Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 C15orf38-AP3S2-202ENST00000558648 664 ntTSL 512.07□□□□□ -0.486e-9■■■■■ 32.1
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SF3A3Q12874 TPCN1-213ENST00000550543 558 ntTSL 511.77□□□□□ -0.536e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 CLSTN3-208ENST00000538933 583 ntTSL 311.71□□□□□ -0.536e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 DMKN-204ENST00000408915 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.546e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 PCK1-201ENST00000319441 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.551e-16■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 AP3S2-202ENST00000423566 1262 ntTSL 211.61□□□□□ -0.556e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 PCK1-202ENST00000467047 5074 ntTSL 1 (best)11.49□□□□□ -0.571e-16■■■■■ 32.1
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SF3A3Q12874 RCCD1-209ENST00000557750 1696 ntTSL 311.41□□□□□ -0.586e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 CLSTN3-205ENST00000535452 533 ntTSL 411.24□□□□□ -0.616e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 NDUFAF3-201ENST00000326912 705 ntTSL 2 BASIC11.23□□□□□ -0.616e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 GLB1-203ENST00000399402 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.9□□□□□ -0.676e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 NDUFAF3-206ENST00000496152 826 ntTSL 210.72□□□□□ -0.696e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 PASK-216ENST00000629419 216 ntTSL 5 BASIC10.7□□□□□ -0.76e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 DMKN-227ENST00000466587 325 ntTSL 510.56□□□□□ -0.726e-9■■■■■ 32.1
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SF3A3Q12874 CLSTN3-211ENST00000541667 671 ntTSL 410.12□□□□□ -0.796e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 CLSTN3-209ENST00000539982 570 ntTSL 49.63□□□□□ -0.876e-9■■■■■ 32.1
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SF3A3Q12874 TPCN1-206ENST00000546781 610 ntTSL 39.28□□□□□ -0.926e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 DMKN-218ENST00000460327 762 ntTSL 58.98□□□□□ -0.976e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 AP3S2-206ENST00000558806 578 ntTSL 1 (best)8.9□□□□□ -0.986e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 CPSF4-213ENST00000484112 825 ntTSL 28.88□□□□□ -0.996e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 SNRNP200-207ENST00000493271 585 ntTSL 38.86□□□□□ -0.996e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 RPAP1-205ENST00000563293 499 ntTSL 38.85□□□□□ -0.996e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 PELP1-210ENST00000573506 415 ntTSL 28.79□□□□□ -16e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 DMKN-266ENST00000601650 324 ntAPPRIS ALT2 TSL 38.77□□□□□ -1.016e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 CLSTN3-203ENST00000534830 547 ntTSL 48.6□□□□□ -1.036e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 GLB1-212ENST00000467571 517 ntTSL 38.38□□□□□ -1.076e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 TFDP1-207ENST00000494812 736 ntTSL 37.8□□□□□ -1.166e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 NT5C2-203ENST00000404739 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.46□□□□□ -1.216e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 NFIA-201ENST00000357977 3200 ntTSL 2 BASIC7.39□□□□□ -1.236e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 CPSF4-202ENST00000412686 745 ntTSL 57.13□□□□□ -1.276e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 NFIA-204ENST00000371187 2683 ntTSL 1 (best) BASIC7.04□□□□□ -1.286e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 NT5C2-202ENST00000369857 2625 ntTSL 26.77□□□□□ -1.336e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 AP3S2-203ENST00000557999 578 ntTSL 46.56□□□□□ -1.366e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 GLB1-216ENST00000485698 550 ntTSL 46.52□□□□□ -1.376e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 NT5C2-201ENST00000343289 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.37□□□□□ -1.396e-9■■■■■ 32.1
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SF3A3Q12874 AP3S2-212ENST00000560251 573 ntTSL 44.58□□□□□ -1.686e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 AP3S2-211ENST00000560184 601 ntTSL 33.72□□□□□ -1.816e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 CDC27-218ENST00000575830 397 ntTSL 53.69□□□□□ -1.826e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 AP3S2-210ENST00000559601 543 ntTSL 43.63□□□□□ -1.836e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 NT5C2-204ENST00000421281 440 ntTSL 33.07□□□□□ -1.926e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 GLB1-214ENST00000481581 319 ntTSL 51.7□□□□□ -2.146e-9■■■■■ 32.1
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SF3A3Q12874 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.313e-7■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 ZFYVE21-209ENST00000555501 4453 ntTSL 1 (best)14.37□□□□□ -0.113e-7■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 DUS1L-209ENST00000578428 688 ntTSL 214.07□□□□□ -0.163e-7■■■■■ 32.1
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SF3A3Q12874 C7orf49-204ENST00000459937 2576 ntTSL 1 (best)8.65□□□□□ -1.021e-7■■■■■ 32
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SF3A3Q12874 LAMA5-202ENST00000370677 1674 ntTSL 219.46■□□□□ 0.718e-7■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.479e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.359e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.329e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.229e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.119e-12■■■■■ 32
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SF3A3Q12874 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.119e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.119e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.119e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.119e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.119e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.119e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.119e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-220ENST00000519767 970 ntTSL 1 (best)21.72■■□□□ 1.079e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.049e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.729e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.59e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.279e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-221ENST00000520265 336 ntTSL 512.75□□□□□ -0.379e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-201ENST00000230480 993 ntTSL 1 (best) BASIC12.41□□□□□ -0.429e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-219ENST00000518824 606 ntTSL 1 (best) BASIC11.98□□□□□ -0.499e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-224ENST00000523873 784 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.519e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-225ENST00000523950 954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.69e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-223ENST00000523125 541 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.699e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-210ENST00000457104 414 ntTSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.699e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-218ENST00000518689 630 ntTSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.699e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 VEGFA-212ENST00000480614 12167 ntTSL 1 (best)10.23□□□□□ -0.779e-12■■■■■ 32
SF3A3Q12874 SKIV2L-210ENST00000484835 931 ntTSL 215.56■□□□□ 0.089e-33■■■■■ 32
SF3A3Q12874 SKIV2L-215ENST00000494058 867 ntTSL 212.19□□□□□ -0.469e-33■■■■■ 32
SF3A3Q12874 SKIV2L-203ENST00000461915 691 ntTSL 510.21□□□□□ -0.779e-33■■■■■ 32
SF3A3Q12874 MAP4K4-209ENST00000421882 3416 ntTSL 59.44□□□□□ -0.98e-7■■■■■ 32
SF3A3Q12874 LAMB2-206ENST00000469665 1092 ntTSL 215.35■□□□□ 0.052e-11■■■■■ 31.9
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