Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC43.01■■■■■ 4.48
COL4A1P02462 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC42.15■■■■■ 4.34
COL4A1P02462 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.85■■■■■ 4.29
COL4A1P02462 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.62■■■■■ 4.25
COL4A1P02462 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41.56■■■■■ 4.24
COL4A1P02462 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.5■■■■■ 4.23
COL4A1P02462 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.46■■■■■ 4.23
COL4A1P02462 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC41.29■■■■■ 4.2
COL4A1P02462 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.42■■■■■ 4.06
COL4A1P02462 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC40.41■■■■■ 4.06
COL4A1P02462 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC40.35■■■■■ 4.05
COL4A1P02462 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC40.31■■■■■ 4.04
COL4A1P02462 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC40.22■■■■■ 4.03
COL4A1P02462 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.13■■■■■ 4.01
COL4A1P02462 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC40■■■■□ 3.99
COL4A1P02462 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.94■■■■□ 3.98
COL4A1P02462 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.92■■■■□ 3.98
COL4A1P02462 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC39.88■■■■□ 3.97
COL4A1P02462 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC39.78■■■■□ 3.96
COL4A1P02462 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.6■■■■□ 3.93
COL4A1P02462 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.59■■■■□ 3.93
COL4A1P02462 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.52■■■■□ 3.92
COL4A1P02462 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC39.43■■■■□ 3.9
COL4A1P02462 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.32■■■■□ 3.88
COL4A1P02462 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.21■■■■□ 3.87
COL4A1P02462 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC39.21■■■■□ 3.87
COL4A1P02462 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.06■■■■□ 3.84
COL4A1P02462 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC38.98■■■■□ 3.83
COL4A1P02462 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC38.96■■■■□ 3.83
COL4A1P02462 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.71■■■■□ 3.79
COL4A1P02462 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.71■■■■□ 3.79
COL4A1P02462 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.68■■■■□ 3.78
COL4A1P02462 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC38.55■■■■□ 3.76
COL4A1P02462 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.54■■■■□ 3.76
COL4A1P02462 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC38.47■■■■□ 3.75
COL4A1P02462 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC38.44■■■■□ 3.74
COL4A1P02462 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC38.4■■■■□ 3.74
COL4A1P02462 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC38.34■■■■□ 3.73
COL4A1P02462 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.31■■■■□ 3.72
COL4A1P02462 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC38.24■■■■□ 3.71
COL4A1P02462 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC38.2■■■■□ 3.71
COL4A1P02462 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC38.11■■■■□ 3.69
COL4A1P02462 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.05■■■■□ 3.68
COL4A1P02462 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
COL4A1P02462 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
COL4A1P02462 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.91■■■■□ 3.66
COL4A1P02462 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC37.78■■■■□ 3.64
COL4A1P02462 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC37.73■■■■□ 3.63
COL4A1P02462 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
COL4A1P02462 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
COL4A1P02462 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC37.42■■■■□ 3.58
COL4A1P02462 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.41■■■■□ 3.58
COL4A1P02462 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
COL4A1P02462 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC37.38■■■■□ 3.57
COL4A1P02462 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC37.32■■■■□ 3.57
COL4A1P02462 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.31■■■■□ 3.56
COL4A1P02462 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC37.29■■■■□ 3.56
COL4A1P02462 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC37.28■■■■□ 3.56
COL4A1P02462 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.24■■■■□ 3.55
COL4A1P02462 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC37.24■■■■□ 3.55
COL4A1P02462 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
COL4A1P02462 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
COL4A1P02462 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
COL4A1P02462 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC37.13■■■■□ 3.53
COL4A1P02462 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
COL4A1P02462 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
COL4A1P02462 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.09■■■■□ 3.53
COL4A1P02462 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC37.08■■■■□ 3.53
COL4A1P02462 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
COL4A1P02462 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC37.07■■■■□ 3.52
COL4A1P02462 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.05■■■■□ 3.52
COL4A1P02462 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC36.93■■■■□ 3.5
COL4A1P02462 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.92■■■■□ 3.5
COL4A1P02462 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC36.9■■■■□ 3.5
COL4A1P02462 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC36.9■■■■□ 3.5
COL4A1P02462 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC36.9■■■■□ 3.5
COL4A1P02462 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.88■■■■□ 3.49
COL4A1P02462 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.87■■■■□ 3.49
COL4A1P02462 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC36.87■■■■□ 3.49
COL4A1P02462 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
COL4A1P02462 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
COL4A1P02462 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.82■■■■□ 3.48
COL4A1P02462 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.79■■■■□ 3.48
COL4A1P02462 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
COL4A1P02462 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC36.78■■■■□ 3.48
COL4A1P02462 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC36.76■■■■□ 3.47
COL4A1P02462 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
COL4A1P02462 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC36.74■■■■□ 3.47
COL4A1P02462 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
COL4A1P02462 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC36.68■■■■□ 3.46
COL4A1P02462 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
COL4A1P02462 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC36.62■■■■□ 3.45
COL4A1P02462 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.61■■■■□ 3.45
COL4A1P02462 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.56■■■■□ 3.44
COL4A1P02462 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
COL4A1P02462 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
COL4A1P02462 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.42
COL4A1P02462 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC36.45■■■■□ 3.42
COL4A1P02462 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.44■■■■□ 3.42
COL4A1P02462 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms