Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 GGA2-205ENST00000563494 553 ntTSL 523.1■■□□□ 1.293e-6■■■■■ 31.2
SF3B1O75533 GGA2-202ENST00000562117 387 ntTSL 514.08□□□□□ -0.163e-6■■■■■ 31.2
SF3B1O75533 GGA2-217ENST00000570111 563 ntTSL 58.79□□□□□ -13e-6■■■■■ 31.2
SF3B1O75533 UBR4-207ENST00000425413 2954 ntTSL 211.8□□□□□ -0.522e-6■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 TMBIM6-225ENST00000552370 882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC8.97□□□□□ -0.972e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 FDFT1-208ENST00000525777 1472 ntTSL 2 BASIC7.29□□□□□ -1.242e-6■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 ARFGAP1-214ENST00000520485 1548 ntTSL 224.59■■□□□ 1.534e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.464e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.384e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 ARFGAP1-221ENST00000549047 1040 ntTSL 516.68■□□□□ 0.264e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.224e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 ARFGAP1-218ENST00000523460 572 ntTSL 415.52■□□□□ 0.084e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 ARFGAP1-203ENST00000370283 3281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.044e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 ARFGAP1-202ENST00000370275 3467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.034e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 ARFGAP1-212ENST00000519604 3191 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.084e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 ARFGAP1-206ENST00000518601 905 ntTSL 514.38□□□□□ -0.114e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 FTL-201ENST00000331825 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.327e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 PIEZO1-203ENST00000419505 1635 ntTSL 1 (best)21.57■■□□□ 1.044e-6■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.74e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.236e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.26e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.136e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.056e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-220ENST00000519767 970 ntTSL 1 (best)27.88■■■□□ 2.056e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.026e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.026e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.026e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.026e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.026e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.026e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.026e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.026e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.836e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.996e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.726e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.76e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.356e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-221ENST00000520265 336 ntTSL 515.49■□□□□ 0.076e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-201ENST00000230480 993 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.026e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-219ENST00000518824 606 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.096e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-224ENST00000523873 784 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.196e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-225ENST00000523950 954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.226e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-210ENST00000457104 414 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.236e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-218ENST00000518689 630 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.236e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-223ENST00000523125 541 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.236e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-215ENST00000497139 2746 ntTSL 1 (best)13.57□□□□□ -0.246e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-212ENST00000480614 12167 ntTSL 1 (best)9.9□□□□□ -0.826e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 VEGFA-214ENST00000493786 551 ntTSL 28.2□□□□□ -1.16e-7■■■■■ 31.1
SF3B1O75533 PUM1-203ENST00000373742 3515 ntTSL 2 BASIC9□□□□□ -0.971e-6■■■■■ 31
SF3B1O75533 TFG-205ENST00000479672 776 ntTSL 325.55■■□□□ 1.688e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.268e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.18e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 NOC2L-204ENST00000483767 1611 ntTSL 219.95■□□□□ 0.788e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 TFG-207ENST00000487505 913 ntTSL 319.77■□□□□ 0.768e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 MTBP-208ENST00000523373 1219 ntTSL 519.67■□□□□ 0.742e-6■■■■■ 31
SF3B1O75533 TFG-203ENST00000463568 723 ntTSL 318.59■□□□□ 0.578e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 TCF25-222ENST00000568412 797 ntTSL 318.52■□□□□ 0.562e-6■■■■■ 31
SF3B1O75533 VAPA-204ENST00000577901 917 ntTSL 217.57■□□□□ 0.48e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.38e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.278e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 VAPA-209ENST00000585042 567 ntTSL 416.6■□□□□ 0.258e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 UBE2I-219ENST00000568989 498 ntTSL 214.94□□□□□ -0.028e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 TFG-208ENST00000490574 1696 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC14.25□□□□□ -0.138e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 VAPA-202ENST00000400000 6815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.198e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 TFG-202ENST00000418917 1716 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC13.77□□□□□ -0.218e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 PDLIM7-214ENST00000505746 405 ntTSL 513.3□□□□□ -0.288e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 RPL37-202ENST00000504562 505 ntTSL 212.33□□□□□ -0.448e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 MTBP-201ENST00000305949 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.792e-6■■■■■ 31
SF3B1O75533 TFG-204ENST00000476228 1783 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.41□□□□□ -0.98e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 RPL37-205ENST00000509877 637 ntTSL 5 BASIC8.8□□□□□ -18e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 RPL37-203ENST00000507642 425 ntTSL 37.82□□□□□ -1.168e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 GAS5-229ENST00000458220 469 ntTSL 23.67□□□□□ -1.828e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 snoU2-30.1-201ENST00000365012 70 ntBASIC0.68□□□□□ -2.38e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 SNORD72-201ENST00000390994 80 ntBASIC0.44□□□□□ -2.348e-10■■■■■ 31
SF3B1O75533 RANBP1-207ENST00000423859 832 ntTSL 320.07■□□□□ 0.82e-6■■■■■ 31
SF3B1O75533 RANBP1-205ENST00000418705 932 ntTSL 318.21■□□□□ 0.512e-6■■■■■ 31
SF3B1O75533 RANBP1-211ENST00000448394 688 ntTSL 215.79■□□□□ 0.122e-6■■■■■ 31
SF3B1O75533 MTHFR-201ENST00000376486 875 ntTSL 1 (best)21.33■■□□□ 1.013e-6■■■■■ 31
SF3B1O75533 MTHFR-213ENST00000641721 891 nt11.72□□□□□ -0.533e-6■■■■■ 31
SF3B1O75533 RBMX-204ENST00000464781 1852 ntTSL 214.38□□□□□ -0.113e-6■■■■■ 31
SF3B1O75533 RBMX-209ENST00000565438 1292 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.133e-6■■■■■ 31
SF3B1O75533 RBMX-211ENST00000567262 477 ntTSL 513.33□□□□□ -0.283e-6■■■■■ 31
SF3B1O75533 RBMX-201ENST00000320676 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.363e-6■■■■■ 31
SF3B1O75533 RBMX-207ENST00000562646 2148 ntTSL 1 (best) BASIC10.31□□□□□ -0.763e-6■■■■■ 31
SF3B1O75533 RBMX-202ENST00000419968 940 ntTSL 510.21□□□□□ -0.783e-6■■■■■ 31
SF3B1O75533 SF3B1-204ENST00000414963 651 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.024e-7■■■■■ 31
SF3B1O75533 SF3B1-211ENST00000487698 2127 ntTSL 1 (best) BASIC9.87□□□□□ -0.834e-7■■■■■ 31
SF3B1O75533 SF3B1-202ENST00000409915 600 ntTSL 2 BASIC4.64□□□□□ -1.674e-7■■■■■ 31
SF3B1O75533 TEC-201ENST00000381501 3687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.11□□□□□ -0.632e-7■■■■■ 31
SF3B1O75533 TEC-204ENST00000511471 814 ntTSL 58.94□□□□□ -0.982e-7■■■■■ 31
SF3B1O75533 TEC-202ENST00000505452 2446 ntTSL 58.12□□□□□ -1.112e-7■■■■■ 31
SF3B1O75533 FDPS-212ENST00000487002 2017 ntTSL 217.56■□□□□ 0.46e-7■■■■■ 31
SF3B1O75533 FDPS-205ENST00000465559 677 ntTSL 316.83■□□□□ 0.286e-7■■■■■ 31
SF3B1O75533 FDPS-210ENST00000474345 713 ntTSL 316.39■□□□□ 0.216e-7■■■■■ 31
SF3B1O75533 HSPA8-213ENST00000530391 648 ntTSL 322.96■■□□□ 1.273e-7■■■■■ 31
SF3B1O75533 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.943e-7■■■■■ 31
SF3B1O75533 HSPA8-219ENST00000532780 1194 ntTSL 219.25■□□□□ 0.673e-7■■■■■ 31
SF3B1O75533 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.443e-7■■■■■ 31
SF3B1O75533 HSPA8-210ENST00000527387 579 ntTSL 415.17■□□□□ 0.023e-7■■■■■ 31
SF3B1O75533 HSPA8-206ENST00000525624 1048 ntTSL 514.64□□□□□ -0.073e-7■■■■■ 31
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 3078.2 ms