Protein–RNA interactions for Protein: P51956

NEK3, Serine/threonine-protein kinase Nek3, humanhuman

Predictions only

Length 506 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NEK3P51956 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
NEK3P51956 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
NEK3P51956 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
NEK3P51956 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.84■■□□□ 1.73
NEK3P51956 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
NEK3P51956 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
NEK3P51956 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
NEK3P51956 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
NEK3P51956 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
NEK3P51956 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
NEK3P51956 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
NEK3P51956 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
NEK3P51956 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
NEK3P51956 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
NEK3P51956 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
NEK3P51956 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
NEK3P51956 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
NEK3P51956 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
NEK3P51956 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
NEK3P51956 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NEK3P51956 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NEK3P51956 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
NEK3P51956 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NEK3P51956 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NEK3P51956 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NEK3P51956 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NEK3P51956 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NEK3P51956 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NEK3P51956 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NEK3P51956 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NEK3P51956 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NEK3P51956 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NEK3P51956 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NEK3P51956 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NEK3P51956 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NEK3P51956 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NEK3P51956 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NEK3P51956 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NEK3P51956 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
NEK3P51956 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
NEK3P51956 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NEK3P51956 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NEK3P51956 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
NEK3P51956 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
NEK3P51956 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
NEK3P51956 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NEK3P51956 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NEK3P51956 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NEK3P51956 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
NEK3P51956 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
NEK3P51956 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NEK3P51956 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NEK3P51956 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
NEK3P51956 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NEK3P51956 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
NEK3P51956 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NEK3P51956 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
NEK3P51956 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NEK3P51956 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NEK3P51956 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
NEK3P51956 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NEK3P51956 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
NEK3P51956 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
NEK3P51956 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
NEK3P51956 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NEK3P51956 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
NEK3P51956 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NEK3P51956 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
NEK3P51956 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NEK3P51956 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NEK3P51956 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
NEK3P51956 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NEK3P51956 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
NEK3P51956 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
NEK3P51956 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
NEK3P51956 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
NEK3P51956 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
NEK3P51956 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
NEK3P51956 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
NEK3P51956 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
NEK3P51956 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
NEK3P51956 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
NEK3P51956 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
NEK3P51956 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
NEK3P51956 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
NEK3P51956 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
NEK3P51956 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
NEK3P51956 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
NEK3P51956 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
NEK3P51956 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
NEK3P51956 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
NEK3P51956 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
NEK3P51956 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
NEK3P51956 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
NEK3P51956 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
NEK3P51956 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
NEK3P51956 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
NEK3P51956 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
NEK3P51956 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
NEK3P51956 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms