Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC29■■■□□ 2.238e-9■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 HDAC11-216ENST00000458642 574 ntTSL 528.03■■■□□ 2.088e-9■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 STRN4-222ENST00000601869 2240 nt19.2■□□□□ 0.661e-6■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.518e-9■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.491e-6■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 UBAP1-201ENST00000297661 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.463e-7■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 UBAP1-202ENST00000359544 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.413e-7■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.393e-7■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 STRN4-208ENST00000594581 2692 ntTSL 217.24■□□□□ 0.351e-6■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.321e-6■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 CCNF-202ENST00000397066 4283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.143e-13■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 CCNF-201ENST00000293968 4173 ntTSL 1 (best)14.13□□□□□ -0.153e-13■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 MAN2A2-202ENST00000557865 2671 ntTSL 213.39□□□□□ -0.271e-15■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 SSR1-202ENST00000397511 3248 ntTSL 5 BASIC4.93□□□□□ -1.622e-12■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.31e-8■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 PDK2-203ENST00000503176 3440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.291e-8■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 PDK2-216ENST00000614357 2493 ntTSL 5 BASIC12.06□□□□□ -0.481e-8■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 THOC5-216ENST00000490103 4753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.64□□□□□ -1.033e-6■■■■■ 30.2
UPF1Q92900 MYRF-201ENST00000265460 5745 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.293e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 MYRF-202ENST00000278836 5927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.53□□□□□ -0.43e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 NUCB1-209ENST00000465524 839 ntTSL 524.9■■□□□ 1.585e-9■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 NUCB1-210ENST00000469291 582 ntTSL 219.06■□□□□ 0.645e-9■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 EFHC1-204ENST00000491749 496 ntTSL 434.24■■■■□ 3.073e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.523e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 EFHC1-235ENST00000637849 2746 ntTSL 519.02■□□□□ 0.643e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 EFHC1-212ENST00000635984 3293 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.283e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 PAQR8-202ENST00000442253 4738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.073e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 PAQR8-201ENST00000360726 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.8□□□□□ -0.683e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.048e-15■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 EXTL3-206ENST00000519886 803 ntTSL 316.11■□□□□ 0.172e-6■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 TBKBP1-201ENST00000361722 4121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.171e-6■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.344e-8■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.684e-8■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.614e-8■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 SPRYD3-203ENST00000547257 635 ntTSL 523.22■■□□□ 1.316e-8■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 HDAC7-217ENST00000459625 6414 ntTSL 215.93■□□□□ 0.146e-10■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 HDAC7-228ENST00000548938 2719 ntTSL 514.28□□□□□ -0.126e-10■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 HDAC7-219ENST00000470668 4266 ntTSL 213.61□□□□□ -0.236e-10■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 HDAC7-201ENST00000080059 4095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.286e-10■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 HDAC7-202ENST00000354334 4065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.286e-10■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 ESRRB-201ENST00000380887 2745 ntTSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.129e-8■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 ESRRB-204ENST00000509242 2849 ntTSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.299e-8■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.055e-9■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.495e-9■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 SDF4-205ENST00000465727 2095 ntTSL 220.81■□□□□ 0.925e-9■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.379e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 PXDC1-203ENST00000477592 1697 ntTSL 521.77■■□□□ 1.089e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 PXDC1-201ENST00000380277 1538 ntTSL 320.06■□□□□ 