RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000527644.1

TSPAN4-217, Transcript of tetraspanin 4, humanhuman

TSL 2

Gene TSPAN4, Length 968 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TSPAN4-217ENST00000527644 NISCHQ9Y2I1 1504 aa64.51■■■■■ 7.92
TSPAN4-217ENST00000527644 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa57.46■■■■■ 6.79
TSPAN4-217ENST00000527644 ABCC9O60706 1549 aa56.54■■■■■ 6.64
TSPAN4-217ENST00000527644 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa54.27■■■■■ 6.28
TSPAN4-217ENST00000527644 NACADO15069 1562 aa54.14■■■■■ 6.26
TSPAN4-217ENST00000527644 DCAF8L2P0C7V8 631 aa54.07■■■■■ 6.25
TSPAN4-217ENST00000527644 MYO15BQ96JP2 1530 aa53.73■■■■■ 6.19
TSPAN4-217ENST00000527644 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP53.65■■■■■ 6.18
TSPAN4-217ENST00000527644 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa53.37■■■■■ 6.13
TSPAN4-217ENST00000527644 UNC13AQ9UPW8 1703 aa52.97■■■■■ 6.07
TSPAN4-217ENST00000527644 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP52.82■■■■■ 6.05
TSPAN4-217ENST00000527644 BICRAQ9NZM4 1560 aa52.61■■■■■ 6.01
TSPAN4-217ENST00000527644 SCRIBQ14160 1630 aa52.39■■■■■ 5.98
TSPAN4-217ENST00000527644 DNAJC5BQ9UF47 199 aa52.22■■■■■ 5.95
TSPAN4-217ENST00000527644 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa52.08■■■■■ 5.93
TSPAN4-217ENST00000527644 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP51.27■■■■■ 5.8
TSPAN4-217ENST00000527644 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa51.13■■■■■ 5.78
TSPAN4-217ENST00000527644 CECR2Q9BXF3 1484 aa50.87■■■■■ 5.73
TSPAN4-217ENST00000527644 SMARCA4P51532 1647 aa50.1■■■■■ 5.61
TSPAN4-217ENST00000527644 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP50.02■■■■■ 5.6
TSPAN4-217ENST00000527644 NCAPD3P42695 1498 aa49.98■■■■■ 5.59
TSPAN4-217ENST00000527644 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa49.95■■■■■ 5.59
TSPAN4-217ENST00000527644 SMARCA2P51531 1590 aa49.87■■■■■ 5.57
TSPAN4-217ENST00000527644 MROH2BQ7Z745 1585 aa49.69■■■■■ 5.54
TSPAN4-217ENST00000527644 HMGXB3Q12766 1538 aa49.67■■■■■ 5.54
TSPAN4-217ENST00000527644 PEG3Q9GZU2 1588 aa49.63■■■■■ 5.54
TSPAN4-217ENST00000527644 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP49.5■■■■■ 5.52
TSPAN4-217ENST00000527644 WIZO95785 1651 aa49.12■■■■■ 5.45
TSPAN4-217ENST00000527644 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP49.03■■■■■ 5.44
TSPAN4-217ENST00000527644 NESP48681 1621 aa48.83■■■■■ 5.41
TSPAN4-217ENST00000527644 ERCC6Q03468 1493 aa48.79■■■■■ 5.4
TSPAN4-217ENST00000527644 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa48.68■■■■■ 5.38
TSPAN4-217ENST00000527644 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP48.6■■■■■ 5.37
TSPAN4-217ENST00000527644 CADPSQ9ULU8 1353 aa48.51■■■■■ 5.36
TSPAN4-217ENST00000527644 PDS5BQ9NTI5 1447 aa48.41■■■■■ 5.34
TSPAN4-217ENST00000527644 CUX2O14529 1486 aa48.4■■■■■ 5.34
TSPAN4-217ENST00000527644 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa48.21■■■■■ 5.31
TSPAN4-217ENST00000527644 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP48.14■■■■■ 5.3
TSPAN4-217ENST00000527644 CFTRP13569 1480 aa48.14■■■■■ 5.3
TSPAN4-217ENST00000527644 CCDC88BA6NC98 1476 aa48.05■■■■■ 5.28
TSPAN4-217ENST00000527644 FANCD2Q9BXW9 1451 aa47.93■■■■■ 5.26
TSPAN4-217ENST00000527644 MRC2Q9UBG0 1479 aa47.9■■■■■ 5.26
TSPAN4-217ENST00000527644 CEP164Q9UPV0 1460 aa47.9■■■■■ 5.26
TSPAN4-217ENST00000527644 WDR62O43379 1518 aa47.74■■■■■ 5.23
TSPAN4-217ENST00000527644 PRDM2Q13029 1718 aa47.67■■■■■ 5.22
TSPAN4-217ENST00000527644 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP47.56■■■■■ 5.2
TSPAN4-217ENST00000527644 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP47.46■■■■■ 5.19
TSPAN4-217ENST00000527644 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa47.33■■■■■ 5.17
TSPAN4-217ENST00000527644 ABCC8Q09428 1581 aa47.14■■■■■ 5.14
