Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
MSH2P43246 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
MSH2P43246 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
MSH2P43246 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
MSH2P43246 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
MSH2P43246 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
MSH2P43246 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
MSH2P43246 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
MSH2P43246 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
MSH2P43246 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
MSH2P43246 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
MSH2P43246 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
MSH2P43246 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
MSH2P43246 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
MSH2P43246 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
MSH2P43246 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
MSH2P43246 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
MSH2P43246 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
MSH2P43246 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
MSH2P43246 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
MSH2P43246 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
MSH2P43246 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
MSH2P43246 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
MSH2P43246 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
MSH2P43246 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSH2P43246 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSH2P43246 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSH2P43246 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSH2P43246 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
MSH2P43246 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
MSH2P43246 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.91■■□□□ 1.58
MSH2P43246 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
MSH2P43246 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
MSH2P43246 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
MSH2P43246 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
MSH2P43246 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
MSH2P43246 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
MSH2P43246 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
MSH2P43246 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
MSH2P43246 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
MSH2P43246 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
MSH2P43246 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
MSH2P43246 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
MSH2P43246 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
MSH2P43246 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
MSH2P43246 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
MSH2P43246 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
MSH2P43246 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
MSH2P43246 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH2P43246 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH2P43246 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH2P43246 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH2P43246 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH2P43246 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH2P43246 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH2P43246 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH2P43246 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH2P43246 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSH2P43246 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
MSH2P43246 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
MSH2P43246 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
MSH2P43246 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
MSH2P43246 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
MSH2P43246 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
MSH2P43246 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
MSH2P43246 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
MSH2P43246 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
MSH2P43246 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
MSH2P43246 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
MSH2P43246 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
MSH2P43246 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
MSH2P43246 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
MSH2P43246 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
MSH2P43246 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
MSH2P43246 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
MSH2P43246 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
MSH2P43246 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
MSH2P43246 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
MSH2P43246 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
MSH2P43246 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
MSH2P43246 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
MSH2P43246 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
MSH2P43246 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
MSH2P43246 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
MSH2P43246 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
MSH2P43246 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
MSH2P43246 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
MSH2P43246 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
MSH2P43246 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
MSH2P43246 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
MSH2P43246 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
MSH2P43246 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
MSH2P43246 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
MSH2P43246 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
MSH2P43246 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
MSH2P43246 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSH2P43246 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSH2P43246 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSH2P43246 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSH2P43246 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms