Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD3P31249 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD3P31249 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD3P31249 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD3P31249 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD3P31249 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD3P31249 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD3P31249 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD3P31249 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD3P31249 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD3P31249 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD3P31249 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD3P31249 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD3P31249 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD3P31249 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD3P31249 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD3P31249 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD3P31249 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD3P31249 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD3P31249 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD3P31249 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD3P31249 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD3P31249 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD3P31249 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD3P31249 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD3P31249 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD3P31249 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXD3P31249 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD3P31249 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD3P31249 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD3P31249 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD3P31249 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD3P31249 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD3P31249 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD3P31249 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD3P31249 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXD3P31249 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD3P31249 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD3P31249 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD3P31249 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD3P31249 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD3P31249 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD3P31249 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD3P31249 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD3P31249 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD3P31249 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD3P31249 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD3P31249 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXD3P31249 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD3P31249 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD3P31249 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD3P31249 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD3P31249 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD3P31249 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXD3P31249 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD3P31249 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD3P31249 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD3P31249 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXD3P31249 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXD3P31249 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD3P31249 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD3P31249 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD3P31249 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD3P31249 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD3P31249 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD3P31249 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD3P31249 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD3P31249 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD3P31249 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD3P31249 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD3P31249 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD3P31249 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD3P31249 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD3P31249 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD3P31249 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD3P31249 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD3P31249 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD3P31249 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD3P31249 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD3P31249 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD3P31249 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.2 ms