RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000379215.8

ECHDC3-201, Transcript of enoyl-CoA hydratase domain containing 3, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene ECHDC3, Length 1,649 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ECHDC3-201ENST00000379215 NISCHQ9Y2I1 1504 aa56.51■■■■■ 6.64
ECHDC3-201ENST00000379215 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa49.58■■■■■ 5.53
ECHDC3-201ENST00000379215 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP47.41■■■■■ 5.18
ECHDC3-201ENST00000379215 ABCC9O60706 1549 aa47■■■■■ 5.11
ECHDC3-201ENST00000379215 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa46.88■■■■■ 5.09
ECHDC3-201ENST00000379215 DCAF8L2P0C7V8 631 aa46.58■■■■■ 5.05
ECHDC3-201ENST00000379215 MYO15BQ96JP2 1530 aa46.52■■■■■ 5.04
ECHDC3-201ENST00000379215 NACADO15069 1562 aa46.27■■■■■ 5
ECHDC3-201ENST00000379215 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa45.94■■■■■ 4.95
ECHDC3-201ENST00000379215 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa45.56■■■■■ 4.88
ECHDC3-201ENST00000379215 SCRIBQ14160 1630 aa45.33■■■■■ 4.85
ECHDC3-201ENST00000379215 UNC13AQ9UPW8 1703 aa44.79■■■■■ 4.76
ECHDC3-201ENST00000379215 BICRAQ9NZM4 1560 aa44.41■■■■■ 4.7
ECHDC3-201ENST00000379215 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP44.17■■■■■ 4.66
ECHDC3-201ENST00000379215 CECR2Q9BXF3 1484 aa43.79■■■■■ 4.6
ECHDC3-201ENST00000379215 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP43.74■■■■■ 4.59
ECHDC3-201ENST00000379215 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP43.68■■■■■ 4.58
ECHDC3-201ENST00000379215 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP43.63■■■■■ 4.58
ECHDC3-201ENST00000379215 MROH2BQ7Z745 1585 aa43.54■■■■■ 4.56
ECHDC3-201ENST00000379215 SMARCA4P51532 1647 aa43.52■■■■■ 4.56
ECHDC3-201ENST00000379215 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP43.17■■■■■ 4.5
ECHDC3-201ENST00000379215 WIZO95785 1651 aa43.13■■■■■ 4.5
ECHDC3-201ENST00000379215 PEG3Q9GZU2 1588 aa43.09■■■■■ 4.49
ECHDC3-201ENST00000379215 SMARCA2P51531 1590 aa42.97■■■■■ 4.47
ECHDC3-201ENST00000379215 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa42.9■■■■■ 4.46
ECHDC3-201ENST00000379215 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP42.84■■■■■ 4.45
ECHDC3-201ENST00000379215 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP42.67■■■■■ 4.42
ECHDC3-201ENST00000379215 NCAPD3P42695 1498 aa42.66■■■■■ 4.42
ECHDC3-201ENST00000379215 HMGXB3Q12766 1538 aa42.61■■■■■ 4.41
ECHDC3-201ENST00000379215 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa42.58■■■■■ 4.41
ECHDC3-201ENST00000379215 CCDC88BA6NC98 1476 aa42.29■■■■■ 4.36
ECHDC3-201ENST00000379215 CHIC1Q5VXU3 224 aa41.66■■■■■ 4.26
ECHDC3-201ENST00000379215 DNAJC5BQ9UF47 199 aa41.65■■■■■ 4.26
ECHDC3-201ENST00000379215 CFTRP13569 1480 aa41.58■■■■■ 4.25
ECHDC3-201ENST00000379215 CADPSQ9ULU8 1353 aa41.51■■■■■ 4.24
ECHDC3-201ENST00000379215 PRDM2Q13029 1718 aa41.35■■■■■ 4.21
ECHDC3-201ENST00000379215 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa41.3■■■■■ 4.2
ECHDC3-201ENST00000379215 TRIM41Q8WV44 630 aa41.24■■■■■ 4.19
ECHDC3-201ENST00000379215 ABCC8Q09428 1581 aa41.19■■■■■ 4.18
ECHDC3-201ENST00000379215 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP41.14■■■■■ 4.18
ECHDC3-201ENST00000379215 NESP48681 1621 aa41.09■■■■■ 4.17
ECHDC3-201ENST00000379215 FANCD2Q9BXW9 1451 aa41.03■■■■■ 4.16
ECHDC3-201ENST00000379215 PDS5BQ9NTI5 1447 aa41.01■■■■■ 4.15
ECHDC3-201ENST00000379215 SYNJ1O43426 1573 aa40.89■■■■■ 4.14
ECHDC3-201ENST00000379215 TOP2BQ02880 1626 aa40.86■■■■■ 4.13
ECHDC3-201ENST00000379215 CEP164Q9UPV0 1460 aa40.85■■■■■ 4.13
ECHDC3-201ENST00000379215 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa40.82■■■■■ 4.13
ECHDC3-201ENST00000379215 CUX1P39880 1505 aa40.77■■■■■ 4.12
ECHDC3-201ENST00000379215 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa40.65■■■■■ 4.1
