Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 AMD1-201ENST00000368876 3040 ntTSL 5 BASIC8□□□□□ -1.131e-6■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 AMD1-207ENST00000612642 4745 ntTSL 1 (best)6.79□□□□□ -1.321e-6■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 AMD1-203ENST00000368882 3059 ntTSL 2 BASIC6.69□□□□□ -1.341e-6■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 AMD1-205ENST00000451850 3121 ntTSL 1 (best)6.16□□□□□ -1.421e-6■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 AMD1-204ENST00000368885 3438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.75□□□□□ -1.491e-6■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 KPNB1-211ENST00000582097 2347 ntTSL 27.97□□□□□ -1.131e-6■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 NSMF-207ENST00000371482 2888 ntTSL 1 (best)15.52■□□□□ 0.089e-12■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.642e-7■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 YBX1-203ENST00000436427 1524 ntTSL 1 (best)18.99■□□□□ 0.632e-7■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 FGFR4-206ENST00000483872 663 ntTSL 310.39□□□□□ -0.756e-10■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 MRPL38-202ENST00000410030 535 ntTSL 423.37■■□□□ 1.332e-23■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 MRPL38-204ENST00000464758 752 ntTSL 320.09■□□□□ 0.812e-23■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 MRPL38-203ENST00000461602 880 ntTSL 316.93■□□□□ 0.32e-23■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 MRPL38-214ENST00000493383 727 ntTSL 216.11■□□□□ 0.172e-23■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 AC087289.3-203ENST00000587556 550 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC7.99□□□□□ -1.132e-23■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 A2M-201ENST00000318602 4844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.98□□□□□ -1.291e-7■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 VPS51-204ENST00000527646 2144 ntTSL 1 (best)18.1■□□□□ 0.492e-7■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.272e-7■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 LIG3-201ENST00000262327 3055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.75□□□□□ -0.852e-10■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 LIG3-202ENST00000378526 8400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC8.29□□□□□ -1.082e-10■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 LIG3-206ENST00000586058 581 ntTSL 25.56□□□□□ -1.522e-10■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.463e-6■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.423e-6■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.163e-6■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 RAD9A-203ENST00000530934 1256 ntTSL 211.7□□□□□ -0.541e-6■■■■■ 37.5
SF3B4Q15427 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.952e-11■■■■■ 37.4
SF3B4Q15427 LMBR1L-224ENST00000552141 756 ntTSL 28.93□□□□□ -0.987e-7■■■■■ 37.4
SF3B4Q15427 PDIA5-208ENST00000495004 563 ntTSL 39.47□□□□□ -0.897e-7■■■■■ 37.4
SF3B4Q15427 PRKAB1-204ENST00000538271 567 ntTSL 48.66□□□□□ -1.027e-22■■■■■ 37.4
SF3B4Q15427 PLCG1-209ENST00000483175 1084 ntTSL 212.45□□□□□ -0.423e-11■■■■■ 37.4
SF3B4Q15427 CNP-205ENST00000486438 911 ntTSL 218.18■□□□□ 0.54e-11■■■■■ 37.4
SF3B4Q15427 CNP-210ENST00000592105 572 ntTSL 416.8■□□□□ 0.284e-11■■■■■ 37.4
SF3B4Q15427 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.244e-11■■■■■ 37.4
SF3B4Q15427 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.24e-11■■■■■ 37.4
SF3B4Q15427 CNP-202ENST00000393892 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.384e-11■■■■■ 37.4
SF3B4Q15427 UNK-205ENST00000589666 3925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.276e-7■■■■■ 37.4
SF3B4Q15427 BISPR-205ENST00000634731 571 ntTSL 322.46■■□□□ 1.192e-10■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 BISPR-213ENST00000635572 647 ntTSL 417.53■□□□□ 0.42e-10■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 BISPR-208ENST00000635060 1059 ntTSL 512.43□□□□□ -0.422e-10■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 BISPR-212ENST00000635536 989 ntTSL 212.24□□□□□ -0.452e-10■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 BISPR-203ENST00000634577 563 ntTSL 412.24□□□□□ -0.452e-10■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 BISPR-210ENST00000635339 493 ntTSL 312.24□□□□□ -0.452e-10■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 BISPR-204ENST00000634675 1806 ntTSL 2 BASIC11.95□□□□□ -0.52e-10■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 MVB12A-208ENST00000528911 820 ntTSL 511.24□□□□□ -0.612e-10■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 BISPR-211ENST00000635435 1505 ntTSL 1 (best)11.16□□□□□ -0.622e-10■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 MVB12A-205ENST00000528604 656 ntTSL 310.51□□□□□ -0.732e-10■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 BISPR-206ENST00000634813 456 ntTSL 49.83□□□□□ -0.842e-10■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 BISPR-209ENST00000635176 1041 ntTSL 2 BASIC9.27□□□□□ -0.932e-10■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 MIR7111-201ENST00000619751 72 ntBASIC2.06□□□□□ -2.085e-28■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.66e-7■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 MLX-209ENST00000591024 796 ntTSL 317.78■□□□□ 0.446e-7■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 MLX-202ENST00000346833 2334 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.116e-7■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 MLX-206ENST00000588320 2313 ntTSL 513.07□□□□□ -0.326e-7■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 MLX-203ENST00000435881 2428 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.56e-7■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 MLX-207ENST00000590050 2537 ntTSL 211.55□□□□□ -0.566e-7■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 MLX-204ENST00000585403 1068 ntTSL 1 (best)10.11□□□□□ -0.796e-7■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 WIPI2-213ENST00000488359 602 ntTSL 38.26□□□□□ -1.099e-13■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 WIPI2-210ENST00000480238 470 ntTSL 37.7□□□□□ -1.189e-13■■■■■ 37.3
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SF3B4Q15427 ENOSF1-216ENST00000583973 2057 ntTSL 59.84□□□□□ -0.838e-12■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 ENOSF1-214ENST00000582745 1096 ntTSL 26.1□□□□□ -1.438e-12■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 RCC1-210ENST00000434290 1070 ntTSL 512.01□□□□□ -0.499e-7■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 RCC1-207ENST00000427469 903 ntTSL 511.84□□□□□ -0.519e-7■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 RCC1-204ENST00000398958 2715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.08□□□□□ -0.649e-7■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 RCC1-203ENST00000373833 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.24□□□□□ -0.779e-7■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 EDC4-210ENST00000575507 570 ntTSL 212.79□□□□□ -0.368e-8■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 PTPN1-202ENST00000541713 3469 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.351e-7■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 PTPN1-201ENST00000371621 4008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.02□□□□□ -0.481e-7■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 DKC1-207ENST00000473552 656 ntTSL 28.79□□□□□ -16e-10■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 BEX2-203ENST00000449185 736 ntTSL 319.3■□□□□ 0.682e-6■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.642e-6■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 BEX2-202ENST00000372677 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.212e-6■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 BEX2-201ENST00000372674 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.352e-6■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 CTC1-204ENST00000578441 781 ntTSL 59.32□□□□□ -0.922e-6■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 PHF1-209ENST00000487667 1930 ntTSL 517.85■□□□□ 0.454e-19■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.324e-19■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.214e-19■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 PHF1-211ENST00000495509 1752 ntTSL 213.84□□□□□ -0.194e-19■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 PHF1-205ENST00000428274 836 ntTSL 511.91□□□□□ -0.54e-19■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 PHF1-210ENST00000488767 849 ntTSL 311.78□□□□□ -0.524e-19■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 PLEC-213ENST00000528025 2115 ntTSL 518.09■□□□□ 0.491e-6■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 TMBIM1-221ENST00000476429 462 ntTSL 316.91■□□□□ 0.33e-7■■■■■ 37.3
SF3B4Q15427 MORF4L1-222ENST00000560710 908 ntTSL 27.29□□□□□ -1.243e-34■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 MORF4L1-211ENST00000558923 625 ntTSL 35.04□□□□□ -1.63e-34■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 UAP1L1-204ENST00000476184 645 ntTSL 320.04■□□□□ 0.84e-11■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.134e-11■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 UAP1L1-201ENST00000360271 3201 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.34e-11■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 SPPL2B-213ENST00000621568 1017 ntTSL 516.23■□□□□ 0.192e-7■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.028e-7■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 SPPL2B-209ENST00000613503 3456 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.198e-7■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.461e-7■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.061e-7■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.091e-7■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 UGDH-205ENST00000506179 3021 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.86□□□□□ -1.311e-7■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 COX19-202ENST00000457254 1420 ntTSL 215.3■□□□□ 0.044e-11■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.951e-8■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.771e-8■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 PTPRM-203ENST00000400060 5030 ntTSL 5 BASIC9.95□□□□□ -0.821e-8■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 PTPRM-205ENST00000577827 4640 ntTSL 29.84□□□□□ -0.831e-8■■■■■ 37.2
SF3B4Q15427 PTPRM-202ENST00000400053 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.45□□□□□ -1.061e-8■■■■■ 37.2
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