Protein–RNA interactions for Protein: O60508

CDC40, Pre-mRNA-processing factor 17, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 579 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDC40O60508 PDXK-212ENST00000470029 583 ntTSL 317.91■□□□□ 0.466e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.46e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.296e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 PDXK-218ENST00000498040 888 ntTSL 516.77■□□□□ 0.286e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 HNRNPK-206ENST00000457156 1283 ntTSL 516.75■□□□□ 0.276e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.246e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.096e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.076e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.136e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 PDXK-210ENST00000468090 7297 ntTSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.26e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 PDXK-201ENST00000291565 7366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.24□□□□□ -0.456e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 COPA-202ENST00000368069 4664 ntTSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.666e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 COPA-201ENST00000241704 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.31□□□□□ -0.766e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 PDXK-213ENST00000472777 460 ntTSL 510.09□□□□□ -0.796e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 ZFHX3-205ENST00000563625 455 ntTSL 39.85□□□□□ -0.836e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 ZFHX3-203ENST00000397992 13841 ntTSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.896e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 PDXK-216ENST00000481512 583 ntTSL 58.9□□□□□ -0.986e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 ZFHX3-201ENST00000268489 16064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.81□□□□□ -16e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 ANKRD11-215ENST00000568512 294 ntTSL 28.25□□□□□ -1.096e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 HNRNPK-205ENST00000376281 2928 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC7.86□□□□□ -1.156e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 HNRNPK-201ENST00000351839 2652 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC7.8□□□□□ -1.166e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 ZFHX3-207ENST00000641206 16414 ntAPPRIS P1 BASIC7.57□□□□□ -1.26e-8■■□□□ 11.7
CDC40O60508 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.083e-6■■□□□ 11.7
CDC40O60508 SLC7A5-203ENST00000565644 3983 ntTSL 1 (best) BASIC10.48□□□□□ -0.733e-6■■□□□ 11.7
CDC40O60508 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.993e-10■■□□□ 11.7
CDC40O60508 RABL6-209ENST00000466096 3949 ntTSL 1 (best)13.27□□□□□ -0.291e-6■■□□□ 11.7
CDC40O60508 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.641e-6■■□□□ 11.7
CDC40O60508 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.891e-6■■□□□ 11.7
CDC40O60508 ERF-206ENST00000596818 566 ntTSL 315.13■□□□□ 0.011e-6■■□□□ 11.7
CDC40O60508 SRRM2-217ENST00000573692 459 ntTSL 315.83■□□□□ 0.122e-20■■□□□ 11.6
CDC40O60508 RRBP1-205ENST00000398782 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 222.52■■□□□ 1.24e-7■■□□□ 11.6
CDC40O60508 HNRNPD-209ENST00000513584 1240 ntTSL 221.85■■□□□ 1.093e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.023e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.883e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.173e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 AGT-201ENST00000366667 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.211e-9■■□□□ 11.6
CDC40O60508 RNU6-40P-201ENST00000384254 107 ntBASIC3.56□□□□□ -1.847e-11■■□□□ 11.6
CDC40O60508 EEF1D-244ENST00000532543 791 ntTSL 315.21■□□□□ 0.033e-9■■□□□ 11.6
CDC40O60508 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.014e-9■■□□□ 11.6
CDC40O60508 NPM1-208ENST00000521672 597 ntTSL 57.48□□□□□ -1.214e-9■■□□□ 11.6
CDC40O60508 NPM1-204ENST00000517671 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.26□□□□□ -1.254e-9■■□□□ 11.6
CDC40O60508 NPM1-205ENST00000518587 670 ntTSL 25.77□□□□□ -1.494e-9■■□□□ 11.6
CDC40O60508 NPM1-203ENST00000393820 1598 ntTSL 1 (best) BASIC4.95□□□□□ -1.624e-9■■□□□ 11.6
CDC40O60508 NPM1-202ENST00000351986 1237 ntTSL 1 (best) BASIC4.81□□□□□ -1.644e-9■■□□□ 11.6
CDC40O60508 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.382e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.322e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 TNPO2-202ENST00000425528 5122 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.242e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.287e-7■■□□□ 11.6
CDC40O60508 SLC16A3-205ENST00000578574 958 ntTSL 222.04■■□□□ 1.127e-7■■□□□ 11.6
CDC40O60508 SLC16A3-220ENST00000584781 562 ntTSL 420.99■□□□□ 0.957e-7■■□□□ 11.6
CDC40O60508 SLC16A3-208ENST00000579572 863 ntTSL 318.49■□□□□ 0.557e-7■■□□□ 11.6
CDC40O60508 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.557e-7■■□□□ 11.6
CDC40O60508 SLC16A3-206ENST00000578684 866 ntTSL 316.9■□□□□ 0.37e-7■■□□□ 11.6
CDC40O60508 SLC16A3-219ENST00000584689 1033 ntTSL 216.83■□□□□ 0.287e-7■■□□□ 11.6
CDC40O60508 SLC16A3-217ENST00000583237 808 ntTSL 316.71■□□□□ 0.277e-7■■□□□ 11.6
CDC40O60508 SLC16A3-212ENST00000581642 557 ntTSL 416.65■□□□□ 0.267e-7■■□□□ 11.6
CDC40O60508 SLC16A3-203ENST00000577650 545 ntTSL 316.05■□□□□ 0.167e-7■■□□□ 11.6
CDC40O60508 SLC16A3-213ENST00000582715 279 ntTSL 514.27□□□□□ -0.137e-7■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-222ENST00000523991 505 ntTSL 1 (best)8.16□□□□□ -1.12e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-211ENST00000393415 842 ntTSL 55.71□□□□□ -1.52e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-225ENST00000539479 845 ntTSL 1 (best)5.67□□□□□ -1.52e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-224ENST00000537182 1011 ntTSL 1 (best)5.13□□□□□ -1.592e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-234ENST00000546048 363 ntTSL 54.63□□□□□ -1.672e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-226ENST00000540352 1315 ntTSL 1 (best)4.3□□□□□ -1.722e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-230ENST00000543323 427 ntTSL 1 (best)4□□□□□ -1.772e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-228ENST00000542502 1127 ntTSL 1 (best)3.93□□□□□ -1.782e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-223ENST00000536089 1181 ntTSL 1 (best)3.12□□□□□ -1.912e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-218ENST00000481186 1056 ntTSL 53.12□□□□□ -1.912e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-220ENST00000496959 897 ntTSL 1 (best)3.12□□□□□ -1.912e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-203ENST00000299252 966 ntTSL 1 (best) BASIC3.11□□□□□ -1.912e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-217ENST00000478070 692 ntTSL 1 (best) BASIC2.62□□□□□ -1.992e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-205ENST00000348801 798 ntTSL 1 (best) BASIC2.33□□□□□ -2.042e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-207ENST00000360430 891 ntTSL 1 (best) BASIC1.83□□□□□ -2.122e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-208ENST00000393410 732 ntTSL 1 (best) BASIC1.52□□□□□ -2.172e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-210ENST00000393413 657 ntTSL 1 (best) BASIC1.52□□□□□ -2.172e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-206ENST00000350057 1401 ntTSL 1 (best) BASIC1.5□□□□□ -2.172e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-221ENST00000517852 393 ntTSL 1 (best) BASIC1.41□□□□□ -2.182e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-233ENST00000545204 398 ntTSL 5 BASIC1.21□□□□□ -2.222e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MDM2-232ENST00000544561 213 ntTSL 5 BASIC1.07□□□□□ -2.242e-6■■□□□ 11.6
CDC40O60508 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.481e-9■■□□□ 11.6
CDC40O60508 FLNA-209ENST00000444578 843 ntTSL 315.61■□□□□ 0.098e-7■■□□□ 11.6
CDC40O60508 VEGFA-211ENST00000476772 1683 ntTSL 1 (best)26.25■■□□□ 1.792e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.492e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.482e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.422e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.352e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-220ENST00000519767 970 ntTSL 1 (best)23.47■■□□□ 1.352e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.332e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.332e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.332e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.332e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.332e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.332e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.332e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.332e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.162e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-217ENST00000518538 535 ntTSL 220.12■□□□□ 0.812e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.582e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.262e-13■■□□□ 11.5
CDC40O60508 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.222e-13■■□□□ 11.5
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