Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SMARCAL1Q9NZC9 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
SMARCAL1Q9NZC9 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
SMARCAL1Q9NZC9 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SMARCAL1Q9NZC9 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SMARCAL1Q9NZC9 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
SMARCAL1Q9NZC9 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
SMARCAL1Q9NZC9 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SMARCAL1Q9NZC9 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SMARCAL1Q9NZC9 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SMARCAL1Q9NZC9 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
SMARCAL1Q9NZC9 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
SMARCAL1Q9NZC9 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
SMARCAL1Q9NZC9 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC27.18■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SMARCAL1Q9NZC9 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC27.14■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SMARCAL1Q9NZC9 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SMARCAL1Q9NZC9 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SMARCAL1Q9NZC9 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms