Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SP140Q13342 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
SP140Q13342 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SP140Q13342 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
SP140Q13342 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
SP140Q13342 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SP140Q13342 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SP140Q13342 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SP140Q13342 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SP140Q13342 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SP140Q13342 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SP140Q13342 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SP140Q13342 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SP140Q13342 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SP140Q13342 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SP140Q13342 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SP140Q13342 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SP140Q13342 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SP140Q13342 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SP140Q13342 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SP140Q13342 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SP140Q13342 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SP140Q13342 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SP140Q13342 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SP140Q13342 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SP140Q13342 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
SP140Q13342 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
SP140Q13342 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
SP140Q13342 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SP140Q13342 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SP140Q13342 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SP140Q13342 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SP140Q13342 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
SP140Q13342 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SP140Q13342 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SP140Q13342 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SP140Q13342 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SP140Q13342 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SP140Q13342 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SP140Q13342 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SP140Q13342 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SP140Q13342 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
SP140Q13342 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SP140Q13342 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SP140Q13342 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SP140Q13342 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SP140Q13342 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SP140Q13342 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SP140Q13342 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SP140Q13342 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SP140Q13342 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SP140Q13342 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SP140Q13342 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SP140Q13342 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SP140Q13342 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SP140Q13342 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
SP140Q13342 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SP140Q13342 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SP140Q13342 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SP140Q13342 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SP140Q13342 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SP140Q13342 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SP140Q13342 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SP140Q13342 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SP140Q13342 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SP140Q13342 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SP140Q13342 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
SP140Q13342 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SP140Q13342 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SP140Q13342 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SP140Q13342 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SP140Q13342 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SP140Q13342 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SP140Q13342 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SP140Q13342 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SP140Q13342 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
SP140Q13342 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SP140Q13342 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SP140Q13342 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SP140Q13342 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SP140Q13342 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SP140Q13342 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SP140Q13342 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SP140Q13342 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SP140Q13342 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SP140Q13342 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SP140Q13342 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SP140Q13342 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SP140Q13342 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SP140Q13342 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
SP140Q13342 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SP140Q13342 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SP140Q13342 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SP140Q13342 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SP140Q13342 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SP140Q13342 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SP140Q13342 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SP140Q13342 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SP140Q13342 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
SP140Q13342 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.4 ms