Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
VPS28Q9UK41 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
VPS28Q9UK41 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
VPS28Q9UK41 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
VPS28Q9UK41 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
VPS28Q9UK41 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
VPS28Q9UK41 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
VPS28Q9UK41 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
VPS28Q9UK41 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
VPS28Q9UK41 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
VPS28Q9UK41 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
VPS28Q9UK41 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
VPS28Q9UK41 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
VPS28Q9UK41 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
VPS28Q9UK41 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
VPS28Q9UK41 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
VPS28Q9UK41 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
VPS28Q9UK41 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
VPS28Q9UK41 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
VPS28Q9UK41 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
VPS28Q9UK41 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
VPS28Q9UK41 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
VPS28Q9UK41 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
VPS28Q9UK41 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
VPS28Q9UK41 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
VPS28Q9UK41 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
VPS28Q9UK41 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
VPS28Q9UK41 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
VPS28Q9UK41 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS28Q9UK41 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
VPS28Q9UK41 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS28Q9UK41 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC27.74■■■□□ 2.03
VPS28Q9UK41 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VPS28Q9UK41 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VPS28Q9UK41 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS28Q9UK41 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS28Q9UK41 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
VPS28Q9UK41 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
VPS28Q9UK41 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
VPS28Q9UK41 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
VPS28Q9UK41 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS28Q9UK41 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
VPS28Q9UK41 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
VPS28Q9UK41 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC27.7■■■□□ 2.02
VPS28Q9UK41 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS28Q9UK41 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
VPS28Q9UK41 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS28Q9UK41 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS28Q9UK41 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
VPS28Q9UK41 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS28Q9UK41 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS28Q9UK41 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS28