Protein–RNA interactions for Protein: P78367

NKX3-2, Homeobox protein Nkx-3.2, humanhuman

Predictions only

Length 333 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX3-2P78367 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC27.81■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
NKX3-2P78367 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
NKX3-2P78367 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC27.69■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC27.66■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
NKX3-2P78367 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
NKX3-2P78367 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.4 ms