ECHDC3-201ENST00000379215 DNMBPQ6XZF7 1577 aa40.63■■■■■ 4.09
ECHDC3-201ENST00000379215 TOPBP1Q92547 1522 aa40.53■■■■■ 4.08
ECHDC3-201ENST00000379215 EEA1Q15075 1411 aa40.49■■■■■ 4.07
ECHDC3-201ENST00000379215 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP40.47■■■■■ 4.07
ECHDC3-201ENST00000379215 ERCC6Q03468 1493 aa40.46■■■■■ 4.07
ECHDC3-201ENST00000379215 MRC2Q9UBG0 1479 aa40.46■■■■■ 4.07
ECHDC3-201ENST00000379215 FGD5Q6ZNL6 1462 aa40.42■■■■■ 4.06
ECHDC3-201ENST00000379215 SOGA1O94964 1423 aa40.36■■■■■ 4.05
ECHDC3-201ENST00000379215 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP40.29■■■■■ 4.04
ECHDC3-201ENST00000379215 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP40.28■■■■■ 4.04
ECHDC3-201ENST00000379215 WDR62O43379 1518 aa40.26■■■■■ 4.04
ECHDC3-201ENST00000379215 KIF27Q86VH2 1401 aa40.18■■■■■ 4.02
ECHDC3-201ENST00000379215 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP40.17■■■■■ 4.02
ECHDC3-201ENST00000379215 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa40.16■■■■■ 4.02
ECHDC3-201ENST00000379215 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa40.13■■■■■ 4.01
ECHDC3-201ENST00000379215 CSRNP3Q8WYN3 585 aa40.12■■■■■ 4.01
ECHDC3-201ENST00000379215 CUX2O14529 1486 aa40.08■■■■■ 4.01
ECHDC3-201ENST00000379215 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa40.06■■■■■ 4
ECHDC3-201ENST00000379215 WDR97A6NE52 1622 aa39.98■■■■□ 3.99
ECHDC3-201ENST00000379215 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP39.94■■■■□ 3.98
ECHDC3-201ENST00000379215 IFT140Q96RY7 1462 aa39.93■■■■□ 3.98
ECHDC3-201ENST00000379215 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa39.91■■■■□ 3.98
ECHDC3-201ENST00000379215 KIF21BO75037 1637 aa39.87■■■■□ 3.97
ECHDC3-201ENST00000379215 GOLGA3Q08378 1498 aa39.8■■■■□ 3.96
ECHDC3-201ENST00000379215 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa39.79■■■■□ 3.96
ECHDC3-201ENST00000379215 IGF1RP08069 1367 aa39.77■■■■□ 3.96
ECHDC3-201ENST00000379215 PRXQ9BXM0 1461 aa39.76■■■■□ 3.96
ECHDC3-201ENST00000379215 GAPVD1Q14C86 1478 aa39.74■■■■□ 3.95
ECHDC3-201ENST00000379215 ERICH3Q5RHP9 1530 aa39.73■■■■□ 3.95
ECHDC3-201ENST00000379215 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP39.72■■■■□ 3.95
ECHDC3-201ENST00000379215 CUL7Q14999 1698 aa39.62■■■■□ 3.93
ECHDC3-201ENST00000379215 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa39.6■■■■□ 3.93
ECHDC3-201ENST00000379215 EHMT2Q96KQ7 1210 aa39.6■■■■□ 3.93
ECHDC3-201ENST00000379215 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa39.59■■■■□ 3.93
ECHDC3-201ENST00000379215 TNIKQ9UKE5 1360 aa39.58■■■■□ 3.93
ECHDC3-201ENST00000379215 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP39.54■■■■□ 3.92
ECHDC3-201ENST00000379215 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP39.53■■■■□ 3.92
ECHDC3-201ENST00000379215 GRIN2BQ13224 1484 aa39.53■■■■□ 3.92
ECHDC3-201ENST00000379215 UBTFP17480 764 aaKnown RBP39.53■■■■□ 3.92
ECHDC3-201ENST00000379215 PBRM1Q86U86 1689 aa39.5■■■■□ 3.91
ECHDC3-201ENST00000379215 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP39.49■■■■□ 3.91
ECHDC3-201ENST00000379215 FHAD1B1AJZ9 1412 aa39.35■■■■□ 3.89
ECHDC3-201ENST00000379215 ADAMTS12P58397 1594 aa39.32■■■■□ 3.88
ECHDC3-201ENST00000379215 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP39.28■■■■□ 3.88
ECHDC3-201ENST00000379215 CEP162Q5TB80 1403 aa39.28■■■■□ 3.88
ECHDC3-201ENST00000379215 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa39.24■■■■□ 3.87
ECHDC3-201ENST00000379215 CLIP1P30622 1438 aa39.1■■■■□ 3.85
ECHDC3-201ENST00000379215 SYNJ2O15056 1496 aa39.09■■■■□ 3.85
ECHDC3-201ENST00000379215 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa39.04■■■■□ 3.84
ECHDC3-201ENST00000379215 GRIN2AQ12879 1464 aa39.01■■■■□ 3.84
ECHDC3-201ENST00000379215 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP38.96■■■■□ 3.83
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 13.6 ms