1-202ENST00000439561 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.96□□□□□ -0.981e-6■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 KMT5C-211ENST00000592631 869 ntTSL 316.38■□□□□ 0.211e-8■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.091e-8■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 KMT5C-204ENST00000460956 637 ntTSL 514.64□□□□□ -0.071e-8■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TMEM168-204ENST00000447395 1291 ntTSL 214.81□□□□□ -0.042e-6■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TMEM168-201ENST00000312814 7470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.512e-6■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TMEM168-206ENST00000454074 2659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.23□□□□□ -0.932e-6■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 XRN2-201ENST00000377191 3437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.04□□□□□ -0.964e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TMEM168-202ENST00000418785 799 ntTSL 54.48□□□□□ -1.692e-6■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 LRP5-207ENST00000533695 267 ntTSL 315.52■□□□□ 0.089e-18■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 PFAS-201ENST00000314666 5371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.363e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 PFAS-205ENST00000580356 4242 ntTSL 212.32□□□□□ -0.443e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 DCAF11-202ENST00000396936 2469 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.572e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TRIM27-203ENST00000414543 1813 ntTSL 39.03□□□□□ -0.969e-10■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ATP5B-209ENST00000551570 399 ntTSL 37.27□□□□□ -1.259e-12■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 GRN-206ENST00000586782 843 ntTSL 512.75□□□□□ -0.374e-7■■■■■ 32.8
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SF3B4Q15427 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.733e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 PHPT1-205ENST00000492540 1316 ntTSL 1 (best)17.61■□□□□ 0.413e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 PHPT1-204ENST00000463215 627 ntTSL 213.22□□□□□ -0.293e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 PHPT1-203ENST00000462205 619 ntTSL 313.01□□□□□ -0.333e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 PHPT1-206ENST00000497413 618 ntTSL 211.95□□□□□ -0.53e-7■■■■■ 32.8
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SF3B4Q15427 SYTL1-204ENST00000483926 2525 ntTSL 217.89■□□□□ 0.455e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 SYTL1-205ENST00000485269 895 ntTSL 517.3■□□□□ 0.363e-14■■■■■ 32.8
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SF3B4Q15427 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.295e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.265e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.095e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 GRN-220ENST00000592783 541 ntTSL 413.88□□□□□ -0.195e-7■■■■■ 32.8
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SF3B4Q15427 GRN-211ENST00000588143 546 ntTSL 313.55□□□□□ -0.245e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 GRN-209ENST00000587518 526 ntTSL 413.5□□□□□ -0.255e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 GRN-208ENST00000587387 614 ntTSL 413.42□□□□□ -0.265e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 UBR3-205ENST00000439681 2183 ntTSL 26.64□□□□□ -1.355e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 UBR3-204ENST00000430321 5411 ntTSL 56.07□□□□□ -1.445e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 UBR3-202ENST00000392632 5129 ntTSL 54.03□□□□□ -1.765e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 UBR3-206ENST00000444475 3821 ntTSL 53.87□□□□□ -1.795e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 UBR3-208ENST00000474426 4066 ntTSL 1 (best)3.75□□□□□ -1.815e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 UBR3-207ENST00000465630 576 ntTSL 43.31□□□□□ -1.885e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 SF3A2-204ENST00000589118 759 ntTSL 213.71□□□□□ -0.213e-21■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 SF3A2-205ENST00000590034 573 ntTSL 312.66□□□□□ -0.383e-21■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 PICALM-216ENST00000531771 631 ntTSL 34.74□□□□□ -1.655e-9■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 CTU2-206ENST00000564921 931 ntTSL 214.27□□□□□ -0.133e-8■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.132e-6■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 HEMK1-205ENST00000448997 5757 ntTSL 211.59□□□□□ -0.552e-6■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 HEMK1-203ENST00000434410 17064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.15□□□□□ -1.432e-6■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.641e-8■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 KMT5C-203ENST00000445196 2077 ntTSL 514.96□□□□□ -0.021e-8■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 IGF2BP3-216ENST00000497563 657 ntTSL 25.16□□□□□ -1.583e-13■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 IGF2BP3-215ENST00000495009 452 ntTSL 44.18□□□□□ -1.743e-13■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 IGF2BP3-212ENST00000480547 596 ntTSL 23.54□□□□□ -1.843e-13■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.282e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.012e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 ILF3-219ENST00000590261 3219 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.56□□□□□ -0.42e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 ILF3-208ENST00000587928 4230 ntTSL 210.78□□□□□ -0.682e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 ZMYND8-215ENST00000468376 4064 ntTSL 1 (best)8.18□□□□□ -1.17e-7■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.831e-9■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.781e-9■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 NAE1-209ENST00000563185 401 ntTSL 519.58■□□□□ 0.721e-9■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.721e-9■■■■■ 32.8
SF3B4Q15427 NAE1-221ENST00000569388 562 ntTSL 519.11■□□□□ 0.651e-9■■■■■ 32.8
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