RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000270061.11

SSBP4-201, Transcript of single stranded DNA binding protein 4, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene SSBP4, Length 1,768 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SSBP4-201ENST00000270061 NISCHQ9Y2I1 1504 aa58.87■■■■■ 7.02
SSBP4-201ENST00000270061 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa52.52■■■■■ 6
SSBP4-201ENST00000270061 ABCC9O60706 1549 aa51.65■■■■■ 5.86
SSBP4-201ENST00000270061 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa49.57■■■■■ 5.53
SSBP4-201ENST00000270061 NACADO15069 1562 aa49.43■■■■■ 5.5
SSBP4-201ENST00000270061 DCAF8L2P0C7V8 631 aa49.35■■■■■ 5.49
SSBP4-201ENST00000270061 MYO15BQ96JP2 1530 aa49.01■■■■■ 5.44
SSBP4-201ENST00000270061 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP48.97■■■■■ 5.43
SSBP4-201ENST00000270061 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa48.69■■■■■ 5.38
SSBP4-201ENST00000270061 UNC13AQ9UPW8 1703 aa48.52■■■■■ 5.36
SSBP4-201ENST00000270061 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP48.2■■■■■ 5.312e-7■■■□□ 17.8
SSBP4-201ENST00000270061 BICRAQ9NZM4 1560 aa48.06■■■■■ 5.28
SSBP4-201ENST00000270061 SCRIBQ14160 1630 aa47.89■■■■■ 5.26
SSBP4-201ENST00000270061 DNAJC5BQ9UF47 199 aa47.65■■■■■ 5.22
SSBP4-201ENST00000270061 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa47.52■■■■■ 5.2
SSBP4-201ENST00000270061 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP46.83■■■■■ 5.09
SSBP4-201ENST00000270061 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa46.73■■■■■ 5.07
SSBP4-201ENST00000270061 CECR2Q9BXF3 1484 aa46.44■■■■■ 5.03
SSBP4-201ENST00000270061 SMARCA4P51532 1647 aa45.78■■■■■ 4.92
SSBP4-201ENST00000270061 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP45.67■■■■■ 4.9
SSBP4-201ENST00000270061 NCAPD3P42695 1498 aa45.58■■■■■ 4.89
SSBP4-201ENST00000270061 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa45.57■■■■■ 4.89
SSBP4-201ENST00000270061 SMARCA2P51531 1590 aa45.53■■■■■ 4.88
SSBP4-201ENST00000270061 MROH2BQ7Z745 1585 aa45.36■■■■■ 4.85
SSBP4-201ENST00000270061 HMGXB3Q12766 1538 aa45.35■■■■■ 4.85
SSBP4-201ENST00000270061 PEG3Q9GZU2 1588 aa45.31■■■■■ 4.84
SSBP4-201ENST00000270061 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP45.2■■■■■ 4.83
SSBP4-201ENST00000270061 WIZO95785 1651 aa44.9■■■■■ 4.78
SSBP4-201ENST00000270061 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP44.72■■■■■ 4.75
SSBP4-201ENST00000270061 NESP48681 1621 aa44.6■■■■■ 4.73
SSBP4-201ENST00000270061 ERCC6Q03468 1493 aa44.57■■■■■ 4.73
SSBP4-201ENST00000270061 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa44.47■■■■■ 4.71
SSBP4-201ENST00000270061 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP44.37■■■■■ 4.69
SSBP4-201ENST00000270061 CADPSQ9ULU8 1353 aa44.25■■■■■ 4.67
SSBP4-201ENST00000270061 CUX2O14529 1486 aa44.18■■■■■ 4.66
SSBP4-201ENST00000270061 PDS5BQ9NTI5 1447 aa44.17■■■■■ 4.66
SSBP4-201ENST00000270061 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa44.14■■■■■ 4.66
SSBP4-201ENST00000270061 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP44.01■■■■■ 4.64
SSBP4-201ENST00000270061 CFTRP13569 1480 aa43.92■■■■■ 4.62
SSBP4-201ENST00000270061 CCDC88BA6NC98 1476 aa43.84■■■■■ 4.61
SSBP4-201ENST00000270061 FANCD2Q9BXW9 1451 aa43.75■■■■■ 4.59
SSBP4-201ENST00000270061 CEP164Q9UPV0 1460 aa43.74■■■■■ 4.59
SSBP4-201ENST00000270061 MRC2Q9UBG0 1479 aa43.72■■■■■ 4.59
SSBP4-201ENST00000270061 PRDM2Q13029 1718 aa43.68■■■■■ 4.58
SSBP4-201ENST00000270061 WDR62O43379 1518 aa43.6■■■■■ 4.57
SSBP4-201ENST00000270061 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP43.39■■■■■ 4.54
SSBP4-201ENST00000270061 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP43.32■■■■■ 4.53
SSBP4-201ENST00000270061 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa43.17■■■■■ 4.5
