Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 FAM46C-201ENST00000369448 5751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.045e-8■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 C9orf3-212ENST00000468164 849 ntTSL 514.77□□□□□ -0.045e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ORMDL1-204ENST00000409519 1223 ntTSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.058e-14■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TCOF1-201ENST00000323668 4832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.056e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 SDCBP2-AS1-205ENST00000609745 855 ntTSL 414.7□□□□□ -0.064e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 LMNA-210ENST00000469565 591 ntTSL 414.67□□□□□ -0.062e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 RBM4-207ENST00000506523 654 ntTSL 3 BASIC14.6□□□□□ -0.075e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 RBM4-203ENST00000398692 921 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.075e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 NAGK-224ENST00000524736 797 ntTSL 314.59□□□□□ -0.075e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ERICH1-206ENST00000522706 1551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.085e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TCOF1-207ENST00000504761 4467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.096e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ATL2-203ENST00000405384 1905 ntTSL 1 (best)14.49□□□□□ -0.091e-8■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 PIGF-202ENST00000306465 1061 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.096e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ATP2A3-214ENST00000574999 776 ntTSL 314.46□□□□□ -0.093e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 PUF60-211ENST00000527744 1007 ntTSL 214.35□□□□□ -0.118e-14■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TOLLIP-202ENST00000317204 3617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.113e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 RBM4-201ENST00000310092 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.155e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ASAP3-202ENST00000437606 2865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.13□□□□□ -0.155e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 RBM4-211ENST00000530235 1011 ntTSL 3 BASIC14.12□□□□□ -0.155e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 EPN2-218ENST00000582015 562 ntTSL 414.06□□□□□ -0.165e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 LMNA-218ENST00000502357 537 ntTSL 414.06□□□□□ -0.162e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ZCCHC9-203ENST00000407610 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.02□□□□□ -0.168e-14■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 DIABLO-214ENST00000541273 555 ntTSL 213.98□□□□□ -0.173e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 PUF60-204ENST00000456095 1736 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.178e-14■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TOLLIP-203ENST00000525159 3429 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.183e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 MICAL3-216ENST00000579997 519 ntTSL 513.83□□□□□ -0.25e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ATL2-201ENST00000378954 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.21e-8■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ARHGAP17-217ENST00000575447 559 ntTSL 213.67□□□□□ -0.221e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TCOF1-214ENST00000515035 5240 ntTSL 213.53□□□□□ -0.246e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 FAM193B-207ENST00000506879 580 ntTSL 213.32□□□□□ -0.288e-14■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 IGF2BP1-202ENST00000431824 1317 ntTSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.285e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 EPN2-217ENST00000581024 639 ntTSL 213.26□□□□□ -0.295e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 HPS5-202ENST00000352460 1642 ntTSL 513.26□□□□□ -0.295e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 EPN2-225ENST00000584707 593 ntTSL 413.24□□□□□ -0.295e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 EPN2-202ENST00000347697 4664 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.22□□□□□ -0.295e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TRAK1-210ENST00000613405 4672 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.295e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ATL2-206ENST00000419554 2335 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.31e-8■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 RBM4-205ENST00000409406 2321 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.35e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ASAP3-208ENST00000492982 3024 ntTSL 213.1□□□□□ -0.315e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TOLLIP-207ENST00000527886 3666 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.313e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ZCCHC9-208ENST00000507402 768 ntTSL 213.04□□□□□ -0.328e-14■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 CCDC84-209ENST00000580556 562 ntTSL 313.02□□□□□ -0.333e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ARRB1-212ENST00000533609 559 ntTSL 513.02□□□□□ -0.335e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ALKBH6-209ENST00000471323 3326 ntTSL 212.75□□□□□ -0.375e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 MMS19-214ENST00000477575 986 ntTSL 212.67□□□□□ -0.385e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ATL2-207ENST00000443098 775 ntTSL 512.66□□□□□ -0.381e-8■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 PIGF-203ENST00000412717 737 ntTSL 312.6□□□□□ -0.396e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TCOF1-205ENST00000439160 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.59□□□□□ -0.396e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ATP2A3-210ENST00000572116 429 ntTSL 1 (best)12.52□□□□□ -0.413e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ATP2A3-208ENST00000570845 604 ntTSL 1 (best)12.52□□□□□ -0.413e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 