RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000520948.5

VEGFA-222, Transcript of vascular endothelial growth factor A, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene VEGFA, Length 1,199 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VEGFA-222	ENST00000520948	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		44.18	■■■■■ 4.66
VEGFA-222	ENST00000520948	ABCC9	O60706	1549 aa		39.86	■■■■□ 3.97
VEGFA-222	ENST00000520948	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		39.72	■■■■□ 3.95
VEGFA-222	ENST00000520948	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		37.85	■■■■□ 3.65
VEGFA-222	ENST00000520948	NACAD	O15069	1562 aa		37.54	■■■■□ 3.6
VEGFA-222	ENST00000520948	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		37.45	■■■■□ 3.59
VEGFA-222	ENST00000520948	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		37.37	■■■■□ 3.57
VEGFA-222	ENST00000520948	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		37.1	■■■■□ 3.53
VEGFA-222	ENST00000520948	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	37.07	■■■■□ 3.52
VEGFA-222	ENST00000520948	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		36.91	■■■■□ 3.5
VEGFA-222	ENST00000520948	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		36.78	■■■■□ 3.48
VEGFA-222	ENST00000520948	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	36.6	■■■■□ 3.45
VEGFA-222	ENST00000520948	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		36.43	■■■■□ 3.42
VEGFA-222	ENST00000520948	SCRIB	Q14160	1630 aa		36.26	■■■■□ 3.39
VEGFA-222	ENST00000520948	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		36.17	■■■■□ 3.38
VEGFA-222	ENST00000520948	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		36	■■■■□ 3.35
VEGFA-222	ENST00000520948	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		35.88	■■■■□ 3.33
VEGFA-222	ENST00000520948	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	35.88	■■■■□ 3.33
VEGFA-222	ENST00000520948	NCAPD3	P42695	1498 aa		34.63	■■■■□ 3.13
VEGFA-222	ENST00000520948	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		34.54	■■■■□ 3.12
VEGFA-222	ENST00000520948	SMARCA4	P51532	1647 aa		34.52	■■■■□ 3.12
VEGFA-222	ENST00000520948	SMARCA2	P51531	1590 aa		34.44	■■■■□ 3.1
VEGFA-222	ENST00000520948	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		34.41	■■■■□ 3.1
VEGFA-222	ENST00000520948	ERCC6	Q03468	1493 aa		34.4	■■■■□ 3.1
VEGFA-222	ENST00000520948	HMGXB3	Q12766	1538 aa		34.4	■■■■□ 3.1
VEGFA-222	ENST00000520948	CUX2	O14529	1486 aa		34.33	■■■■□ 3.09
VEGFA-222	ENST00000520948	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	34.31	■■■■□ 3.08
VEGFA-222	ENST00000520948	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	34.23	■■■■□ 3.07
VEGFA-222	ENST00000520948	NES	P48681	1621 aa		34.22	■■■■□ 3.07
VEGFA-222	ENST00000520948	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		34.14	■■■■□ 3.06
VEGFA-222	ENST00000520948	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		34.07	■■■■□ 3.05
VEGFA-222	ENST00000520948	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		33.91	■■■■□ 3.02
VEGFA-222	ENST00000520948	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	33.89	■■■■□ 3.02
VEGFA-222	ENST00000520948	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		33.82	■■■■□ 3
VEGFA-222	ENST00000520948	WIZ	O95785	1651 aa		33.71	■■■□□ 2.99
VEGFA-222	ENST00000520948	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		33.68	■■■□□ 2.98
VEGFA-222	ENST00000520948	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		33.58	■■■□□ 2.97
VEGFA-222	ENST00000520948	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		33.44	■■■□□ 2.94
VEGFA-222	ENST00000520948	WDR62	O43379	1518 aa		33.37	■■■□□ 2.93
VEGFA-222	ENST00000520948	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		33.3	■■■□□ 2.92
VEGFA-222	ENST00000520948	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	33.29	■■■□□ 2.92
VEGFA-222	ENST00000520948	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		33.25	■■■□□ 2.91
VEGFA-222	ENST00000520948	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	33.22	■■■□□ 2.91
VEGFA-222	ENST00000520948	CFTR	P13569	1480 aa		33.18	■■■□□ 2.9
VEGFA-222	ENST00000520948	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	33	■■■□□ 2.87
VEGFA-222	ENST00000520948	TRIM41	Q8WV44	630 aa		32.96	■■■□□ 2.87
VEGFA-222	ENST00000520948	PRDM2	Q13029	1718 aa		32.94	■■■□□ 2.86
VEGFA-222	ENST00000520948	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		32.83	■■■□□ 2.85
VEGFA-222	ENST00000520948	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		32.71	■■■□□ 2.83
VEGFA-222	ENST00000520948	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	32.61	■■■□□ 2.81
VEGFA-222	ENST00000520948	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	32.61	■■■□□ 2.81
VEGFA-222	ENST00000520948	TOPBP1	Q92547	1522 aa		32.61	■■■□□ 2.81
VEGFA-222	ENST00000520948	IFT140	Q96RY7	1462 aa		32.6	■■■□□ 2.81
VEGFA-222	ENST00000520948	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		32.49	■■■□□ 2.79
VEGFA-222	ENST00000520948	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	32.46	■■■□□ 2.79
VEGFA-222	ENST00000520948	ABCC8	Q09428	1581 aa		32.46	■■■□□ 2.79
VEGFA-222	ENST00000520948	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		32.41	■■■□□ 2.78
VEGFA-222	ENST00000520948	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		32.41	■■■□□ 2.78
VEGFA-222	ENST00000520948	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		32.41	■■■□□ 2.78
VEGFA-222	ENST00000520948	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	32.34	■■■□□ 2.77
VEGFA-222	ENST00000520948	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	32.29	■■■□□ 2.76	3e-9	■■■■□ 26.7
VEGFA-222	ENST00000520948	CHD1	O14646	1710 aa		32.27	■■■□□ 2.76
VEGFA-222	ENST00000520948	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	32.27	■■■□□ 2.76
VEGFA-222	ENST00000520948	ARHGEF11	O15085	1522 aa		32.26	■■■□□ 2.76
VEGFA-222	ENST00000520948	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		32.17	■■■□□ 2.74
VEGFA-222	ENST00000520948	FBLN2	P98095	1184 aa		32.11	■■■□□ 2.73
VEGFA-222	ENST00000520948	SOGA1	O94964	1423 aa		32.09	■■■□□ 2.73
VEGFA-222	ENST00000520948	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	32.07	■■■□□ 2.73
VEGFA-222	ENST00000520948	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		32.07	■■■□□ 2.72
VEGFA-222	ENST00000520948	CUX1	P39880	1505 aa		32.03	■■■□□ 2.72
VEGFA-222	ENST00000520948	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		32.01	■■■□□ 2.71
VEGFA-222	ENST00000520948	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		31.97	■■■□□ 2.71
VEGFA-222	ENST00000520948	WDR97	A6NE52	1622 aa		31.95	■■■□□ 2.71
VEGFA-222	ENST00000520948	ARAP1	Q96P48	1450 aa		31.95	■■■□□ 2.7
VEGFA-222	ENST00000520948	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	31.84	■■■□□ 2.69
VEGFA-222	ENST00000520948	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		31.83	■■■□□ 2.69
VEGFA-222	ENST00000520948	GRIN2B	Q13224	1484 aa		31.83	■■■□□ 2.69
VEGFA-222	ENST00000520948	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	31.8	■■■□□ 2.68
VEGFA-222	ENST00000520948	PBRM1	Q86U86	1689 aa		31.8	■■■□□ 2.68
VEGFA-222	ENST00000520948	SYNJ1	O43426	1573 aa		31.79	■■■□□ 2.68
VEGFA-222	ENST00000520948	SYNJ2	O15056	1496 aa		31.74	■■■□□ 2.67
VEGFA-222	ENST00000520948	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		31.72	■■■□□ 2.67
VEGFA-222	ENST00000520948	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	31.71	■■■□□ 2.67
VEGFA-222	ENST00000520948	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		31.67	■■■□□ 2.66
VEGFA-222	ENST00000520948	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		31.65	■■■□□ 2.66
VEGFA-222	ENST00000520948	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	31.49	■■■□□ 2.63	1e-6	■■■■□ 26.4
VEGFA-222	ENST00000520948	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		31.49	■■■□□ 2.63
VEGFA-222	ENST00000520948	TOP2B	Q02880	1626 aa		31.46	■■■□□ 2.63
VEGFA-222	ENST00000520948	ADAMTS12	P58397	1594 aa		31.45	■■■□□ 2.63
VEGFA-222	ENST00000520948	GRIN2A	Q12879	1464 aa		31.44	■■■□□ 2.62
VEGFA-222	ENST00000520948	CEP170	Q5SW79	1584 aa		31.38	■■■□□ 2.61
VEGFA-222	ENST00000520948	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		31.38	■■■□□ 2.61
VEGFA-222	ENST00000520948	NUP160	Q12769	1436 aa		31.32	■■■□□ 2.6
VEGFA-222	ENST00000520948	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		31.28	■■■□□ 2.6
VEGFA-222	ENST00000520948	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		31.25	■■■□□ 2.59
VEGFA-222	ENST00000520948	SHROOM2	Q13796	1616 aa		31.23	■■■□□ 2.59
VEGFA-222	ENST00000520948	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	31.04	■■■□□ 2.56
VEGFA-222	ENST00000520948	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		31.02	■■■□□ 2.56
VEGFA-222	ENST00000520948	JPH4	Q96JJ6	628 aa		30.96	■■■□□ 2.55
VEGFA-222	ENST00000520948	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		30.91	■■■□□ 2.54

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