SSBP4-201ENST00000270061 TOPBP1Q92547 1522 aa43.02■■■■■ 4.48
SSBP4-201ENST00000270061 ABCC8Q09428 1581 aa43.01■■■■■ 4.48
SSBP4-201ENST00000270061 DNMBPQ6XZF7 1577 aa42.95■■■■■ 4.47
SSBP4-201ENST00000270061 IFT140Q96RY7 1462 aa42.82■■■■■ 4.45
SSBP4-201ENST00000270061 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP42.65■■■■■ 4.42
SSBP4-201ENST00000270061 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP42.63■■■■■ 4.42
SSBP4-201ENST00000270061 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP42.59■■■■■ 4.41
SSBP4-201ENST00000270061 CUX1P39880 1505 aa42.58■■■■■ 4.41
SSBP4-201ENST00000270061 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP42.51■■■■■ 4.4
SSBP4-201ENST00000270061 FGD5Q6ZNL6 1462 aa42.49■■■■■ 4.39
SSBP4-201ENST00000270061 SOGA1O94964 1423 aa42.45■■■■■ 4.39
SSBP4-201ENST00000270061 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa42.45■■■■■ 4.39
SSBP4-201ENST00000270061 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP42.38■■■■■ 4.373e-7■■■■■ 55.2
SSBP4-201ENST00000270061 OSCARQ8IYS5 282 aa42.31■■■■■ 4.36
SSBP4-201ENST00000270061 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP42.25■■■■■ 4.35
SSBP4-201ENST00000270061 WDR97A6NE52 1622 aa42.24■■■■■ 4.35
SSBP4-201ENST00000270061 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP42.19■■■■■ 4.34
SSBP4-201ENST00000270061 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa42.16■■■■■ 4.34
SSBP4-201ENST00000270061 TOP2BQ02880 1626 aa42.16■■■■■ 4.34
SSBP4-201ENST00000270061 SYNJ1O43426 1573 aa42.12■■■■■ 4.33
SSBP4-201ENST00000270061 CHD1O14646 1710 aa42.07■■■■■ 4.33
SSBP4-201ENST00000270061 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa42.06■■■■■ 4.32
SSBP4-201ENST00000270061 GRIN2BQ13224 1484 aa41.99■■■■■ 4.31
SSBP4-201ENST00000270061 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa41.98■■■■■ 4.31
SSBP4-201ENST00000270061 GAPVD1Q14C86 1478 aa41.97■■■■■ 4.31
SSBP4-201ENST00000270061 FBLN2P98095 1184 aa41.96■■■■■ 4.31
SSBP4-201ENST00000270061 PBRM1Q86U86 1689 aa41.95■■■■■ 4.31
SSBP4-201ENST00000270061 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa41.94■■■■■ 4.3
SSBP4-201ENST00000270061 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP41.92■■■■■ 4.3
SSBP4-201ENST00000270061 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP41.78■■■■■ 4.28
SSBP4-201ENST00000270061 SYNJ2O15056 1496 aa41.76■■■■■ 4.28
SSBP4-201ENST00000270061 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa41.68■■■■■ 4.26
SSBP4-201ENST00000270061 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa41.68■■■■■ 4.26
SSBP4-201ENST00000270061 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa41.68■■■■■ 4.26
SSBP4-201ENST00000270061 TRIM41Q8WV44 630 aa41.65■■■■■ 4.26
SSBP4-201ENST00000270061 ARHGEF11O15085 1522 aa41.62■■■■■ 4.25
SSBP4-201ENST00000270061 ERICH3Q5RHP9 1530 aa41.56■■■■■ 4.24
SSBP4-201ENST00000270061 ADAMTS12P58397 1594 aa41.55■■■■■ 4.24
SSBP4-201ENST00000270061 CLASP1Q7Z460 1538 aa41.54■■■■■ 4.24
SSBP4-201ENST00000270061 GRIN2AQ12879 1464 aa41.46■■■■■ 4.23
SSBP4-201ENST00000270061 FHAD1B1AJZ9 1412 aa41.45■■■■■ 4.23
SSBP4-201ENST00000270061 CHIC1Q5VXU3 224 aa41.45■■■■■ 4.23
SSBP4-201ENST00000270061 KIF27Q86VH2 1401 aa41.34■■■■■ 4.21
SSBP4-201ENST00000270061 CEP170Q5SW79 1584 aa41.27■■■■■ 4.2
SSBP4-201ENST00000270061 NUP160Q12769 1436 aa41.27■■■■■ 4.2
SSBP4-201ENST00000270061 CYB5RLQ6IPT4 315 aa41.26■■■■■ 4.2
SSBP4-201ENST00000270061 ARAP1Q96P48 1450 aa41.25■■■■■ 4.19
SSBP4-201ENST00000270061 IGF1RP08069 1367 aa41.18■■■■■ 4.18
SSBP4-201ENST00000270061 CUL7Q14999 1698 aa41.16■■■■■ 4.18
SSBP4-201ENST00000270061 SHROOM2Q13796 1616 aa41.02■■■■■ 4.16
SSBP4-201ENST00000270061 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa40.96■■■■■ 4.15
SSBP4-201ENST00000270061 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa40.95■■■■■ 4.15
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