Protein–RNA interactions for Protein: O43556

SGCE, Epsilon-sarcoglycan, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SGCEO43556 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SGCEO43556 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SGCEO43556 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SGCEO43556 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SGCEO43556 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SGCEO43556 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SGCEO43556 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
SGCEO43556 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SGCEO43556 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SGCEO43556 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SGCEO43556 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SGCEO43556 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SGCEO43556 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SGCEO43556 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SGCEO43556 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SGCEO43556 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SGCEO43556 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SGCEO43556 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SGCEO43556 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SGCEO43556 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SGCEO43556 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SGCEO43556 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SGCEO43556 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SGCEO43556 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SGCEO43556 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SGCEO43556 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SGCEO43556 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SGCEO43556 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SGCEO43556 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SGCEO43556 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SGCEO43556 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SGCEO43556 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SGCEO43556 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SGCEO43556 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SGCEO43556 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SGCEO43556 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SGCEO43556 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SGCEO43556 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SGCEO43556 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SGCEO43556 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SGCEO43556 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SGCEO43556 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SGCEO43556 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SGCEO43556 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SGCEO43556 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SGCEO43556 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SGCEO43556 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SGCEO43556 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SGCEO43556 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SGCEO43556 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SGCEO43556 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SGCEO43556 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SGCEO43556 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SGCEO43556 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SGCEO43556 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SGCEO43556 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SGCEO43556 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SGCEO43556 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
SGCEO43556 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SGCEO43556 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SGCEO43556 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SGCEO43556 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SGCEO43556 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SGCEO43556 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SGCEO43556 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SGCEO43556 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SGCEO43556 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SGCEO43556 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SGCEO43556 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SGCEO43556 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SGCEO43556 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SGCEO43556 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SGCEO43556 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SGCEO43556 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SGCEO43556 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SGCEO43556 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SGCEO43556 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SGCEO43556 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SGCEO43556 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SGCEO43556 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SGCEO43556 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SGCEO43556 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SGCEO43556 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SGCEO43556 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SGCEO43556 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SGCEO43556 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SGCEO43556 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SGCEO43556 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SGCEO43556 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SGCEO43556 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SGCEO43556 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SGCEO43556 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SGCEO43556 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SGCEO43556 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SGCEO43556 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SGCEO43556 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SGCEO43556 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SGCEO43556 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
SGCEO43556 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SGCEO43556 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15 ms