Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC33.94■■■■□ 3.02
SDC3O75056 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC33.3■■■□□ 2.92
SDC3O75056 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
SDC3O75056 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
SDC3O75056 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.81■■■□□ 2.84
SDC3O75056 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.73■■■□□ 2.83
SDC3O75056 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
SDC3O75056 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC32.53■■■□□ 2.8
SDC3O75056 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.99■■■□□ 2.71
SDC3O75056 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC31.85■■■□□ 2.69
SDC3O75056 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC31.79■■■□□ 2.68
SDC3O75056 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC31.76■■■□□ 2.67
SDC3O75056 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
SDC3O75056 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.67■■■□□ 2.66
SDC3O75056 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
SDC3O75056 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
SDC3O75056 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
SDC3O75056 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC31.46■■■□□ 2.63
SDC3O75056 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC31.26■■■□□ 2.59
SDC3O75056 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
SDC3O75056 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC31.1■■■□□ 2.57
SDC3O75056 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
SDC3O75056 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.08■■■□□ 2.57
SDC3O75056 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
SDC3O75056 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
SDC3O75056 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC30.92■■■□□ 2.54
SDC3O75056 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
SDC3O75056 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
SDC3O75056 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
SDC3O75056 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC30.77■■■□□ 2.52
SDC3O75056 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
SDC3O75056 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
SDC3O75056 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.39■■■□□ 2.46
SDC3O75056 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC30.33■■■□□ 2.45
SDC3O75056 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
SDC3O75056 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
SDC3O75056 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC30.25■■■□□ 2.43
SDC3O75056 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC30.23■■■□□ 2.43
SDC3O75056 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC30.22■■■□□ 2.43
SDC3O75056 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
SDC3O75056 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
SDC3O75056 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SDC3O75056 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
SDC3O75056 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
SDC3O75056 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SDC3O75056 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
SDC3O75056 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
SDC3O75056 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
SDC3O75056 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
SDC3O75056 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
SDC3O75056 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SDC3O75056 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
SDC3O75056 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
SDC3O75056 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
SDC3O75056 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
SDC3O75056 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SDC3O75056 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
SDC3O75056 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SDC3O75056 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
SDC3O75056 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SDC3O75056 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SDC3O75056 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SDC3O75056 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SDC3O75056 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SDC3O75056 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SDC3O75056 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SDC3O75056 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
SDC3O75056 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC29.26■■■□□ 2.27
SDC3O75056 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SDC3O75056 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SDC3O75056 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC29.24■■■□□ 2.27
SDC3O75056 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
SDC3O75056 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
SDC3O75056 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
SDC3O75056 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SDC3O75056 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SDC3O75056 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
SDC3O75056 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
SDC3O75056 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SDC3O75056 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SDC3O75056 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
SDC3O75056 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
SDC3O75056 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
SDC3O75056 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SDC3O75056 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SDC3O75056 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
SDC3O75056 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
SDC3O75056 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC29■■■□□ 2.23
SDC3O75056 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SDC3O75056 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
SDC3O75056 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
SDC3O75056 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SDC3O75056 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
SDC3O75056 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
SDC3O75056 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
SDC3O75056 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
SDC3O75056 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
SDC3O75056 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SDC3O75056 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
SDC3O75056 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.8 ms