RALGPS2-203ENST00000367634 7512 ntTSL 2 BASIC12.5□□□□□ -0.411e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 CTAGE5-202ENST00000280083 3860 ntTSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.425e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ASAP3-201ENST00000336689 4050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.37□□□□□ -0.435e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 SNUPN-203ENST00000563875 406 ntTSL 312.35□□□□□ -0.434e-11■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 THOC7-204ENST00000469584 836 ntTSL 2 BASIC12.31□□□□□ -0.445e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 PIGF-207ENST00000495933 3454 ntTSL 212.28□□□□□ -0.446e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TMEM116-218ENST00000552839 511 ntTSL 412.28□□□□□ -0.443e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 CCDC84-210ENST00000583842 551 ntTSL 312.19□□□□□ -0.468e-14■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 RBM4-210ENST00000528039 764 ntTSL 312.15□□□□□ -0.465e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ZCCHC9-201ENST00000254037 4606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.468e-14■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 SMARCC1-205ENST00000483847 804 ntTSL 212.11□□□□□ -0.475e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TMEM116-203ENST00000546537 599 ntTSL 512.07□□□□□ -0.483e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 SDCBP2-AS1-204ENST00000609470 2158 ntTSL 1 (best) BASIC12.02□□□□□ -0.494e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TERF2IP-202ENST00000564671 1266 ntTSL 211.95□□□□□ -0.55e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TMEM116-215ENST00000552374 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.53e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 CEP89-201ENST00000305768 5678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.55e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 GANAB-215ENST00000534779 2626 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.57e-9■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 CCDC84-205ENST00000528088 1482 ntTSL 211.89□□□□□ -0.518e-14■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TRAK1-202ENST00000341421 4620 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.525e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 GANAB-216ENST00000540933 3836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.527e-9■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 CTAGE5-206ENST00000396158 3695 ntTSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.525e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ZCCHC9-202ENST00000380199 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.52□□□□□ -0.578e-14■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 PSME2-208ENST00000559359 484 ntTSL 211.42□□□□□ -0.585e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 AC048338.1-201ENST00000535844 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.38□□□□□ -0.593e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TCOF1-203ENST00000394269 3400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.34□□□□□ -0.596e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 SNUPN-202ENST00000563793 661 ntTSL 411.32□□□□□ -0.64e-11■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TCOF1-211ENST00000513346 4646 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.28□□□□□ -0.66e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 MMS19-217ENST00000483626 884 ntTSL 511.17□□□□□ -0.625e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TCOF1-204ENST00000427724 4272 ntAPPRIS ALT2 TSL 511.16□□□□□ -0.626e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 PUF60-213ENST00000528999 431 ntTSL 311.13□□□□□ -0.638e-14■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 ATL2-204ENST00000406122 2864 ntTSL 5 BASIC11.11□□□□□ -0.631e-8■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 RFC1-211ENST00000509084 483 ntTSL 311.08□□□□□ -0.648e-14■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 SLC16A1-203ENST00000443580 1099 ntTSL 310.78□□□□□ -0.685e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 LSM14A-206ENST00000588582 3601 ntTSL 210.75□□□□□ -0.695e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 CTAGE5-214ENST00000556148 2526 ntTSL 1 (best) BASIC10.74□□□□□ -0.695e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 SRGAP2-214ENST00000605476 2484 ntTSL 1 (best)10.74□□□□□ -0.695e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 EXT2-208ENST00000531161 747 ntTSL 410.71□□□□□ -0.695e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 CEP89-203ENST00000586984 2482 ntTSL 1 (best)10.59□□□□□ -0.715e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 GANAB-201ENST00000346178 3906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.52□□□□□ -0.727e-9■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 EFCAB11-209ENST00000556005 1856 ntTSL 1 (best) BASIC10.45□□□□□ -0.741e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 SDCBP2-AS1-202ENST00000607947 808 ntTSL 3 BASIC10.3□□□□□ -0.764e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 CTAGE5-203ENST00000341502 4091 ntTSL 1 (best) BASIC10.28□□□□□ -0.765e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 GANAB-211ENST00000532402 3718 ntTSL 1 (best)10.14□□□□□ -0.797e-9■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 GANAB-202ENST00000356638 3608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.06□□□□□ -0.87e-9■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 PSMA3-207ENST00000554812 1279 ntTSL 210.01□□□□□ -0.818e-14■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 CEP89-206ENST00000591698 2367 ntTSL 210.01□□□□□ -0.815e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 BRIP1-204ENST00000579028 790 ntTSL 59.7□□□□□ -0.865e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TMEM116-217ENST00000552801 1397 ntTSL 59.63□□□□□ -0.873e-7■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 PROSER1-205ENST00000484434 2150 ntTSL 29.59□□□□□ -0.875e-6■■■■■ 114.9
SF3B1O75533 TMEM116-213ENST00000550831 1446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.57□□□□□ -0.883e-7■■■■■ 114.9
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