0.89e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.193e-8■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.126e-8■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.566e-8■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 ARIH1-205ENST00000563310 4068 ntTSL 26.34□□□□□ -1.42e-6■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 ARIH1-201ENST00000379887 21681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.86□□□□□ -1.472e-6■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 NAIF1-203ENST00000470245 963 ntTSL 1 (best)17.82■□□□□ 0.443e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.193e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 CLDN19-201ENST00000296387 2859 ntTSL 2 BASIC12.83□□□□□ -0.361e-6■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 CLDN19-203ENST00000539749 3517 ntTSL 2 BASIC11.25□□□□□ -0.611e-6■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.568e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 DMTN-205ENST00000432128 2508 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.168e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 DMTN-214ENST00000519907 2658 ntTSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.18e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.088e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 DMTN-202ENST00000358242 2772 ntTSL 5 BASIC14.79□□□□□ -0.048e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 DMTN-206ENST00000443491 2415 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.068e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 DMTN-220ENST00000523266 2735 ntTSL 5 BASIC14.43□□□□□ -0.18e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 DMTN-201ENST00000265800 2554 ntTSL 5 BASIC14.16□□□□□ -0.148e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 DMTN-207ENST00000517305 2551 ntTSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.148e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 DMTN-203ENST00000381470 2601 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.188e-7■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.542e-11■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 PES1-212ENST00000488719 1732 ntTSL 223.22■■□□□ 1.316e-10■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 PES1-208ENST00000441668 999 ntTSL 320.71■□□□□ 0.916e-10■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.66e-10■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.596e-10■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 PES1-201ENST00000335214 1988 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.246e-10■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 PES1-205ENST00000405677 2708 ntTSL 2 BASIC12.72□□□□□ -0.376e-10■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 PES1-203ENST00000402281 2760 ntTSL 2 BASIC12.11□□□□□ -0.476e-10■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 POLDIP3-209ENST00000617178 2006 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.291e-9■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 POLDIP3-201ENST00000252115 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.591e-9■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 POLDIP3-203ENST00000348657 3323 ntTSL 1 (best) BASIC11.11□□□□□ -0.631e-9■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 POLDIP3-204ENST00000445215 3337 ntTSL 1 (best)10.98□□□□□ -0.651e-9■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 POLDIP3-205ENST00000451060 3491 ntTSL 2 BASIC10.85□□□□□ -0.671e-9■■■■■ 30.1
UPF1Q92900 LDLR-202ENST00000455727 2333 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.123e-8■■■■■ 30
UPF1Q92900 GPRC5C-208ENST00000581590 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 526.05■■□□□ 1.768e-8■■■■■ 30
UPF1Q92900 KDELR2-203ENST00000454368 2478 ntTSL 213.69□□□□□ -0.222e-15■■■■■ 30
UPF1Q92900 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.323e-7■■■■■ 30
UPF1Q92900 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.053e-7■■■■■ 30
UPF1Q92900 RPL28-202ENST00000426763 5620 ntTSL 1 (best)14.42□□□□□ -0.13e-7■■■■■ 30
UPF1Q92900 RPL28-201ENST00000344063 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.68□□□□□ -0.73e-7■■■■■ 30
UPF1Q92900 DMAC2-212ENST00000594660 582 ntTSL 321.19■□□□□ 0.983e-8■■■■■ 30
UPF1Q92900 DMAC2-202ENST00000301183 1134 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.963e-8■■■■■ 30
UPF1Q92900 DMAC2-208ENST00000589970 979 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.933e-8■■■■■ 30
UPF1Q92900 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.312e-29■■■■■ 30
UPF1Q92900 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.052e-29■■■■■ 30
UPF1Q92900 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.882e-29■■■■■ 30
UPF1Q92900 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.842e-29■■■■■ 30
UPF1Q92900 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.662e-29■■■■■ 30
UPF1Q92900 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.442e-29■■■■■ 30
UPF1Q92900 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.622e-29■■■■■ 30
UPF1Q92900 GNB2-211ENST00000469287 1702 ntTSL 217.82■□□□□ 0.442e-29■■■■■ 30
UPF1Q92900 MLST8-221ENST00000565330 1403 ntTSL 223.41■■□□□ 1.342e-10■■■■■ 30
UPF1Q92900 AC073610.2-201ENST00000537495 406 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.247e-10■■■■■ 30
Retrieved 100 of 15,879 protein–RNA pairs in 78.9 ms