RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000400053.8

PTPRM-202, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type M, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC

Gene PTPRM, Length 5,292 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRM-202ENST00000400053 NISCHQ9Y2I1 1504 aa15.48■□□□□ 0.07
PTPRM-202ENST00000400053 DCAF8L2P0C7V8 631 aa14.88□□□□□ -0.03
PTPRM-202ENST00000400053 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP14.49□□□□□ -0.09
PTPRM-202ENST00000400053 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP14.34□□□□□ -0.11
PTPRM-202ENST00000400053 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa14.33□□□□□ -0.11
PTPRM-202ENST00000400053 EHMT2Q96KQ7 1210 aa14.09□□□□□ -0.15
PTPRM-202ENST00000400053 PCGF6Q9BYE7 350 aa13.95□□□□□ -0.18
PTPRM-202ENST00000400053 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP13.69□□□□□ -0.22
PTPRM-202ENST00000400053 APLP2Q06481 763 aa13.69□□□□□ -0.22
PTPRM-202ENST00000400053 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP13.67□□□□□ -0.22
PTPRM-202ENST00000400053 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP13.67□□□□□ -0.22
PTPRM-202ENST00000400053 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP13.65□□□□□ -0.22
PTPRM-202ENST00000400053 ERICH6Q7L0X2 663 aa13.59□□□□□ -0.23
PTPRM-202ENST00000400053 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP13.53□□□□□ -0.24
PTPRM-202ENST00000400053 MYT1Q01538 1121 aa13.47□□□□□ -0.25
PTPRM-202ENST00000400053 TRIM41Q8WV44 630 aa13.46□□□□□ -0.26
PTPRM-202ENST00000400053 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP13.43□□□□□ -0.26
PTPRM-202ENST00000400053 HRCP23327 699 aa13.35□□□□□ -0.27
PTPRM-202ENST00000400053 CHIC1Q5VXU3 224 aa13.3□□□□□ -0.28
PTPRM-202ENST00000400053 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP13.3□□□□□ -0.28
PTPRM-202ENST00000400053 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP13.25□□□□□ -0.29
PTPRM-202ENST00000400053 NEFLP07196 543 aa13.23□□□□□ -0.29
PTPRM-202ENST00000400053 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP13.18□□□□□ -0.3
PTPRM-202ENST00000400053 UBTFP17480 764 aaKnown RBP13.12□□□□□ -0.31
PTPRM-202ENST00000400053 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa13.11□□□□□ -0.31
PTPRM-202ENST00000400053 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP13.05□□□□□ -0.32
PTPRM-202ENST00000400053 DAXXQ9UER7 740 aaPredicted RBP13□□□□□ -0.33
PTPRM-202ENST00000400053 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP12.91□□□□□ -0.34
PTPRM-202ENST00000400053 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP12.88□□□□□ -0.35
PTPRM-202ENST00000400053 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP12.87□□□□□ -0.35
PTPRM-202ENST00000400053 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP12.85□□□□□ -0.35
PTPRM-202ENST00000400053 ABCC9O60706 1549 aa12.84□□□□□ -0.35
PTPRM-202ENST00000400053 ITGAEP38570 1179 aa12.83□□□□□ -0.36
PTPRM-202ENST00000400053 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa12.83□□□□□ -0.36
PTPRM-202ENST00000400053 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRM-202ENST00000400053 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP12.75□□□□□ -0.37
PTPRM-202ENST00000400053 POLR3GLQ9BT43 218 aa12.74□□□□□ -0.37
PTPRM-202ENST00000400053 BCANQ96GW7 911 aa12.7□□□□□ -0.38
PTPRM-202ENST00000400053 RTL5Q5HYW3 569 aaPredicted RBP12.68□□□□□ -0.38
PTPRM-202ENST00000400053 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP12.65□□□□□ -0.38
PTPRM-202ENST00000400053 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP12.61□□□□□ -0.39
PTPRM-202ENST00000400053 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP12.6□□□□□ -0.39
PTPRM-202ENST00000400053 MYT1LQ9UL68 1186 aa12.6□□□□□ -0.39
PTPRM-202ENST00000400053 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa12.57□□□□□ -0.4
PTPRM-202ENST00000400053 SCRIBQ14160 1630 aa12.56□□□□□ -0.4
PTPRM-202ENST00000400053 CLSPNQ9HAW4 1339 aa12.55□□□□□ -0.4