TSPAN4-217ENST00000527644 TOPBP1Q92547 1522 aa47.12■■■■■ 5.13
TSPAN4-217ENST00000527644 DNMBPQ6XZF7 1577 aa47.03■■■■■ 5.12
TSPAN4-217ENST00000527644 IFT140Q96RY7 1462 aa46.93■■■■■ 5.1
TSPAN4-217ENST00000527644 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP46.71■■■■■ 5.07
TSPAN4-217ENST00000527644 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP46.7■■■■■ 5.07
TSPAN4-217ENST00000527644 CUX1P39880 1505 aa46.64■■■■■ 5.06
TSPAN4-217ENST00000527644 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP46.61■■■■■ 5.05
TSPAN4-217ENST00000527644 SOGA1O94964 1423 aa46.54■■■■■ 5.04
TSPAN4-217ENST00000527644 FGD5Q6ZNL6 1462 aa46.53■■■■■ 5.04
TSPAN4-217ENST00000527644 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa46.5■■■■■ 5.03
TSPAN4-217ENST00000527644 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP46.48■■■■■ 5.03
TSPAN4-217ENST00000527644 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP46.43■■■■■ 5.024e-8■■■■■ 31.9
TSPAN4-217ENST00000527644 OSCARQ8IYS5 282 aa46.38■■■■■ 5.02
TSPAN4-217ENST00000527644 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP46.3■■■■■ 5
TSPAN4-217ENST00000527644 WDR97A6NE52 1622 aa46.25■■■■■ 4.99
TSPAN4-217ENST00000527644 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP46.25■■■■■ 4.99
TSPAN4-217ENST00000527644 TOP2BQ02880 1626 aa46.15■■■■■ 4.98
TSPAN4-217ENST00000527644 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa46.14■■■■■ 4.98
TSPAN4-217ENST00000527644 SYNJ1O43426 1573 aa46.1■■■■■ 4.97
TSPAN4-217ENST00000527644 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa46.09■■■■■ 4.97
TSPAN4-217ENST00000527644 GRIN2BQ13224 1484 aa46.02■■■■■ 4.96
TSPAN4-217ENST00000527644 GAPVD1Q14C86 1478 aa45.98■■■■■ 4.95
TSPAN4-217ENST00000527644 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa45.97■■■■■ 4.95
TSPAN4-217ENST00000527644 FBLN2P98095 1184 aa45.96■■■■■ 4.95
TSPAN4-217ENST00000527644 CHD1O14646 1710 aa45.95■■■■■ 4.95
TSPAN4-217ENST00000527644 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP45.93■■■■■ 4.94
TSPAN4-217ENST00000527644 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa45.89■■■■■ 4.94
TSPAN4-217ENST00000527644 PBRM1Q86U86 1689 aa45.84■■■■■ 4.93
TSPAN4-217ENST00000527644 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP45.8■■■■■ 4.92
TSPAN4-217ENST00000527644 SYNJ2O15056 1496 aa45.75■■■■■ 4.91
TSPAN4-217ENST00000527644 TRIM41Q8WV44 630 aa45.6■■■■■ 4.89
TSPAN4-217ENST00000527644 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa45.59■■■■■ 4.89
TSPAN4-217ENST00000527644 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa45.59■■■■■ 4.89
TSPAN4-217ENST00000527644 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa45.59■■■■■ 4.89
TSPAN4-217ENST00000527644 ARHGEF11O15085 1522 aa45.57■■■■■ 4.88
TSPAN4-217ENST00000527644 ERICH3Q5RHP9 1530 aa45.53■■■■■ 4.88
TSPAN4-217ENST00000527644 CLASP1Q7Z460 1538 aa45.48■■■■■ 4.87
TSPAN4-217ENST00000527644 ADAMTS12P58397 1594 aa45.47■■■■■ 4.87
TSPAN4-217ENST00000527644 FHAD1B1AJZ9 1412 aa45.44■■■■■ 4.87
TSPAN4-217ENST00000527644 GRIN2AQ12879 1464 aa45.41■■■■■ 4.86
TSPAN4-217ENST00000527644 KIF27Q86VH2 1401 aa45.32■■■■■ 4.85
TSPAN4-217ENST00000527644 NUP160Q12769 1436 aa45.23■■■■■ 4.83
TSPAN4-217ENST00000527644 CYB5RLQ6IPT4 315 aa45.21■■■■■ 4.83
TSPAN4-217ENST00000527644 IGF1RP08069 1367 aa45.19■■■■■ 4.82
TSPAN4-217ENST00000527644 ARAP1Q96P48 1450 aa45.17■■■■■ 4.82
TSPAN4-217ENST00000527644 CEP170Q5SW79 1584 aa45.17■■■■■ 4.82
TSPAN4-217ENST00000527644 CUL7Q14999 1698 aa45.03■■■■■ 4.8
TSPAN4-217ENST00000527644 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa44.91■■■■■ 4.78
TSPAN4-217ENST00000527644 SHROOM2Q13796 1616 aa44.9■■■■■ 4.78
TSPAN4-217ENST00000527644 JPH4Q96JJ6 628 aa44.81■■■■■ 4.76
TSPAN4-217ENST00000527644 ERCC6L2Q5T890 1561 aa44.81■■■■■ 4.76
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 7.9 ms