Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 MRPL28-210ENST00000483764 1512 ntTSL 1 (best)21.18■□□□□ 0.983e-25■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 MRPL28-209ENST00000481453 2229 ntTSL 220.5■□□□□ 0.873e-25■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 PAQR7-201ENST00000374296 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.719e-8■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 SCNN1A-201ENST00000228916 3135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.298e-8■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 SCNN1A-215ENST00000540037 3040 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.298e-8■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 SCNN1A-203ENST00000360168 3481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.458e-8■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 SMYD5-202ENST00000389501 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.161e-7■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 RASSF1-207ENST00000482447 1711 ntTSL 1 (best)28.15■■■□□ 2.15e-17■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.45e-17■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.365e-17■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 RASSF1-204ENST00000395117 1745 ntTSL 223.43■■□□□ 1.345e-17■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.085e-17■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.045e-17■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.75e-17■■■■■ 56.4
UPF1Q92900 PSMB2-203ENST00000630477 1127 ntTSL 1 (best)16.97■□□□□ 0.314e-13■■■■■ 56.3
UPF1Q92900 EFHD2-202ENST00000445566 899 ntTSL 525.03■■□□□ 1.61e-14■■■■■ 56.3
UPF1Q92900 GPR107-203ENST00000372410 6991 ntTSL 5 BASIC11.02□□□□□ -0.652e-8■■■■■ 56.2
UPF1Q92900 GPR107-201ENST00000347136 7209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.59□□□□□ -0.712e-8■■■■■ 56.2
UPF1Q92900 GPR107-202ENST00000372406 7353 ntTSL 1 (best) BASIC10.44□□□□□ -0.742e-8■■■■■ 56.2
UPF1Q92900 SLCO2B1-202ENST00000341411 2874 nt13.93□□□□□ -0.184e-8■■■■■ 56.2
UPF1Q92900 SLCO2B1-212ENST00000530015 5875 ntTSL 213.21□□□□□ -0.34e-8■■■■■ 56.2
UPF1Q92900 SLCO2B1-204ENST00000454962 3219 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.364e-8■■■■■ 56.2
UPF1Q92900 SLCO2B1-201ENST00000289575 4494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.554e-8■■■■■ 56.2
UPF1Q92900 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.39e-8■■■■■ 56.2
UPF1Q92900 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.289e-8■■■■■ 56.2
UPF1Q92900 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.129e-8■■■■■ 56.2
UPF1Q92900 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.099e-8■■■■■ 56.2
UPF1Q92900 EXOC7-202ENST00000335146 3519 ntTSL 1 (best) BASIC10.81□□□□□ -0.683e-10■■■■■ 56.2
UPF1Q92900 EXOC7-220ENST00000607838 3353 ntTSL 5 BASIC9.74□□□□□ -0.853e-10■■■■■ 56.2
UPF1Q92900 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.92■■■□□ 2.865e-36■■■■■ 56.2
UPF1Q92900 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.975e-36■■■■■ 56.2
UPF1Q92900 TSPAN9-206ENST00000537971 4284 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.093e-9■■■■■ 56
UPF1Q92900 TSPAN9-201ENST00000011898 4323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.293e-9■■■■■ 56
UPF1Q92900 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.241e-11■■■■■ 55.8
UPF1Q92900 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.141e-11■■■■■ 55.8
UPF1Q92900 PLA2G15-201ENST00000219345 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.122e-7■■■■■ 55.8
UPF1Q92900 PLA2G15-207ENST00000565460 3121 ntTSL 1 (best)12.42□□□□□ -0.422e-7■■■■■ 55.8
UPF1Q92900 SCAMP4-204ENST00000414057 1477 ntTSL 1 (best)24.18■■□□□ 1.462e-7■■■■■ 55.8
UPF1Q92900 ATP6V0E2-208ENST00000483478 475 ntTSL 315.87■□□□□ 0.133e-7■■■■■ 55.8
UPF1Q92900 TTLL12-203ENST00000484711 2451 ntTSL 216.96■□□□□ 0.311e-10■■■■■ 55.6
UPF1Q92900 CEBPZOS-203ENST00000397226 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.557e-14■■■■■ 55.4
UPF1Q92900 CEBPZOS-205ENST00000406711 687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.41□□□□□ -0.587e-14■■■■■ 55.4
UPF1Q92900 PTPRS-206ENST00000588552 5443 ntTSL 1 (best)15.73■□□□□ 0.112e-12■■■■■ 55.4
UPF1Q92900 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.062e-10■■■■■ 55.2
UPF1Q92900 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.033e-15■■■■■ 55.2
UPF1Q92900 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.13e-15■■■■■ 55.2
UPF1Q92900 ARL2-204ENST00000529384 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.923e-15■■■■■ 55.2
UPF1Q92900 ARL2-203ENST00000529254 601 nt20.33■□□□□ 0.853e-15■■■■■ 55.2
UPF1Q92900 ARL2-206ENST00000533729 795 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.123e-15■■■■■ 55.2
UPF1Q92900 MRPL45-203ENST00000613675 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.022e-13■■■■■ 55.2
UPF1Q92900 MRPL45-204ENST00000619548 1554 ntTSL 3 BASIC14.81□□□□□ -0.042e-13■■■■■ 55.2
UPF1Q92900 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.767e-16■■■■■ 55.1
UPF1Q92900 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.667e-16■■■■■ 55.1
UPF1Q92900 SLC39A7-204ENST00000463972 1410 ntTSL 216.01■□□□□ 0.157e-16■■■■■ 55.1
UPF1Q92900 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.62e-9■■■■■ 55.1
UPF1Q92900 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.322e-9■■■■■ 55.1
UPF1Q92900 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.192e-9■■■■■ 55.1
UPF1Q92900 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.312e-9■■■■■ 55.1
UPF1Q92900 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.32e-9■■■■■ 55.1
UPF1Q92900 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.232e-9■■■■■ 55.1
UPF1Q92900 TSPAN4-212ENST00000494815 2187 ntTSL 221.16■□□□□ 0.982e-9■■■■■ 55.1
UPF1Q92900 TSPAN4-210ENST00000464987 2205 ntTSL 520.47■□□□□ 0.872e-9■■■■■ 55.1
UPF1Q92900 TSPAN4-211ENST00000468468 2777 ntTSL 216.6■□□□□ 0.252e-9■■■■■ 55.1
UPF1Q92900 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.912e-14■■■■■ 55
UPF1Q92900 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.692e-14■■■■■ 55
UPF1Q92900 GAB2-202ENST00000361507 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.273e-7■■■■■ 54.8
UPF1Q92900 GAB2-201ENST00000340149 6052 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.443e-7■■■■■ 54.8
UPF1Q92900 CD59-205ENST00000437761 758 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.261e-10■■■■■ 54.8
UPF1Q92900 CD59-204ENST00000426650 741 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.081e-10■■■■■ 54.8
UPF1Q92900 CD59-206ENST00000445143 825 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC11.64□□□□□ -0.551e-10■■■■■ 54.8
UPF1Q92900 COX18-203ENST00000449739 3027 ntTSL 1 (best)13.95□□□□□ -0.182e-16■■■■■ 54.8
UPF1Q92900 COX18-201ENST00000295890 6846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.422e-16■■■■■ 54.8
UPF1Q92900 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.131e-18■■■■■ 54.8
UPF1Q92900 SERPINF2-203ENST00000450523 1462 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.915e-59■■■■■ 54.7
UPF1Q92900 PYGB-203ENST00000471359 726 ntTSL 219.77■□□□□ 0.767e-18■■■■■ 54.7
UPF1Q92900 CLSTN3-204ENST00000535313 787 ntTSL 223.52■■□□□ 1.365e-20■■■■■ 54.7
UPF1Q92900 PI4K2A-201ENST00000370631 4189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.024e-9■■■■■ 54.5
UPF1Q92900 PPM1F-203ENST00000407142 5587 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.041e-23■■■■■ 54.4
UPF1Q92900 TM9SF4-201ENST00000217315 4032 ntTSL 2 BASIC12.31□□□□□ -0.443e-13■■■■■ 54.4
UPF1Q92900 TM9SF4-207ENST00000495749 3023 ntTSL 210.13□□□□□ -0.793e-13■■■■■ 54.4
UPF1Q92900 TM9SF4-202ENST00000398022 3978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.9□□□□□ -1.153e-13■■■■■ 54.4
UPF1Q92900 TMEM259-208ENST00000592052 1637 nt32.46■■■□□ 2.792e-11■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 TMEM259-210ENST00000592618 1877 ntTSL 528.54■■■□□ 2.162e-11■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 TMEM259-211ENST00000593068 1965 ntTSL 521.14■□□□□ 0.972e-11■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.662e-11■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 TMEM259-205ENST00000586704 2538 ntTSL 519.04■□□□□ 0.642e-11■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.463e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.463e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.153e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.053e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-244ENST00000555650 1588 ntTSL 221.06■□□□□ 0.963e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-271ENST00000557353 1919 ntTSL 219.87■□□□□ 0.773e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.623e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.593e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.583e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.573e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.513e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.513e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-201ENST00000298684 1784 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.463e-7■■■■■ 54.3
UPF1Q92900 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.43e-7■■■■■ 54.3
Retrieved 100 of 15,879 protein–RNA pairs in 313.8 ms