PTPRM-202ENST00000400053 CSRNP3Q8WYN3 585 aa12.52□□□□□ -0.41
PTPRM-202ENST00000400053 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP12.46□□□□□ -0.41
PTPRM-202ENST00000400053 NEUROD1Q13562 356 aa12.45□□□□□ -0.42
PTPRM-202ENST00000400053 MYO15BQ96JP2 1530 aa12.42□□□□□ -0.42
PTPRM-202ENST00000400053 ZBTB47Q9UFB7 747 aaPredicted RBP12.4□□□□□ -0.42
PTPRM-202ENST00000400053 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP12.39□□□□□ -0.43
PTPRM-202ENST00000400053 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP12.39□□□□□ -0.43
PTPRM-202ENST00000400053 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP12.39□□□□□ -0.43
PTPRM-202ENST00000400053 ANP32CO43423 234 aa12.38□□□□□ -0.43
PTPRM-202ENST00000400053 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP12.36□□□□□ -0.43
PTPRM-202ENST00000400053 TRIM52Q96A61 297 aa12.3□□□□□ -0.44
PTPRM-202ENST00000400053 FKBP8Q14318 412 aa12.29□□□□□ -0.44
PTPRM-202ENST00000400053 EIF5BO60841 1220 aaKnown RBP12.28□□□□□ -0.44
PTPRM-202ENST00000400053 NACADO15069 1562 aa12.26□□□□□ -0.45
PTPRM-202ENST00000400053 ANP32AP39687 249 aaKnown RBP12.24□□□□□ -0.45
PTPRM-202ENST00000400053 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa12.24□□□□□ -0.45
PTPRM-202ENST00000400053 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP12.24□□□□□ -0.45
PTPRM-202ENST00000400053 NPM2Q86SE8 214 aaKnown RBP12.24□□□□□ -0.45
PTPRM-202ENST00000400053 NEFMP07197 916 aa12.19□□□□□ -0.46
PTPRM-202ENST00000400053 EEA1Q15075 1411 aa12.19□□□□□ -0.46
PTPRM-202ENST00000400053 P3H3Q8IVL6 736 aa12.17□□□□□ -0.46
PTPRM-202ENST00000400053 ANP32BQ92688 251 aaKnown RBP12.14□□□□□ -0.47
PTPRM-202ENST00000400053 BCL11AQ9H165 835 aa12.14□□□□□ -0.47
PTPRM-202ENST00000400053 NBR1Q14596 966 aa12.13□□□□□ -0.47
PTPRM-202ENST00000400053 CANXP27824 592 aaKnown RBP12.12□□□□□ -0.47
PTPRM-202ENST00000400053 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP12.12□□□□□ -0.47
PTPRM-202ENST00000400053 HNRNPUQ00839 825 aaKnown RBP eCLIP12.12□□□□□ -0.47
PTPRM-202ENST00000400053 MIER1Q8N108 512 aa12.12□□□□□ -0.47
PTPRM-202ENST00000400053 CLIP1P30622 1438 aa12.12□□□□□ -0.47
PTPRM-202ENST00000400053 CEP162Q5TB80 1403 aa12.11□□□□□ -0.47
PTPRM-202ENST00000400053 CECR2Q9BXF3 1484 aa12.11□□□□□ -0.47
PTPRM-202ENST00000400053 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP12.1□□□□□ -0.47
PTPRM-202ENST00000400053 GOLGA3Q08378 1498 aa12.09□□□□□ -0.47
PTPRM-202ENST00000400053 TNIKQ9UKE5 1360 aa12.08□□□□□ -0.48
PTPRM-202ENST00000400053 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP12.08□□□□□ -0.48
PTPRM-202ENST00000400053 GLIPR1L2Q4G1C9 344 aa12.06□□□□□ -0.48
PTPRM-202ENST00000400053 FAM9BQ8IZU0 186 aa12.04□□□□□ -0.48
PTPRM-202ENST00000400053 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP12.03□□□□□ -0.48
PTPRM-202ENST00000400053 SLC24A1O60721 1099 aa12.02□□□□□ -0.48
PTPRM-202ENST00000400053 FBLN2P98095 1184 aa12□□□□□ -0.49
PTPRM-202ENST00000400053 CEP164Q9UPV0 1460 aa12□□□□□ -0.49
PTPRM-202ENST00000400053 CCDC136Q96JN2 1154 aa11.99□□□□□ -0.49
PTPRM-202ENST00000400053 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP11.99□□□□□ -0.49
PTPRM-202ENST00000400053 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP11.99□□□□□ -0.49
PTPRM-202ENST00000400053 MROH2BQ7Z745 1585 aa11.99□□□□□ -0.49
PTPRM-202ENST00000400053 ANP32EQ9BTT0 268 aa11.98□□□□□ -0.49
PTPRM-202ENST00000400053 TONSLQ96HA7 1378 aa11.98□□□□□ -0.49
PTPRM-202ENST00000400053 ARXQ96QS3 562 aa11.97□□□□□ -0.49
PTPRM-202ENST00000400053 ARID3CA6NKF2 412 aa11.97□□□□□ -0.49
PTPRM-202ENST00000400053 UPF2Q9HAU5 1272 aaKnown RBP11.97□□□□□ -0.49
PTPRM-202ENST00000400053 HSP90AA1P07900 732 aaKnown RBP11.96□□□□□ -0.5
PTPRM-202ENST00000400053 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP11.94□□□□□ -0.5
PTPRM-202ENST00000400053 KIF27Q86VH2 1401 aa11.92□□□□□ -0.5
PTPRM-202ENST00000400053 SOGA1O94964 1423 aa11.91□□□□□ -0.5
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 10.1 ms