Protein–RNA interactions for Protein: P20700

LMNB1, Lamin-B1, humanhuman

Predictions only

Length 586 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMNB1P20700 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC42.85■■■■■ 4.45
LMNB1P20700 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC42.65■■■■■ 4.42
LMNB1P20700 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC42.33■■■■■ 4.37
LMNB1P20700 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.72■■■■■ 4.27
LMNB1P20700 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.21■■■■■ 4.19
LMNB1P20700 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.98■■■■■ 4.15
LMNB1P20700 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.96■■■■■ 4.15
LMNB1P20700 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC40.84■■■■■ 4.13
LMNB1P20700 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC40.8■■■■■ 4.12
LMNB1P20700 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.77■■■■■ 4.12
LMNB1P20700 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.54■■■■■ 4.08
LMNB1P20700 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC40.43■■■■■ 4.06
LMNB1P20700 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC40.35■■■■■ 4.05
LMNB1P20700 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC40.33■■■■■ 4.05
LMNB1P20700 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.28■■■■■ 4.04
LMNB1P20700 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.26■■■■■ 4.04
LMNB1P20700 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.8■■■■□ 3.96
LMNB1P20700 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.76■■■■□ 3.95
LMNB1P20700 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.72■■■■□ 3.95
LMNB1P20700 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.68■■■■□ 3.94
LMNB1P20700 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.67■■■■□ 3.94
LMNB1P20700 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.64■■■■□ 3.94
LMNB1P20700 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC39.64■■■■□ 3.94
LMNB1P20700 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC39.62■■■■□ 3.93
LMNB1P20700 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.42■■■■□ 3.9
LMNB1P20700 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC39.4■■■■□ 3.9
LMNB1P20700 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC39.32■■■■□ 3.89
LMNB1P20700 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC39.26■■■■□ 3.88
LMNB1P20700 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC39.21■■■■□ 3.87
LMNB1P20700 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC39.03■■■■□ 3.84
LMNB1P20700 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.02■■■■□ 3.84
LMNB1P20700 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.94■■■■□ 3.82
LMNB1P20700 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC38.77■■■■□ 3.8
LMNB1P20700 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC38.71■■■■□ 3.79
LMNB1P20700 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC38.65■■■■□ 3.78
LMNB1P20700 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.48■■■■□ 3.75
LMNB1P20700 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC38.45■■■■□ 3.75
LMNB1P20700 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC38.25■■■■□ 3.71
LMNB1P20700 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC38.16■■■■□ 3.7
LMNB1P20700 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.15■■■■□ 3.7
LMNB1P20700 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.14■■■■□ 3.7
LMNB1P20700 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC38.08■■■■□ 3.69
LMNB1P20700 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC38.02■■■■□ 3.68
LMNB1P20700 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
LMNB1P20700 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC37.97■■■■□ 3.67
LMNB1P20700 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
LMNB1P20700 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
LMNB1P20700 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC37.92■■■■□ 3.66
LMNB1P20700 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC37.9■■■■□ 3.66
LMNB1P20700 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
LMNB1P20700 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.72■■■■□ 3.63
LMNB1P20700 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC37.72■■■■□ 3.63
LMNB1P20700 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC37.71■■■■□ 3.63
LMNB1P20700 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC37.68■■■■□ 3.62
LMNB1P20700 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC37.66■■■■□ 3.62
LMNB1P20700 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC37.63■■■■□ 3.61
LMNB1P20700 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC37.58■■■■□ 3.61
LMNB1P20700 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.54■■■■□ 3.6
LMNB1P20700 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC37.53■■■■□ 3.6
LMNB1P20700 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.6
LMNB1P20700 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.59
LMNB1P20700 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.48■■■■□ 3.59
LMNB1P20700 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.46■■■■□ 3.59
LMNB1P20700 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC37.37■■■■□ 3.57
LMNB1P20700 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
LMNB1P20700 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC37.3■■■■□ 3.56
LMNB1P20700 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.27■■■■□ 3.56
LMNB1P20700 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.55
LMNB1P20700 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.24■■■■□ 3.55
LMNB1P20700 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC37.23■■■■□ 3.55
LMNB1P20700 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
LMNB1P20700 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC37.16■■■■□ 3.54
LMNB1P20700 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
LMNB1P20700 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC37.09■■■■□ 3.53
LMNB1P20700 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
LMNB1P20700 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC37.07■■■■□ 3.52
LMNB1P20700 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
LMNB1P20700 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.95■■■■□ 3.51
LMNB1P20700 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC36.94■■■■□ 3.5
LMNB1P20700 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.94■■■■□ 3.5
LMNB1P20700 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
LMNB1P20700 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.91■■■■□ 3.5
LMNB1P20700 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
LMNB1P20700 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC36.87■■■■□ 3.49
LMNB1P20700 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC36.84■■■■□ 3.49
LMNB1P20700 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
LMNB1P20700 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC36.81■■■■□ 3.48
LMNB1P20700 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC36.79■■■■□ 3.48
LMNB1P20700 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC36.79■■■■□ 3.48
LMNB1P20700 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.78■■■■□ 3.48
LMNB1P20700 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC36.78■■■■□ 3.48
LMNB1P20700 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
LMNB1P20700 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC36.76■■■■□ 3.48
LMNB1P20700 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
LMNB1P20700 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
LMNB1P20700 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
LMNB1P20700 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC36.72■■■■□ 3.47
LMNB1P20700 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC36.72■■■■□ 3.47
LMNB1P20700 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
LMNB1P20700 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms