Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 SCARB2-227ENST00000640957 3255 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.18□□□□□ -0.144e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 SCARB2-215ENST00000639145 4471 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.09□□□□□ -0.154e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 WDFY1-201ENST00000233055 4660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.164e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 DTX2P1-201ENST00000425797 1633 ntBASIC13.95□□□□□ -0.184e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 USP36-202ENST00000449938 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.191e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 SPINT1-201ENST00000344051 3056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.274e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 SCARB2-202ENST00000452464 1495 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.314e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 ZDHHC4-209ENST00000483589 807 ntTSL 213.09□□□□□ -0.315e-8■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 DTX2P1-UPK3BP1-PMS2P11-203ENST00000636308 4646 ntTSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.324e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 XRCC4-201ENST00000282268 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.03□□□□□ -0.484e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 SCARB2-222ENST00000640634 1734 ntTSL 511.79□□□□□ -0.524e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 SKAP2-203ENST00000468712 955 ntTSL 210.87□□□□□ -0.674e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 PCDH9-204ENST00000544246 6234 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.695e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 LSMEM1-201ENST00000312849 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.97□□□□□ -0.814e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 LSMEM1-202ENST00000439068 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC9.65□□□□□ -0.864e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 RAB31-201ENST00000435762 518 ntTSL 39.61□□□□□ -0.876e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 AF279873.3-201ENST00000523063 766 ntTSL 3 BASIC9.22□□□□□ -0.934e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 ANKFY1-209ENST00000574367 5033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.08□□□□□ -0.964e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 PCDH9-202ENST00000377865 5709 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC8.88□□□□□ -0.995e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 PCDH9-205ENST00000614931 461 ntTSL 1 (best)8.54□□□□□ -1.045e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 SIPA1L1-211ENST00000555818 7831 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.48□□□□□ -1.054e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 SCARB2-220ENST00000640076 1991 ntTSL 28.39□□□□□ -1.074e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 SIPA1L1-202ENST00000381232 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC8.37□□□□□ -1.074e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 ANKFY1-201ENST00000341657 7418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC8.33□□□□□ -1.084e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 SCARB2-211ENST00000638603 4284 ntTSL 5 BASIC8.33□□□□□ -1.084e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 ZDHHC4-211ENST00000493944 641 ntTSL 28.24□□□□□ -1.095e-8■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 ATM-201ENST00000278616 13147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.8□□□□□ -1.164e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 LSMEM1-203ENST00000455302 819 ntTSL 27.29□□□□□ -1.244e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 ANKFY1-205ENST00000572412 3352 ntTSL 27.16□□□□□ -1.264e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 RPGRIP1L-202ENST00000379925 5297 ntTSL 1 (best) BASIC7.05□□□□□ -1.284e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 SCARB2-207ENST00000638295 4507 ntTSL 5 BASIC6.98□□□□□ -1.294e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 SCARB2-217ENST00000639324 842 ntTSL 55.74□□□□□ -1.494e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 DAAM1-207ENST00000555651 2797 ntTSL 25.7□□□□□ -1.54e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 SCARB2-218ENST00000639715 4355 ntTSL 55.66□□□□□ -1.54e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 RPGRIP1L-212ENST00000621565 6038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.43□□□□□ -1.544e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 RPGRIP1L-201ENST00000262135 8195 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.26□□□□□ -1.574e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 PCDH9-203ENST00000456367 5072 ntTSL 1 (best) BASIC5.09□□□□□ -1.595e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 ATM-204ENST00000524792 5912 ntTSL 24.01□□□□□ -1.774e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 ATM-203ENST00000452508 12954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.74□□□□□ -1.814e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 XRCC4-203ENST00000396027 1530 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC3.72□□□□□ -1.814e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 SKAP2-208ENST00000495802 554 ntTSL 43.55□□□□□ -1.844e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 CCSER2-201ENST00000224756 7664 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.52□□□□□ -1.852e-7■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 XRCC4-205ENST00000511817 1636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC2□□□□□ -2.094e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 XRCC4-202ENST00000338635 1579 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC1.56□□□□□ -2.164e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 LRBA-203ENST00000503716 3712 ntTSL 1 (best)5.98□□□□□ -1.452e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 DDX54-202ENST00000314045 4380 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.143e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 DDX54-201ENST00000306014 4377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.283e-6■■■■■ 139.6
