Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 DHDDS-201ENST00000236342 1403 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.342e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-203ENST00000374185 1148 ntTSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.342e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 TMEM120B-204ENST00000449592 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.352e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 CALM3-203ENST00000477244 696 ntTSL 312.7□□□□□ -0.382e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RPS6KA1-220ENST00000531382 2359 ntTSL 2 BASIC12.45□□□□□ -0.424e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 TMEM120B-207ENST00000541467 2959 ntTSL 512.39□□□□□ -0.432e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 C17orf99-201ENST00000340363 984 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.432e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-214ENST00000525410 595 ntTSL 412.32□□□□□ -0.442e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 GBE1-201ENST00000429644 3461 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.31□□□□□ -0.442e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DLGAP4-213ENST00000489701 2396 ntTSL 2 BASIC11.94□□□□□ -0.52e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RPS6KA1-219ENST00000531113 2089 ntTSL 211.9□□□□□ -0.54e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 CALM3-210ENST00000597868 927 ntTSL 311.76□□□□□ -0.532e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-220ENST00000528557 516 ntTSL 411.47□□□□□ -0.572e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-215ENST00000525546 581 ntTSL 211.47□□□□□ -0.572e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RAB6B-207ENST00000543906 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.62e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-221ENST00000529688 589 ntTSL 411.09□□□□□ -0.632e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 CLCN6-208ENST00000494028 773 ntTSL 511.07□□□□□ -0.642e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RPS6KA1-202ENST00000374163 3202 ntTSL 210.69□□□□□ -0.74e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 CORO2A-202ENST00000375077 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.67□□□□□ -0.74e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RPS6KA1-216ENST00000530003 3023 ntTSL 5 BASIC10.54□□□□□ -0.724e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-202ENST00000360009 3245 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC10.53□□□□□ -0.722e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RBM22-201ENST00000199814 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.23□□□□□ -0.772e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-204ENST00000374186 656 ntTSL 39.83□□□□□ -0.842e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RNF4-203ENST00000503123 298 ntTSL 59.59□□□□□ -0.872e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-209ENST00000434391 3338 ntTSL 1 (best)9.55□□□□□ -0.882e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-218ENST00000526278 548 ntTSL 49.2□□□□□ -0.942e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-225ENST00000533087 582 ntTSL 59.2□□□□□ -0.942e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 SEC24A-202ENST00000398844 6299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.12□□□□□ -0.952e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-207ENST00000430232 703 ntTSL 28.94□□□□□ -0.982e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-223ENST00000531312 496 ntTSL 48.92□□□□□ -0.982e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 CALM3-204ENST00000482455 650 ntTSL 48.72□□□□□ -1.012e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RNF4-220ENST00000513578 545 ntTSL 48.72□□□□□ -1.012e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 PAPD7-204ENST00000514410 575 ntTSL 28.09□□□□□ -1.112e-17■■■■■ 112
SF3B1O75533 OSBPL3-209ENST00000415162 534 ntTSL 48.05□□□□□ -1.122e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 HERC4-202ENST00000373700 3905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.91□□□□□ -1.145e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 KIF13A-202ENST00000358380 4200 ntTSL 1 (best)7.7□□□□□ -1.187e-9■■■■■ 112
SF3B1O75533 RBM22-202ENST00000447771 1386 ntTSL 2 BASIC6.76□□□□□ -1.332e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 DHDDS-224ENST00000531955 559 ntTSL 56.68□□□□□ -1.342e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 OSBPL3-211ENST00000441059 540 ntTSL 46.41□□□□□ -1.382e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RNF4-217ENST00000511892 547 ntTSL 46.38□□□□□ -1.392e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 HERC4-209ENST00000473533 3593 ntTSL 1 (best)6.31□□□□□ -1.45e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 HERC4-206ENST00000427635 6391 ntTSL 25.86□□□□□ -1.475e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 HERC4-205ENST00000412272 4211 ntTSL 1 (best) BASIC5.26□□□□□ -1.575e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 RNF4-211ENST00000509206 490 ntTSL 34.31□□□□□ -1.722e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 GBE1-205ENST00000489715 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.2□□□□□ -1.742e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 HERC4-204ENST00000395198 4445 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.03□□□□□ -1.765e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 HERC4-201ENST00000277817 4371 ntTSL 1 (best) BASIC2.78□□□□□ -1.965e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 TBCK-209ENST00000505574 282 ntTSL 41.94□□□□□ -2.12e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 TBCK-208ENST00000503832 865 ntTSL 51.91□□□□□ -2.12e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 PWWP2A-203ENST00000520662 407 ntTSL 35.78□□□□□ -1.482e-6■■■■■ 112
