RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000494815.1

TSPAN4-212, Transcript of tetraspanin 4, humanhuman

TSL 2

Gene TSPAN4, Length 2,187 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TSPAN4-212ENST00000494815 NISCHQ9Y2I1 1504 aa41.36■■■■■ 4.21
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TSPAN4-212ENST00000494815 DCAF8L2P0C7V8 631 aa34.02■■■■□ 3.04
TSPAN4-212ENST00000494815 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa33.82■■■■□ 3
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TSPAN4-212ENST00000494815 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa33.11■■■□□ 2.89
TSPAN4-212ENST00000494815 SCRIBQ14160 1630 aa33.06■■■□□ 2.88
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TSPAN4-212ENST00000494815 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP32.17■■■□□ 2.74
TSPAN4-212ENST00000494815 CECR2Q9BXF3 1484 aa32.09■■■□□ 2.73
TSPAN4-212ENST00000494815 BICRAQ9NZM4 1560 aa32.09■■■□□ 2.73
TSPAN4-212ENST00000494815 MROH2BQ7Z745 1585 aa31.94■■■□□ 2.7
TSPAN4-212ENST00000494815 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP31.93■■■□□ 2.7
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TSPAN4-212ENST00000494815 WIZO95785 1651 aa31.66■■■□□ 2.66
TSPAN4-212ENST00000494815 CHIC1Q5VXU3 224 aa31.41■■■□□ 2.62
TSPAN4-212ENST00000494815 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP31.39■■■□□ 2.62
TSPAN4-212ENST00000494815 PEG3Q9GZU2 1588 aa31.38■■■□□ 2.61
TSPAN4-212ENST00000494815 SMARCA2P51531 1590 aa31.18■■■□□ 2.58
TSPAN4-212ENST00000494815 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa31.18■■■□□ 2.58
TSPAN4-212ENST00000494815 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP31.12■■■□□ 2.57
TSPAN4-212ENST00000494815 CCDC88BA6NC98 1476 aa31.06■■■□□ 2.56
TSPAN4-212ENST00000494815 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP31.01■■■□□ 2.55
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TSPAN4-212ENST00000494815 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa30.59■■■□□ 2.49
TSPAN4-212ENST00000494815 ABCC8Q09428 1581 aa30.44■■■□□ 2.46
TSPAN4-212ENST00000494815 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP30.28■■■□□ 2.44
TSPAN4-212ENST00000494815 CFTRP13569 1480 aa30.26■■■□□ 2.43
TSPAN4-212ENST00000494815 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa30.17■■■□□ 2.42
TSPAN4-212ENST00000494815 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP30.11■■■□□ 2.41
TSPAN4-212ENST00000494815 SYNJ1O43426 1573 aa30.11■■■□□ 2.41
TSPAN4-212ENST00000494815 CADPSQ9ULU8 1353 aa30.11■■■□□ 2.41
TSPAN4-212ENST00000494815 PRDM2Q13029 1718 aa30.07■■■□□ 2.4
TSPAN4-212ENST00000494815 TOP2BQ02880 1626 aa30■■■□□ 2.39
TSPAN4-212ENST00000494815 EEA1Q15075 1411 aa29.99■■■□□ 2.39
TSPAN4-212ENST00000494815 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa29.96■■■□□ 2.39
TSPAN4-212ENST00000494815 SOGA1O94964 1423 aa29.94■■■□□ 2.38
TSPAN4-212ENST00000494815 CUX1P39880 1505 aa29.86■■■□□ 2.37
TSPAN4-212ENST00000494815 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa29.79■■■□□ 2.36
TSPAN4-212ENST00000494815 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa29.79■■■□□ 2.36
TSPAN4-212ENST00000494815 CSRNP3Q8WYN3 585 aa29.77■■■□□ 2.36
TSPAN4-212ENST00000494815 FANCD2Q9BXW9 1451 aa29.76■■■□□ 2.36
TSPAN4-212ENST00000494815 NESP48681 1621 aa29.72■■■□□ 2.35
TSPAN4-212ENST00000494815 DNAJC5BQ9UF47 199 aa29.71■■■□□ 2.35
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TSPAN4-212ENST00000494815 HRCP23327 699 aa29.63■■■□□ 2.33
TSPAN4-212ENST00000494815 PDS5BQ9NTI5 1447 aa29.57■■■□□ 2.32
TSPAN4-212ENST00000494815 GOLGA3Q08378 1498 aa29.56■■■□□ 2.32
TSPAN4-212ENST00000494815 CEP164Q9UPV0 1460 aa29.56■■■□□ 2.32
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TSPAN4-212ENST00000494815 FGD5Q6ZNL6 1462 aa29.5■■■□□ 2.31
TSPAN4-212ENST00000494815 TOPBP1Q92547 1522 aa29.47■■■□□ 2.31
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TSPAN4-212ENST00000494815 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP29.37■■■□□ 2.29
TSPAN4-212ENST00000494815 PRXQ9BXM0 1461 aa29.36■■■□□ 2.29
TSPAN4-212ENST00000494815 CEP162Q5TB80 1403 aa29.36■■■□□ 2.29
TSPAN4-212ENST00000494815 CUX2O14529 1486 aa29.35■■■□□ 2.29
TSPAN4-212ENST00000494815 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa29.35■■■□□ 2.29
TSPAN4-212ENST00000494815 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP29.34■■■□□ 2.29
TSPAN4-212ENST00000494815 ERICH3Q5RHP9 1530 aa29.34■■■□□ 2.29
TSPAN4-212ENST00000494815 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa29.33■■■□□ 2.29
TSPAN4-212ENST00000494815 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa29.27■■■□□ 2.28
TSPAN4-212ENST00000494815 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa29.22■■■□□ 2.27
TSPAN4-212ENST00000494815 IGF1RP08069 1367 aa29.21■■■□□ 2.27
TSPAN4-212ENST00000494815 PCGF6Q9BYE7 350 aa29.2■■■□□ 2.27
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TSPAN4-212ENST00000494815 WDR97A6NE52 1622 aa29.12■■■□□ 2.25
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TSPAN4-212ENST00000494815 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa29.06■■■□□ 2.24
TSPAN4-212ENST00000494815 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP29.02■■■□□ 2.24
TSPAN4-212ENST00000494815 WDR62O43379 1518 aa29■■■□□ 2.23
TSPAN4-212ENST00000494815 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP29■■■□□ 2.23
TSPAN4-212ENST00000494815 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa29■■■□□ 2.23
TSPAN4-212ENST00000494815 ERCC6Q03468 1493 aa28.96■■■□□ 2.23
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TSPAN4-212ENST00000494815 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP28.84■■■□□ 2.21
TSPAN4-212ENST00000494815 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP28.78■■■□□ 2.2
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TSPAN4-212ENST00000494815 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa28.72■■■□□ 2.19
TSPAN4-212ENST00000494815 PBRM1Q86U86 1689 aa28.71■■■□□ 2.19
TSPAN4-212ENST00000494815 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP28.7■■■□□ 2.194e-8■■■■■ 31.9
TSPAN4-212ENST00000494815 GRIN2BQ13224 1484 aa28.69■■■□□ 2.18
TSPAN4-212ENST00000494815 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP28.65■■■□□ 2.18
TSPAN4-212ENST00000494815 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa28.64■■■□□ 2.18
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