Protein–RNA interactions for Protein: P78367

NKX3-2, Homeobox protein Nkx-3.2, humanhuman

Predictions only

Length 333 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX3-2P78367 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC38.94■■■■□ 3.82
NKX3-2P78367 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC38.52■■■■□ 3.76
NKX3-2P78367 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
NKX3-2P78367 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.93■■■■□ 3.66
NKX3-2P78367 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
NKX3-2P78367 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.41■■■■□ 3.58
NKX3-2P78367 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.58
NKX3-2P78367 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC37.14■■■■□ 3.54
NKX3-2P78367 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.84■■■■□ 3.49
NKX3-2P78367 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC36.6■■■■□ 3.45
NKX3-2P78367 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC36.57■■■■□ 3.44
NKX3-2P78367 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC36.49■■■■□ 3.43
NKX3-2P78367 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
NKX3-2P78367 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.25■■■■□ 3.39
NKX3-2P78367 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
NKX3-2P78367 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
NKX3-2P78367 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
NKX3-2P78367 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
NKX3-2P78367 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
NKX3-2P78367 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC35.93■■■■□ 3.34
NKX3-2P78367 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.64■■■■□ 3.3
NKX3-2P78367 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC35.61■■■■□ 3.29
NKX3-2P78367 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
NKX3-2P78367 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
NKX3-2P78367 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.29
NKX3-2P78367 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC35.52■■■■□ 3.28
NKX3-2P78367 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
NKX3-2P78367 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.43■■■■□ 3.26
NKX3-2P78367 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC35.39■■■■□ 3.26
NKX3-2P78367 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC35.35■■■■□ 3.25
NKX3-2P78367 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
NKX3-2P78367 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.19■■■■□ 3.22
NKX3-2P78367 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC35.03■■■■□ 3.2
NKX3-2P78367 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC34.99■■■■□ 3.19
NKX3-2P78367 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
NKX3-2P78367 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC34.91■■■■□ 3.18
NKX3-2P78367 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC34.91■■■■□ 3.18
NKX3-2P78367 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC34.74■■■■□ 3.15
NKX3-2P78367 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC34.61■■■■□ 3.13
NKX3-2P78367 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
NKX3-2P78367 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
NKX3-2P78367 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
NKX3-2P78367 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
NKX3-2P78367 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
NKX3-2P78367 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
NKX3-2P78367 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.07
NKX3-2P78367 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
NKX3-2P78367 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
NKX3-2P78367 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC34.2■■■■□ 3.07
NKX3-2P78367 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC34.1■■■■□ 3.05
NKX3-2P78367 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC34.08■■■■□ 3.05
NKX3-2P78367 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
NKX3-2P78367 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC33.92■■■■□ 3.02
NKX3-2P78367 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
NKX3-2P78367 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.88■■■■□ 3.01
NKX3-2P78367 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
NKX3-2P78367 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
NKX3-2P78367 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC33.79■■■■□ 3
NKX3-2P78367 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.74■■■□□ 2.99
NKX3-2P78367 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
NKX3-2P78367 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC33.71■■■□□ 2.99
NKX3-2P78367 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
NKX3-2P78367 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
NKX3-2P78367 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC33.68■■■□□ 2.98
NKX3-2P78367 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
NKX3-2P78367 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
NKX3-2P78367 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC33.63■■■□□ 2.97
NKX3-2P78367 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC33.58■■■□□ 2.97
NKX3-2P78367 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.97
NKX3-2P78367 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
NKX3-2P78367 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
NKX3-2P78367 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
NKX3-2P78367 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.44■■■□□ 2.94
NKX3-2P78367 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.42■■■□□ 2.94
NKX3-2P78367 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
NKX3-2P78367 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
NKX3-2P78367 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC33.38■■■□□ 2.93
NKX3-2P78367 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
NKX3-2P78367 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC33.36■■■□□ 2.93
NKX3-2P78367 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.35■■■□□ 2.93
NKX3-2P78367 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC33.35■■■□□ 2.93
NKX3-2P78367 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC33.34■■■□□ 2.93
NKX3-2P78367 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.31■■■□□ 2.92
NKX3-2P78367 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.3■■■□□ 2.92
NKX3-2P78367 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC33.29■■■□□ 2.92
NKX3-2P78367 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
NKX3-2P78367 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
NKX3-2P78367 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC33.27■■■□□ 2.92
NKX3-2P78367 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
NKX3-2P78367 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
NKX3-2P78367 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
NKX3-2P78367 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC33.17■■■□□ 2.9
NKX3-2P78367 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC33.15■■■□□ 2.9
NKX3-2P78367 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
NKX3-2P78367 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
NKX3-2P78367 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.1■■■□□ 2.89
NKX3-2P78367 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.07■■■□□ 2.88
NKX3-2P78367 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC33.07■■■□□ 2.88
NKX3-2P78367 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC33.05■■■□□ 2.88
NKX3-2P78367 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.1 ms