Protein–RNA interactions for Protein: O43172

PRPF4, U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 522 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF4O43172 ARHGEF11-202ENST00000368194 6889 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.24□□□□□ -0.772e-6■■■■□ 20.7
PRPF4O43172 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.368e-7■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.191e-6■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.25e-12■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 INHA-202ENST00000489456 645 ntTSL 213.34□□□□□ -0.275e-12■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 CNOT7-204ENST00000518885 477 ntTSL 323.14■■□□□ 1.291e-8■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 CNOT7-210ENST00000523649 699 ntTSL 215.16■□□□□ 0.021e-8■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 CNOT7-211ENST00000523917 1885 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.141e-8■■■■□ 20.6
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PRPF4O43172 CNOT7-202ENST00000518021 768 ntTSL 512.95□□□□□ -0.341e-8■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 CNOT7-206ENST00000519954 1209 ntTSL 312.95□□□□□ -0.341e-8■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 CNOT7-208ENST00000520178 568 ntTSL 510.23□□□□□ -0.771e-8■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 CNOT7-212ENST00000524358 700 ntTSL 39.96□□□□□ -0.821e-8■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 CNOT7-201ENST00000361272 6913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.01□□□□□ -1.131e-8■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC20.54■□□□□ 0.887e-7■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.17e-7■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.057e-7■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 ITGA9-AS1-213ENST00000614028 913 ntTSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.217e-7■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 ITGA9-AS1-205ENST00000438136 578 ntTSL 4 BASIC11.82□□□□□ -0.527e-7■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 ITGA9-AS1-219ENST00000630986 588 ntTSL 28.67□□□□□ -1.027e-7■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 ITGA9-AS1-207ENST00000445429 532 ntTSL 5 BASIC5.61□□□□□ -1.517e-7■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 ITGA9-AS1-216ENST00000630010 575 ntTSL 55.36□□□□□ -1.557e-7■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 ITGA9-AS1-215ENST00000629314 417 ntTSL 55.36□□□□□ -1.557e-7■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 ITGA9-AS1-203ENST00000429532 702 ntTSL 5 BASIC5.36□□□□□ -1.557e-7■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 ITGA9-AS1-202ENST00000420870 581 ntTSL 4 BASIC5.08□□□□□ -1.67e-7■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 LAMA5-202ENST00000370677 1674 ntTSL 219.78■□□□□ 0.762e-6■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 CCDC47-201ENST00000225726 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.026e-11■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 AC046185.1-201ENST00000580553 2128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.52□□□□□ -0.416e-11■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 C2orf72-203ENST00000477463 579 ntTSL 411.28□□□□□ -0.61e-9■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 LIG4-204ENST00000611712 4180 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC8.99□□□□□ -0.972e-6■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 LIG4-205ENST00000614526 3884 ntTSL 2 BASIC3.48□□□□□ -1.852e-6■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 LIG4-203ENST00000442234 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.76□□□□□ -1.972e-6■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 TMC6-213ENST00000589933 580 ntTSL 320.17■□□□□ 0.822e-8■■■■□ 20.6
PRPF4O43172 PCSK9-201ENST00000302118 3637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.6□□□□□ -0.392e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC16.79■□□□□ 0.282e-7■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 SMAD3-213ENST00000560175 542 ntTSL 412.55□□□□□ -0.42e-7■■■■□ 20.5
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PRPF4O43172 SMAD3-212ENST00000559937 579 ntTSL 48.47□□□□□ -1.052e-7■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 NEAT1-202ENST00000501122 22743 ntBASIC4.72□□□□□ -1.657e-48■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.13e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.813e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 TRAPPC9-210ENST00000521667 2021 ntTSL 1 (best)18.98■□□□□ 0.633e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.453e-6■■■■□ 20.5
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PRPF4O43172 TRAPPC9-208ENST00000520857 3693 ntTSL 1 (best)13.48□□□□□ -0.253e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 CLDN15-204ENST00000414035 632 ntTSL 513.03□□□□□ -0.323e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 CLDN15-207ENST00000463331 1200 ntTSL 1 (best)12.37□□□□□ -0.433e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 TRAPPC9-202ENST00000438773 4297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.543e-6■■■■□ 20.5
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PRPF4O43172 CLDN15-205ENST00000433422 646 ntTSL 1 (best)8.36□□□□□ -1.073e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 TRAPPC9-207ENST00000520532 560 ntTSL 57.12□□□□□ -1.273e-6■■■■□ 20.5
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PRPF4O43172 ZC3H3-201ENST00000262577 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.31□□□□□ -0.441e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 USP32-202ENST00000393003 1868 ntTSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.612e-6■■■■□ 20.5
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PRPF4O43172 ZBTB1-203ENST00000554015 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.442e-8■■■■□ 20.5
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PRPF4O43172 IP6K1-201ENST00000321599 4456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.321e-19■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 IP6K1-202ENST00000395238 4117 ntTSL 3 BASIC13□□□□□ -0.331e-19■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.223e-7■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.611e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.351e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 AKT1-208ENST00000554581 3916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.56□□□□□ -0.41e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 AKT1-202ENST00000402615 3913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.571e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.722e-7■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 ATRN-202ENST00000446916 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.072e-7■■■■□ 20.5
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PRPF4O43172 SEMA4C-206ENST00000482925 3776 ntTSL 214.02□□□□□ -0.173e-8■■■■□ 20.5
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PRPF4O43172 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.493e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 AGPAT3-202ENST00000327505 3589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.182e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 AGPAT3-204ENST00000398061 3595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.182e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 AGPAT3-207ENST00000445582 582 ntTSL 312.16□□□□□ -0.462e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.473e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 NR2F6-202ENST00000596878 731 ntTSL 323.85■■□□□ 1.413e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.14■□□□□ 0.653e-6■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.422e-8■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 NPC1L1-204ENST00000546276 4826 ntTSL 1 (best) BASIC12.52□□□□□ -0.42e-8■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 NPC1L1-202ENST00000381160 4141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.74□□□□□ -0.532e-8■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 NPC1L1-201ENST00000289547 5048 ntTSL 1 (best) BASIC11.42□□□□□ -0.582e-8■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 DIP2C-205ENST00000634311 4961 ntTSL 5 BASIC12.77□□□□□ -0.364e-7■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 DIP2C-201ENST00000280886 7888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.74□□□□□ -0.694e-7■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.694e-11■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 CSK-205ENST00000563894 1036 ntTSL 1 (best)18.53■□□□□ 0.564e-11■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 CSK-213ENST00000569462 534 ntTSL 417.94■□□□□ 0.464e-11■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 CDC45-211ENST00000491520 723 ntTSL 517.89■□□□□ 0.454e-11■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.434e-11■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.414e-11■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 CDC45-209ENST00000483431 712 ntTSL 516.49■□□□□ 0.234e-11■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 CSK-211ENST00000568329 1552 ntTSL 515.39■□□□□ 0.054e-11■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 CDC45-210ENST00000487669 736 ntTSL 315.3■□□□□ 0.044e-11■■■■□ 20.5
PRPF4O43172 CSK-208ENST00000567123 556 ntTSL 414.46□□□□□ -0.094e-11■■■■□ 20.5
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