RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000640653.1

VEGFA-232, Transcript of vascular endothelial growth factor A, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene VEGFA, Length 1,170 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VEGFA-232ENST00000640653 NISCHQ9Y2I1 1504 aa62.17■■■■■ 7.54
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VEGFA-232ENST00000640653 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa52.6■■■■■ 6.01
VEGFA-232ENST00000640653 NACADO15069 1562 aa52.39■■■■■ 5.98
VEGFA-232ENST00000640653 DCAF8L2P0C7V8 631 aa52.23■■■■■ 5.95
VEGFA-232ENST00000640653 MYO15BQ96JP2 1530 aa51.88■■■■■ 5.9
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VEGFA-232ENST00000640653 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa51.43■■■■■ 5.82
VEGFA-232ENST00000640653 UNC13AQ9UPW8 1703 aa51.3■■■■■ 5.8
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VEGFA-232ENST00000640653 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa49.66■■■■■ 5.54
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VEGFA-232ENST00000640653 SMARCA2P51531 1590 aa48.2■■■■■ 5.31
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VEGFA-232ENST00000640653 PEG3Q9GZU2 1588 aa47.91■■■■■ 5.26
VEGFA-232ENST00000640653 MROH2BQ7Z745 1585 aa47.88■■■■■ 5.26
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VEGFA-232ENST00000640653 WIZO95785 1651 aa47.33■■■■■ 5.17
VEGFA-232ENST00000640653 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa47.17■■■■■ 5.14
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VEGFA-232ENST00000640653 CEP164Q9UPV0 1460 aa46.38■■■■■ 5.02
VEGFA-232ENST00000640653 FANCD2Q9BXW9 1451 aa46.38■■■■■ 5.01
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VEGFA-232ENST00000640653 CCDC88BA6NC98 1476 aa46.27■■■■■ 5
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VEGFA-232ENST00000640653 TOPBP1Q92547 1522 aa45.55■■■■■ 4.88
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VEGFA-232ENST00000640653 IFT140Q96RY7 1462 aa45.44■■■■■ 4.87
VEGFA-232ENST00000640653 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP45.25■■■■■ 4.83
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VEGFA-232ENST00000640653 SOGA1O94964 1423 aa44.94■■■■■ 4.79
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VEGFA-232ENST00000640653 WDR97A6NE52 1622 aa44.74■■■■■ 4.75
VEGFA-232ENST00000640653 TRIM41Q8WV44 630 aa44.64■■■■■ 4.74
VEGFA-232ENST00000640653 CHD1O14646 1710 aa44.57■■■■■ 4.73
VEGFA-232ENST00000640653 FBLN2P98095 1184 aa44.55■■■■■ 4.72
VEGFA-232ENST00000640653 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa44.52■■■■■ 4.72
VEGFA-232ENST00000640653 GRIN2BQ13224 1484 aa44.5■■■■■ 4.71
VEGFA-232ENST00000640653 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP44.49■■■■■ 4.711e-6■■■■□ 26.4
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VEGFA-232ENST00000640653 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa44.42■■■■■ 4.7
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VEGFA-232ENST00000640653 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa44.39■■■■■ 4.7
VEGFA-232ENST00000640653 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa44.39■■■■■ 4.7
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VEGFA-232ENST00000640653 PBRM1Q86U86 1689 aa44.32■■■■■ 4.69
VEGFA-232ENST00000640653 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa44.32■■■■■ 4.69
VEGFA-232ENST00000640653 SYNJ2O15056 1496 aa44.28■■■■■ 4.68
VEGFA-232ENST00000640653 CLASP1Q7Z460 1538 aa44.11■■■■■ 4.65
VEGFA-232ENST00000640653 CYB5RLQ6IPT4 315 aa43.98■■■■■ 4.63
VEGFA-232ENST00000640653 ADAMTS12P58397 1594 aa43.96■■■■■ 4.63
VEGFA-232ENST00000640653 ERICH3Q5RHP9 1530 aa43.94■■■■■ 4.63
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VEGFA-232ENST00000640653 FHAD1B1AJZ9 1412 aa43.89■■■■■ 4.62
VEGFA-232ENST00000640653 NUP160Q12769 1436 aa43.74■■■■■ 4.59
VEGFA-232ENST00000640653 CEP170Q5SW79 1584 aa43.7■■■■■ 4.59
VEGFA-232ENST00000640653 KIF27Q86VH2 1401 aa43.62■■■■■ 4.57
VEGFA-232ENST00000640653 IGF1RP08069 1367 aa43.49■■■■■ 4.55
VEGFA-232ENST00000640653 SHROOM2Q13796 1616 aa43.45■■■■■ 4.55
VEGFA-232ENST00000640653 CUL7Q14999 1698 aa43.42■■■■■ 4.54
VEGFA-232ENST00000640653 ERCC6L2Q5T890 1561 aa43.41■■■■■ 4.54
VEGFA-232ENST00000640653 TRHP20396 242 aaPredicted RBP43.33■■■■■ 4.53
VEGFA-232ENST00000640653 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa43.32■■■■■ 4.52
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