RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000438120.5

PTPRF-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRF, Length 6,377 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-209ENST00000438120 DCAF8L2P0C7V8 631 aa30.21■■■□□ 2.43
PTPRF-209ENST00000438120 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP28.55■■■□□ 2.16
PTPRF-209ENST00000438120 EHMT2Q96KQ7 1210 aa28.05■■■□□ 2.08
PTPRF-209ENST00000438120 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa28.03■■■□□ 2.08
PTPRF-209ENST00000438120 NISCHQ9Y2I1 1504 aa27.76■■■□□ 2.03
PTPRF-209ENST00000438120 APLP2Q06481 763 aa27.08■■□□□ 1.93
PTPRF-209ENST00000438120 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP27.07■■□□□ 1.92
PTPRF-209ENST00000438120 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP27.05■■□□□ 1.92
PTPRF-209ENST00000438120 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP26.88■■□□□ 1.89
PTPRF-209ENST00000438120 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP26.74■■□□□ 1.87
PTPRF-209ENST00000438120 PCGF6Q9BYE7 350 aa26.63■■□□□ 1.85
PTPRF-209ENST00000438120 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP26.41■■□□□ 1.82
PTPRF-209ENST00000438120 TRIM41Q8WV44 630 aa26.27■■□□□ 1.8
PTPRF-209ENST00000438120 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP26.19■■□□□ 1.78
PTPRF-209ENST00000438120 UBTFP17480 764 aaKnown RBP26.09■■□□□ 1.77
PTPRF-209ENST00000438120 ERICH6Q7L0X2 663 aa26■■□□□ 1.75
PTPRF-209ENST00000438120 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP25.99■■□□□ 1.75
PTPRF-209ENST00000438120 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP25.92■■□□□ 1.74
PTPRF-209ENST00000438120 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP25.87■■□□□ 1.73
PTPRF-209ENST00000438120 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP25.84■■□□□ 1.73
PTPRF-209ENST00000438120 NEFLP07196 543 aa25.58■■□□□ 1.68
PTPRF-209ENST00000438120 ITGAEP38570 1179 aa25.48■■□□□ 1.67
PTPRF-209ENST00000438120 MYT1LQ9UL68 1186 aa25.41■■□□□ 1.66
PTPRF-209ENST00000438120 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP25.4■■□□□ 1.66
PTPRF-209ENST00000438120 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP25.4■■□□□ 1.66
PTPRF-209ENST00000438120 POLR3GLQ9BT43 218 aa25.37■■□□□ 1.65
PTPRF-209ENST00000438120 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP25.26■■□□□ 1.63
PTPRF-209ENST00000438120 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP25.24■■□□□ 1.63
PTPRF-209ENST00000438120 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa25.22■■□□□ 1.63
PTPRF-209ENST00000438120 CHIC1Q5VXU3 224 aa25.15■■□□□ 1.62
PTPRF-209ENST00000438120 HRCP23327 699 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-209ENST00000438120 DAXXQ9UER7 740 aaPredicted RBP24.92■■□□□ 1.58
PTPRF-209ENST00000438120 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP24.9■■□□□ 1.58
PTPRF-209ENST00000438120 MYT1Q01538 1121 aa24.8■■□□□ 1.56
PTPRF-209ENST00000438120 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP24.68■■□□□ 1.54
PTPRF-209ENST00000438120 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP24.65■■□□□ 1.54
PTPRF-209ENST00000438120 TRIM52Q96A61 297 aa24.57■■□□□ 1.52
PTPRF-209ENST00000438120 NEUROD1Q13562 356 aa24.53■■□□□ 1.52
PTPRF-209ENST00000438120 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP24.51■■□□□ 1.51
PTPRF-209ENST00000438120 CLSPNQ9HAW4 1339 aa24.5■■□□□ 1.51
PTPRF-209ENST00000438120 ABCC9O60706 1549 aa24.42■■□□□ 1.5
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP24.41■■□□□ 1.5
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP24.36■■□□□ 1.49
PTPRF-209ENST00000438120 FBLN2P98095 1184 aa24.35■■□□□ 1.49
PTPRF-209ENST00000438120 BCANQ96GW7 911 aa24.31■■□□□ 1.48
PTPRF-209ENST00000438120 ARID3CA6NKF2 412 aa24.23■■□□□ 1.47
PTPRF-209ENST00000438120 RTL5Q5HYW3 569 aaPredicted RBP24.23■■□□□ 1.47
