Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS41P49754 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS41P49754 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS41P49754 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS41P49754 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS41P49754 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS41P49754 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS41P49754 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS41P49754 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS41P49754 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS41P49754 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS41P49754 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS41P49754 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS41P49754 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS41P49754 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS41P49754 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
VPS41P49754 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
VPS41P49754 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS41P49754 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS41P49754 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS41P49754 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS41P49754 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS41P49754 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS41P49754 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS41P49754 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS41P49754 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS41P49754 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS41P49754 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS41P49754 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS41P49754 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS41P49754 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS41P49754 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS41P49754 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS41P49754 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS41P49754 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS41P49754 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS41P49754 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS41P49754 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS41P49754 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS41P49754 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC26.33■■□□□ 1.8
VPS41P49754 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS41P49754 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS41P49754 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS41P49754 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS41P49754 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS41P49754 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS41P49754 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS41P49754 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS41P49754 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS41P49754 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS41P49754 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS41P49754 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS41P49754 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS41P49754 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS41P49754 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS41P49754 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS41P49754 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS41P49754 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS41P49754 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS41P49754 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS41P49754 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS41P49754 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS41P49754 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
VPS41P49754 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS41P49754 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS41P49754 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS41P49754 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS41P49754 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS41P49754 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VPS41P49754 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS41P49754 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS41P49754 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS41P49754 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS41P49754 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS41P49754 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS41P49754 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS41P49754 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS41P49754 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS41P49754 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS41P49754 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS41P49754 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS41P49754 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS41P49754 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS41P49754 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS41P49754 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS41P49754 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS41P49754 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS41P49754 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS41P49754 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS41P49754 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS41P49754 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS41P49754 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS41P49754 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS41P49754 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS41P49754 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS41P49754 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS41P49754 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS41P49754 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS41P49754 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS41P49754 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.4 ms