Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXD9P28356 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXD9P28356 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms