Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM4Q9C037 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM4Q9C037 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.3 ms