Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
MSH5O43196 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC35.45■■■■□ 3.27
MSH5O43196 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.45■■■■□ 3.27
MSH5O43196 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
MSH5O43196 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
MSH5O43196 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC35.42■■■■□ 3.26
MSH5O43196 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
MSH5O43196 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
MSH5O43196 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.39■■■■□ 3.26
MSH5O43196 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
MSH5O43196 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC35.38■■■■□ 3.25
MSH5O43196 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC35.37■■■■□ 3.25
MSH5O43196 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC35.37■■■■□ 3.25
MSH5O43196 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
MSH5O43196 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
MSH5O43196 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.36■■■■□ 3.25
MSH5O43196 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
MSH5O43196 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC35.35■■■■□ 3.25
MSH5O43196 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC35.35■■■■□ 3.25
MSH5O43196 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
MSH5O43196 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC35.33■■■■□ 3.25
MSH5O43196 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.33■■■■□ 3.25
MSH5O43196 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC35.33■■■■□ 3.25
MSH5O43196 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
MSH5O43196 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC35.33■■■■□ 3.25
MSH5O43196 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.25
MSH5O43196 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
MSH5O43196 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
MSH5O43196 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC35.29■■■■□ 3.24
MSH5O43196 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.29■■■■□ 3.24
MSH5O43196 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
MSH5O43196 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC35.28■■■■□ 3.24
MSH5O43196 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC35.28■■■■□ 3.24
MSH5O43196 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
MSH5O43196 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC35.27■■■■□ 3.24
MSH5O43196 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
MSH5O43196 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
MSH5O43196 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
MSH5O43196 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC35.24■■■■□ 3.23
MSH5O43196 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC35.24■■■■□ 3.23
MSH5O43196 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC35.23■■■■□ 3.23
MSH5O43196 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC35.23■■■■□ 3.23
MSH5O43196 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC35.2■■■■□ 3.23
MSH5O43196 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
MSH5O43196 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
MSH5O43196 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC35.2■■■■□ 3.23
MSH5O43196 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
MSH5O43196 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
MSH5O43196 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.19■■■■□ 3.22
MSH5O43196 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
MSH5O43196 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC35.17■■■■□ 3.22
MSH5O43196 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
MSH5O43196 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
MSH5O43196 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
MSH5O43196 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
MSH5O43196 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC35.14■■■■□ 3.22
MSH5O43196 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
MSH5O43196 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
MSH5O43196 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC35.13■■■■□ 3.21
MSH5O43196 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
MSH5O43196 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
MSH5O43196 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC35.11■■■■□ 3.21
MSH5O43196 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.11■■■■□ 3.21
MSH5O43196 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC35.09■■■■□ 3.21
MSH5O43196 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
MSH5O43196 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC35.08■■■■□ 3.21
MSH5O43196 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC35.08■■■■□ 3.21
MSH5O43196 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.07■■■■□ 3.21
MSH5O43196 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC35.07■■■■□ 3.2
MSH5O43196 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC35.07■■■■□ 3.2
MSH5O43196 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC35.05■■■■□ 3.2
MSH5O43196 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC35.04■■■■□ 3.2
MSH5O43196 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
MSH5O43196 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
MSH5O43196 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC35.03■■■■□ 3.2
MSH5O43196 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC35.03■■■■□ 3.2
MSH5O43196 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
MSH5O43196 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
MSH5O43196 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.2
MSH5O43196 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.2
MSH5O43196 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC35.01■■■■□ 3.2
MSH5O43196 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.2
MSH5O43196 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC35.01■■■■□ 3.2
MSH5O43196 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC35■■■■□ 3.19
MSH5O43196 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC35■■■■□ 3.19
MSH5O43196 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
MSH5O43196 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC34.99■■■■□ 3.19
MSH5O43196 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
MSH5O43196 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
MSH5O43196 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC34.98■■■■□ 3.19
MSH5O43196 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC34.97■■■■□ 3.19
MSH5O43196 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
MSH5O43196 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC34.95■■■■□ 3.19
MSH5O43196 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC34.95■■■■□ 3.19
MSH5O43196 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC34.94■■■■□ 3.18
MSH5O43196 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC34.94■■■■□ 3.18
MSH5O43196 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC34.94■■■■□ 3.18
MSH5O43196 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
MSH5O43196 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC34.91■■■■□ 3.18
MSH5O43196 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms