Protein–RNA interactions for Protein: Q9P219

CCDC88C, Protein Daple, humanhuman

Predictions only

Length 2,028 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88CQ9P219 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
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CCDC88CQ9P219 NF2-209ENST00000403999 2999 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC88CQ9P219 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC88CQ9P219 MED16-203ENST00000325464 2922 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC88CQ9P219 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
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CCDC88CQ9P219 SLC24A3-201ENST00000328041 3929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC88CQ9P219 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
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CCDC88CQ9P219 UPK3A-201ENST00000216211 1051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
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CCDC88CQ9P219 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC88CQ9P219 USP28-214ENST00000545540 3431 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC88CQ9P219 GPSM1-202ENST00000354753 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC88CQ9P219 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC88CQ9P219 TRAF7-201ENST00000326181 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC88CQ9P219 PIGT-246ENST00000639499 2021 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC88CQ9P219 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC88CQ9P219 RPL39L-201ENST00000296277 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC88CQ9P219 PTPA-213ENST00000419582 952 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC88CQ9P219 AC016694.1-201ENST00000434179 700 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
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CCDC88CQ9P219 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC88CQ9P219 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC88CQ9P219 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC14.58□□□□□ -0.08
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