Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SDC3O75056 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SDC3O75056 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SDC3O75056 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SDC3O75056 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SDC3O75056 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
SDC3O75056 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SDC3O75056 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SDC3O75056 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SDC3O75056 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SDC3O75056 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SDC3O75056 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SDC3O75056 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
SDC3O75056 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SDC3O75056 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SDC3O75056 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SDC3O75056 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SDC3O75056 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SDC3O75056 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SDC3O75056 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SDC3O75056 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SDC3O75056 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SDC3O75056 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SDC3O75056 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SDC3O75056 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC3O75056 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC3O75056 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC3O75056 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC3O75056 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC3O75056 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC3O75056 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC3O75056 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC3O75056 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC3O75056 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC3O75056 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC3O75056 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC3O75056 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC3O75056 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC3O75056 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC3O75056 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC3O75056 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC3O75056 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC3O75056 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC3O75056 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC3O75056 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC3O75056 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SDC3O75056 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SDC3O75056 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SDC3O75056 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SDC3O75056 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SDC3O75056 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SDC3O75056 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SDC3O75056 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC3O75056 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC3O75056 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC3O75056 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC3O75056 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC3O75056 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC3O75056 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC3O75056 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC3O75056 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC3O75056 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC3O75056 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC3O75056 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC3O75056 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC3O75056 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SDC3O75056 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SDC3O75056 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SDC3O75056 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SDC3O75056 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SDC3O75056 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SDC3O75056 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SDC3O75056 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC3O75056 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC3O75056 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC3O75056 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC3O75056 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC3O75056 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC3O75056 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC3O75056 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC3O75056 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC3O75056 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC3O75056 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC3O75056 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC3O75056 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC3O75056 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SDC3O75056 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SDC3O75056 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SDC3O75056 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SDC3O75056 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SDC3O75056 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
SDC3O75056 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SDC3O75056 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
SDC3O75056 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SDC3O75056 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SDC3O75056 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SDC3O75056 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SDC3O75056 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SDC3O75056 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SDC3O75056 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.6 ms