Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
COL4A1P02462 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
COL4A1P02462 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC36.3■■■■□ 3.4
COL4A1P02462 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC36.3■■■■□ 3.4
COL4A1P02462 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
COL4A1P02462 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
COL4A1P02462 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC36.29■■■■□ 3.4
COL4A1P02462 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC36.24■■■■□ 3.39
COL4A1P02462 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.23■■■■□ 3.39
COL4A1P02462 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
COL4A1P02462 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
COL4A1P02462 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC36.12■■■■□ 3.37
COL4A1P02462 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
COL4A1P02462 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC36.09■■■■□ 3.37
COL4A1P02462 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
COL4A1P02462 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC36.03■■■■□ 3.36
COL4A1P02462 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
COL4A1P02462 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC36■■■■□ 3.35
COL4A1P02462 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.99■■■■□ 3.35
COL4A1P02462 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
COL4A1P02462 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
COL4A1P02462 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC35.97■■■■□ 3.35
COL4A1P02462 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC35.97■■■■□ 3.35
COL4A1P02462 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
COL4A1P02462 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
COL4A1P02462 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC35.93■■■■□ 3.34
COL4A1P02462 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
COL4A1P02462 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC35.88■■■■□ 3.33
COL4A1P02462 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
COL4A1P02462 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.8■■■■□ 3.32
COL4A1P02462 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.77■■■■□ 3.32
COL4A1P02462 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC35.75■■■■□ 3.31
COL4A1P02462 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC35.7■■■■□ 3.31
COL4A1P02462 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC35.7■■■■□ 3.31
COL4A1P02462 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC35.69■■■■□ 3.3
COL4A1P02462 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC35.69■■■■□ 3.3
COL4A1P02462 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
COL4A1P02462 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
COL4A1P02462 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC35.65■■■■□ 3.3
COL4A1P02462 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC35.64■■■■□ 3.3
COL4A1P02462 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC35.64■■■■□ 3.3
COL4A1P02462 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
COL4A1P02462 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC35.62■■■■□ 3.29
COL4A1P02462 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC35.61■■■■□ 3.29
COL4A1P02462 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
COL4A1P02462 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
COL4A1P02462 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC35.56■■■■□ 3.28
COL4A1P02462 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC35.55■■■■□ 3.28
COL4A1P02462 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
COL4A1P02462 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC35.53■■■■□ 3.28
COL4A1P02462 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
COL4A1P02462 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
COL4A1P02462 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC35.51■■■■□ 3.28
COL4A1P02462 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC35.49■■■■□ 3.27
COL4A1P02462 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.47■■■■□ 3.27
COL4A1P02462 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
COL4A1P02462 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC35.46■■■■□ 3.27
COL4A1P02462 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
COL4A1P02462 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
COL4A1P02462 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC35.43■■■■□ 3.26
COL4A1P02462 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC35.41■■■■□ 3.26
COL4A1P02462 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC35.4■■■■□ 3.26
COL4A1P02462 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC35.4■■■■□ 3.26
COL4A1P02462 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC35.4■■■■□ 3.26
COL4A1P02462 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC35.37■■■■□ 3.25
COL4A1P02462 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
COL4A1P02462 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC35.33■■■■□ 3.25
COL4A1P02462 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC35.27■■■■□ 3.24
COL4A1P02462 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
COL4A1P02462 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
COL4A1P02462 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC35.25■■■■□ 3.23
COL4A1P02462 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.24■■■■□ 3.23
COL4A1P02462 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC35.17■■■■□ 3.22
COL4A1P02462 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
COL4A1P02462 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
COL4A1P02462 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
COL4A1P02462 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC35.15■■■■□ 3.22
COL4A1P02462 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
COL4A1P02462 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
COL4A1P02462 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
COL4A1P02462 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC35.1■■■■□ 3.21
COL4A1P02462 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC35.08■■■■□ 3.21
COL4A1P02462 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.07■■■■□ 3.21
COL4A1P02462 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC35.07■■■■□ 3.21
COL4A1P02462 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.07■■■■□ 3.2
COL4A1P02462 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC35.04■■■■□ 3.2
COL4A1P02462 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC35.04■■■■□ 3.2
COL4A1P02462 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
COL4A1P02462 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.2
COL4A1P02462 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
COL4A1P02462 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.98■■■■□ 3.19
COL4A1P02462 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
COL4A1P02462 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC34.97■■■■□ 3.19
COL4A1P02462 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC34.95■■■■□ 3.19
COL4A1P02462 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.18
COL4A1P02462 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
COL4A1P02462 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
COL4A1P02462 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
COL4A1P02462 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.88■■■■□ 3.17
COL4A1P02462 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.87■■■■□ 3.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.9 ms