Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.252e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 NT5DC2-215ENST00000492555 2004 ntTSL 1 (best)18.53■□□□□ 0.562e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 NT5DC2-206ENST00000466112 887 ntTSL 216.1■□□□□ 0.172e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 NT5DC2-201ENST00000307076 2047 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.27□□□□□ -0.442e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 GNAS-232ENST00000476196 1839 ntTSL 211.65□□□□□ -0.559e-7■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.442e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 CHFR-204ENST00000443047 2990 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.292e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 CHFR-223ENST00000544268 2412 ntTSL 515.96■□□□□ 0.152e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 CHFR-205ENST00000450056 3250 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.132e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 CHFR-202ENST00000315585 2446 ntTSL 215.53■□□□□ 0.082e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 CHFR-201ENST00000266880 11133 ntTSL 2 BASIC12.67□□□□□ -0.382e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 CHFR-210ENST00000535527 746 ntTSL 312.15□□□□□ -0.462e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 TNS2-208ENST00000549311 5004 ntTSL 516.91■□□□□ 0.32e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 TNS2-201ENST00000314250 5010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.22e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 TNS2-203ENST00000379902 4737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -02e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 TNS2-202ENST00000314276 4944 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.012e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 TNS2-219ENST00000552570 4714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.012e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 TNS2-204ENST00000546602 4429 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.222e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 TNS2-210ENST00000549700 4525 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.262e-6■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.142e-7■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 WDFY1-201ENST00000233055 4660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.032e-13■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 WDFY1-202ENST00000429915 719 ntTSL 312.53□□□□□ -0.42e-13■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 WDFY1-205ENST00000491453 308 ntTSL 35.93□□□□□ -1.462e-13■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 WDFY1-206ENST00000493001 551 ntTSL 25.43□□□□□ -1.542e-13■■■■□ 26.3
SF3A3Q12874 LONP1-204ENST00000586617 471 ntTSL 522.67■■□□□ 1.223e-7■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ENOSF1-205ENST00000578647 706 ntTSL 37.86□□□□□ -1.152e-8■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.371e-9■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ATP13A1-202ENST00000357324 3861 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.161e-6■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ATP13A1-201ENST00000291503 3483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.51e-6■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ZNF276-207ENST00000564004 2845 ntTSL 213.63□□□□□ -0.233e-7■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ZNF276-211ENST00000569582 436 ntTSL 210.7□□□□□ -0.73e-7■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-218ENST00000540708 1782 ntTSL 224.88■■□□□ 1.573e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-217ENST00000540382 1677 ntTSL 524.3■■□□□ 1.483e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.183e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.143e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.123e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.053e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.013e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-219ENST00000542099 1119 ntTSL 320.88■□□□□ 0.933e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.93e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-216ENST00000539770 1295 ntTSL 1 (best)19.85■□□□□ 0.773e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-215ENST00000539576 1684 ntTSL 519.49■□□□□ 0.713e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-209ENST00000442210 716 ntTSL 319.31■□□□□ 0.683e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.673e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-214ENST00000536502 1273 ntTSL 218.92■□□□□ 0.623e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.583e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-203ENST00000392433 1370 ntTSL 217.4■□□□□ 0.383e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-207ENST00000426960 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.15□□□□□ -0.33e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ARL6IP4-206ENST00000413381 799 ntAPPRIS ALT2 TSL 512.46□□□□□ -0.413e-18■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 TF-201ENST00000402696 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.237e-11■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 SCARNA6-201ENST00000515982 265 ntBASIC6.65□□□□□ -1.341e-323■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 PHB2-208ENST00000543465 1518 ntTSL 520.89■□□□□ 0.941e-323■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.541e-323■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.531e-323■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.521e-323■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.311e-323■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.311e-323■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 SCARNA12-201ENST00000459155 270 ntBASIC12.82□□□□□ -0.361e-323■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 PHB2-205ENST00000537646 874 ntTSL 512.51□□□□□ -0.411e-323■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 PHB2-212ENST00000545555 309 ntTSL 58.87□□□□□ -0.991e-323■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 MST1-203ENST00000468847 406 ntTSL 212.22□□□□□ -0.456e-22■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 GANAB-207ENST00000526732 824 ntTSL 211.7□□□□□ -0.543e-6■■■■□ 26.2
SF3A3Q12874 ACLY-209ENST00000590770 583 ntTSL 410.89□□□□□ -0.676e-7■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 SORL1-201ENST00000260197 10904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.381e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 H3F3B-203ENST00000586518 1701 nt30.13■■■□□ 2.411e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 H3F3B-202ENST00000586270 468 ntTSL 221.85■■□□□ 1.091e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.351e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 H3F3B-207ENST00000589417 575 ntTSL 215.66■□□□□ 0.11e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 H3F3B-209ENST00000589949 842 ntTSL 215.45■□□□□ 0.061e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.011e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 H3F3B-201ENST00000254810 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.061e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 H3F3B-213ENST00000593254 894 ntTSL 511.43□□□□□ -0.581e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 H3F3B-205ENST00000587171 586 ntTSL 211.43□□□□□ -0.581e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 H3F3B-212ENST00000592643 795 ntTSL 3 BASIC10.81□□□□□ -0.681e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 H3F3B-210ENST00000591890 783 ntTSL 3 BASIC9.46□□□□□ -0.91e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 H3F3B-204ENST00000586607 551 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC8.8□□□□□ -11e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.562e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 SMCHD1-203ENST00000577880 4951 ntTSL 22.98□□□□□ -1.932e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 SMCHD1-211ENST00000584897 4143 ntTSL 22.02□□□□□ -2.092e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GTF2A1-201ENST00000298173 1677 ntTSL 223.98■■□□□ 1.438e-65■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GTF2A1-203ENST00000553612 6306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.45□□□□□ -0.748e-65■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GTF2A1-204ENST00000556268 864 ntTSL 57.23□□□□□ -1.258e-65■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GTF2A1-202ENST00000434192 1199 ntTSL 1 (best) BASIC6.59□□□□□ -1.358e-65■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 SNORA79-201ENST00000408376 140 ntBASIC1.52□□□□□ -2.178e-65■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 SLC38A3-201ENST00000417121 491 ntTSL 515.65■□□□□ 0.11e-48■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 SLC38A3-202ENST00000417851 438 ntTSL 310.04□□□□□ -0.81e-48■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 VCPKMT-205ENST00000569518 1827 ntTSL 222.56■■□□□ 1.21e-11■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 VCPKMT-204ENST00000491402 1793 ntTSL 1 (best)20.86■□□□□ 0.931e-11■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.791e-11■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 VCPKMT-203ENST00000484763 1849 ntTSL 1 (best)19.83■□□□□ 0.771e-11■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 VCPKMT-201ENST00000395859 795 ntTSL 1 (best) BASIC11.18□□□□□ -0.621e-11■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 RELN-201ENST00000343529 11565 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.654e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 RELN-202ENST00000424685 11571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.654e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 RELN-203ENST00000428762 11571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.654e-6■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GALT-218ENST00000554944 969 ntTSL 215.57■□□□□ 0.085e-13■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GALT-223ENST00000556157 558 ntTSL 414.86□□□□□ -0.035e-13■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GALT-229ENST00000605275 678 ntTSL 314.84□□□□□ -0.035e-13■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GALT-203ENST00000465543 903 ntTSL 213.96□□□□□ -0.175e-13■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GALT-221ENST00000555214 689 ntTSL 312.26□□□□□ -0.455e-13■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GALT-208ENST00000485531 1201 ntTSL 510.99□□□□□ -0.655e-13■■■■□ 26.1
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