PTPRF-209ENST00000438120 BCL11AQ9H165 835 aa24.16■■□□□ 1.46
PTPRF-209ENST00000438120 P3H3Q8IVL6 736 aa24.15■■□□□ 1.46
PTPRF-209ENST00000438120 SLC24A1O60721 1099 aa24.1■■□□□ 1.45
PTPRF-209ENST00000438120 ANP32CO43423 234 aa24.09■■□□□ 1.45
PTPRF-209ENST00000438120 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa24.02■■□□□ 1.44
PTPRF-209ENST00000438120 ZBTB47Q9UFB7 747 aaPredicted RBP23.95■■□□□ 1.42
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP23.95■■□□□ 1.42
PTPRF-209ENST00000438120 CANXP27824 592 aaKnown RBP23.92■■□□□ 1.42
PTPRF-209ENST00000438120 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP23.87■■□□□ 1.41
PTPRF-209ENST00000438120 CSRNP3Q8WYN3 585 aa23.77■■□□□ 1.4
PTPRF-209ENST00000438120 NEFMP07197 916 aa23.75■■□□□ 1.39
PTPRF-209ENST00000438120 PLPPR3Q6T4P5 718 aa23.73■■□□□ 1.39
PTPRF-209ENST00000438120 CHGAP10645 457 aaKnown RBP23.65■■□□□ 1.38
PTPRF-209ENST00000438120 NPM2Q86SE8 214 aaKnown RBP23.62■■□□□ 1.37
PTPRF-209ENST00000438120 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP23.56■■□□□ 1.36
PTPRF-209ENST00000438120 STAG3Q9UJ98 1225 aa23.53■■□□□ 1.36
PTPRF-209ENST00000438120 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP23.51■■□□□ 1.35
PTPRF-209ENST00000438120 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP23.5■■□□□ 1.35
PTPRF-209ENST00000438120 CHIC2Q9UKJ5 165 aa23.47■■□□□ 1.35
PTPRF-209ENST00000438120 ANP32AP39687 249 aaKnown RBP23.47■■□□□ 1.35
PTPRF-209ENST00000438120 TONSLQ96HA7 1378 aa23.46■■□□□ 1.35
PTPRF-209ENST00000438120 FAM9BQ8IZU0 186 aa23.45■■□□□ 1.34
PTPRF-209ENST00000438120 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP23.44■■□□□ 1.34
PTPRF-209ENST00000438120 FKBP8Q14318 412 aa23.43■■□□□ 1.34
PTPRF-209ENST00000438120 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP23.43■■□□□ 1.34
PTPRF-209ENST00000438120 HNRNPUQ00839 825 aaKnown RBP eCLIP23.4■■□□□ 1.34
PTPRF-209ENST00000438120 SCRIBQ14160 1630 aa23.39■■□□□ 1.34
PTPRF-209ENST00000438120 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP23.34■■□□□ 1.33
PTPRF-209ENST00000438120 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP23.31■■□□□ 1.32
PTPRF-209ENST00000438120 KDM2AQ9Y2K7 1162 aa23.29■■□□□ 1.32
PTPRF-209ENST00000438120 HSP90AA1P07900 732 aaKnown RBP23.28■■□□□ 1.32
PTPRF-209ENST00000438120 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP23.22■■□□□ 1.31
PTPRF-209ENST00000438120 TMC1Q8TDI8 760 aa23.2■■□□□ 1.3
PTPRF-209ENST00000438120 PLEKHG5O94827 1062 aa23.17■■□□□ 1.3
PTPRF-209ENST00000438120 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP23.17■■□□□ 1.3
PTPRF-209ENST00000438120 UPF2Q9HAU5 1272 aaKnown RBP23.13■■□□□ 1.29
PTPRF-209ENST00000438120 TSPY4P0CV99 314 aa23.12■■□□□ 1.29
PTPRF-209ENST00000438120 TSPY10P0CW01 314 aa23.12■■□□□ 1.29
PTPRF-209ENST00000438120 WDR43Q15061 677 aaKnown RBP eCLIP23.11■■□□□ 1.294e-6■□□□□ 8.9
PTPRF-209ENST00000438120 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP23.1■■□□□ 1.29
PTPRF-209ENST00000438120 CCDC136Q96JN2 1154 aa23.1■■□□□ 1.29
PTPRF-209ENST00000438120 MRS2Q9HD23 443 aa23.09■■□□□ 1.29
PTPRF-209ENST00000438120 ANP32BQ92688 251 aaKnown RBP23.08■■□□□ 1.29
PTPRF-209ENST00000438120 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP23.07■■□□□ 1.28
PTPRF-209ENST00000438120 A0A0G2JS52 829 aa23.07■■□□□ 1.28
PTPRF-209ENST00000438120 ARXQ96QS3 562 aa23.06■■□□□ 1.28
PTPRF-209ENST00000438120 MTUS2Q5JR59 1369 aa23.06■■□□□ 1.28
PTPRF-209ENST00000438120 ZBTB7CA1YPR0 619 aa23.05■■□□□ 1.28
PTPRF-209ENST00000438120 EIF5BO60841 1220 aaKnown RBP23.05■■□□□ 1.28
PTPRF-209ENST00000438120 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa23.05■■□□□ 1.28
PTPRF-209ENST00000438120 NBR1Q14596 966 aa23.02■■□□□ 1.28
PTPRF-209ENST00000438120 KCNH8Q96L42 1107 aa23.02■■□□□ 1.28
PTPRF-209ENST00000438120 GOLGA6L2Q8N9W4 650 aaPredicted RBP23.01■■□□□ 1.27
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