SF3B1O75533 SKI-204ENST00000508416 252 ntTSL 311.43□□□□□ -0.583e-6■■■■■ 111.9
SF3B1O75533 CTBP2-207ENST00000467395 410 ntTSL 326.71■■□□□ 1.872e-6■■■■■ 111.9
SF3B1O75533 RELT-206ENST00000545687 586 ntTSL 424.78■■□□□ 1.565e-6■■■■■ 111.9
SF3B1O75533 BRD1-203ENST00000404760 4550 ntTSL 2 BASIC12.02□□□□□ -0.493e-6■■■■■ 111.9
SF3B1O75533 MKL1-212ENST00000618417 1842 ntTSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.122e-6■■■■■ 111.9
SF3B1O75533 MKL1-211ENST00000618196 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.222e-6■■■■■ 111.9
SF3B1O75533 ACVR2B-202ENST00000461232 5370 ntTSL 1 (best)13.85□□□□□ -0.197e-9■■■■■ 111.9
SF3B1O75533 SEC14L1-202ENST00000430767 5283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.18□□□□□ -0.465e-6■■■■■ 111.9
SF3B1O75533 SEC14L1-201ENST00000392476 2957 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC10.78□□□□□ -0.685e-6■■■■■ 111.9
SF3B1O75533 VPS13D-214ENST00000620676 16320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.07□□□□□ -1.62e-6■■■■■ 111.8
SF3B1O75533 VPS13D-213ENST00000613099 16245 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.05□□□□□ -1.62e-6■■■■■ 111.8
SF3B1O75533 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.193e-6■■■■■ 111.8
SF3B1O75533 FAM53B-203ENST00000392754 3557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.253e-6■■■■■ 111.8
SF3B1O75533 MITF-207ENST00000429090 542 ntTSL 59.15□□□□□ -0.943e-6■■■■■ 111.8
SF3B1O75533 MITF-208ENST00000433517 589 ntTSL 39.15□□□□□ -0.943e-6■■■■■ 111.8
SF3B1O75533 MITF-214ENST00000472437 1995 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC8.98□□□□□ -0.973e-6■■■■■ 111.8
SF3B1O75533 MITF-203ENST00000328528 4680 ntTSL 5 BASIC8.32□□□□□ -1.083e-6■■■■■ 111.8
SF3B1O75533 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.491e-6■■■■■ 111.7
SF3B1O75533 LMNA-213ENST00000473598 2015 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.071e-6■■■■■ 111.7
SF3B1O75533 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.854e-6■■■■■ 111.7
SF3B1O75533 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.74e-6■■■■■ 111.7
SF3B1O75533 GLB1-203ENST00000399402 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.194e-6■■■■■ 111.7
SF3B1O75533 AGO1-203ENST00000635259 2836 ntTSL 512.84□□□□□ -0.354e-6■■■■■ 111.7
SF3B1O75533 GLB1-215ENST00000482097 547 ntTSL 59.02□□□□□ -0.974e-6■■■■■ 111.7
SF3B1O75533 GLB1-216ENST00000485698 550 ntTSL 49.02□□□□□ -0.974e-6■■■■■ 111.7
SF3B1O75533 SFMBT2-204ENST00000397167 8024 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.34e-6■■■■■ 111.7
SF3B1O75533 SFMBT2-201ENST00000361972 7922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.454e-6■■■■■ 111.7
SF3B1O75533 MROH1-210ENST00000534508 1611 ntTSL 515.87■□□□□ 0.135e-6■■■■■ 111.7
SF3B1O75533 WDR59-201ENST00000262144 5898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.063e-6■■■■■ 111.7
SF3B1O75533 TRPS1-208ENST00000519076 3329 ntTSL 5 BASIC7.96□□□□□ -1.146e-6■■■■■ 111.7
SF3B1O75533 HGS-216ENST00000576498 1004 ntTSL 219.69■□□□□ 0.743e-6■■■■■ 111.7
SF3B1O75533 HGS-208ENST00000572392 824 ntTSL 517.09■□□□□ 0.333e-6■■■■■ 111.7
SF3B1O75533 TCF3-220ENST00000611869 4409 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.276e-7■■■■■ 111.7
SF3B1O75533 ZNF41-202ENST00000377065 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.281e-6■■■■■ 111.6
SF3B1O75533 ZNF41-201ENST00000313116 4297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.68□□□□□ -0.861e-6■■■■■ 111.6
SF3B1O75533 TRIM65-201ENST00000269383 3439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.081e-6■■■■■ 111.6
SF3B1O75533 TAF4-207ENST00000608887 284 ntTSL 410.39□□□□□ -0.752e-6■■■■■ 111.6
SF3B1O75533 TVP23C-CDRT4-204ENST00000557349 1005 ntTSL 218.23■□□□□ 0.512e-6■■■■■ 111.6
SF3B1O75533 TVP23C-CDRT4-203ENST00000522212 2833 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.212e-6■■■■■ 111.6
SF3B1O75533 TVP23C-CDRT4-201ENST00000481756 556 ntTSL 46.99□□□□□ -1.292e-6■■■■■ 111.6
SF3B1O75533 TVP23C-CDRT4-202ENST00000518506 520 ntTSL 51.69□□□□□ -2.142e-6■■■■■ 111.6
SF3B1O75533 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.175e-8■■■■■ 111.5
SF3B1O75533 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.125e-8■■■■■ 111.5
SF3B1O75533 DUS2-201ENST00000358896 1933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.065e-8■■■■■ 111.5
SF3B1O75533 DUS2-206ENST00000564975 833 ntTSL 215.21■□□□□ 0.035e-8■■■■■ 111.5
SF3B1O75533 DUS2-205ENST00000564781 540 ntTSL 512.9□□□□□ -0.345e-8■■■■■ 111.5
SF3B1O75533 DUS2-215ENST00000575677 570 ntTSL 312.73□□□□□ -0.375e-8■■■■■ 111.5
SF3B1O75533 DUS2-211ENST00000568099 540 ntTSL 512.01□□□□□ -0.495e-8■■■■■ 111.5
SF3B1O75533 DUS2-216ENST00000576994 571 ntTSL 411.37□□□□□ -0.595e-8■■■■■ 111.5
SF3B1O75533 DUS2-213ENST00000570709 569 ntTSL 49.46□□□□□ -0.95e-8■■■■■ 111.5
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