SF3B1O75533 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.353e-7■■■■■ 139.3
SF3B1O75533 HSPG2-211ENST00000486901 3586 ntTSL 212.7□□□□□ -0.382e-18■■■■■ 139.3
SF3B1O75533 STX1A-206ENST00000462135 568 ntTSL 312.75□□□□□ -0.374e-6■■■■■ 139.3
SF3B1O75533 PEX14-203ENST00000491661 637 ntTSL 210.32□□□□□ -0.764e-6■■■■■ 139.3
SF3B1O75533 STX1A-207ENST00000470878 827 ntTSL 37.98□□□□□ -1.134e-6■■■■■ 139.3
SF3B1O75533 AHNAK-208ENST00000533365 584 ntAPPRIS ALT2 TSL 520.84■□□□□ 0.932e-6■■■■■ 139.2
SF3B1O75533 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.222e-6■■■■■ 139.2
SF3B1O75533 STIM1-210ENST00000528656 581 ntTSL 48.64□□□□□ -1.034e-6■■■■■ 139.2
SF3B1O75533 STIM1-203ENST00000525055 583 ntTSL 47.85□□□□□ -1.154e-6■■■■■ 139.2
SF3B1O75533 AHNAK-202ENST00000378024 18787 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC5.14□□□□□ -1.592e-6■■■■■ 139.2
SF3B1O75533 VAMP8-203ENST00000432071 664 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.137e-7■■■■■ 139.1
SF3B1O75533 VAMP8-201ENST00000263864 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.517e-7■■■■■ 139.1
SF3B1O75533 VAMP8-202ENST00000409760 805 ntTSL 3 BASIC10.44□□□□□ -0.747e-7■■■■■ 139.1
SF3B1O75533 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.72e-7■■■■■ 139.1
SF3B1O75533 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.182e-7■■■■■ 139.1
SF3B1O75533 NDUFA2-202ENST00000502960 721 ntTSL 220.16■□□□□ 0.823e-6■■■■■ 139
SF3B1O75533 PDXK-218ENST00000498040 888 ntTSL 519.91■□□□□ 0.786e-6■■■■■ 139
SF3B1O75533 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.653e-6■■■■■ 139
SF3B1O75533 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.353e-6■■■■■ 139
SF3B1O75533 FANCA-201ENST00000305699 1430 ntTSL 217.16■□□□□ 0.343e-6■■■■■ 139
SF3B1O75533 XYLT2-201ENST00000017003 3507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.253e-6■■■■■ 139
SF3B1O75533 XYLT2-202ENST00000376550 3267 ntTSL 1 (best)12.97□□□□□ -0.333e-6■■■■■ 139
SF3B1O75533 NDUFA2-204ENST00000512088 627 ntTSL 2 BASIC12.65□□□□□ -0.383e-6■■■■■ 139
SF3B1O75533 PDXK-213ENST00000472777 460 ntTSL 511.86□□□□□ -0.516e-6■■■■■ 139
SF3B1O75533 IDE-208ENST00000496903 1867 ntTSL 25.77□□□□□ -1.493e-6■■■■■ 139
SF3B1O75533 IDE-202ENST00000371581 4480 ntTSL 2 BASIC3.85□□□□□ -1.793e-6■■■■■ 139
SF3B1O75533 IDE-201ENST00000265986 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.4□□□□□ -2.023e-6■■■■■ 139
SF3B1O75533 NF1-213ENST00000489712 543 ntTSL 42□□□□□ -2.093e-6■■■■■ 139
SF3B1O75533 AAK1-210ENST00000495836 965 ntTSL 1 (best)21.81■■□□□ 1.081e-7■■■■■ 139
SF3B1O75533 AAK1-202ENST00000409068 2606 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.061e-7■■■■■ 139
SF3B1O75533 AAK1-201ENST00000406297 4499 ntTSL 1 (best) BASIC12.25□□□□□ -0.451e-7■■■■■ 139
SF3B1O75533 AAK1-203ENST00000409085 11345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.19□□□□□ -1.261e-7■■■■■ 139
SF3B1O75533 MIR548XHG-201ENST00000355189 673 ntTSL 3 BASIC9.18□□□□□ -0.941e-6■■■■■ 138.9
SF3B1O75533 MIR548XHG-203ENST00000437492 853 ntTSL 1 (best) BASIC4.08□□□□□ -1.761e-6■■■■■ 138.9
SF3B1O75533 ERMP1-205ENST00000487088 2799 ntTSL 521.94■■□□□ 1.13e-7■■■■■ 138.9
SF3B1O75533 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 13e-7■■■■■ 138.9
SF3B1O75533 ERMP1-206ENST00000489219 3293 ntTSL 1 (best)17.95■□□□□ 0.463e-7■■■■■ 138.9
SF3B1O75533 ERMP1-203ENST00000462592 3554 ntTSL 217.03■□□□□ 0.323e-7■■■■■ 138.9
SF3B1O75533 ERMP1-201ENST00000214893 4974 ntTSL 1 (best)10.31□□□□□ -0.763e-7■■■■■ 138.9
SF3B1O75533 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.467e-7■■■■■ 138.8
SF3B1O75533 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.843e-6■■■■■ 138.7
SF3B1O75533 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.833e-6■■■■■ 138.7
SF3B1O75533 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.582e-6■■■■■ 138.7
SF3B1O75533 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.482e-6■■■■■ 138.7
SF3B1O75533 ZDHHC4-203ENST00000396707 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.272e-6■■■■■ 138.7
SF3B1O75533 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.254e-6■■■■■ 138.7
SF3B1O75533 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.144e-6■■■■■ 138.7
SF3B1O75533 ZDHHC4-201ENST00000335965 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.072e-6■■■■■ 138.7
SF3B1O75533 ZDHHC4-204ENST00000396709 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.022e-6■■■■■ 138.7
SF3B1O75533 PITPNM1-216ENST00000534749 4189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.024e-6■■■■■ 138.7
SF3B1O75533 ZDHHC4-207ENST00000474097 1604 ntTSL 512.59□□□□□ -0.392e-6■■■■■ 138.7
SF3B1O75533 EIF3D-201ENST00000216190 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.442e-6■■■■■ 138.7
SF3B1O75533 EIF3D-203ENST00000405442 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.79□□□□□ -0.682e-6■■■■■ 138.7
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1345.5 ms