Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
TNFRSF4P43489 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TNFRSF4P43489 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TNFRSF4P43489 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 210 ms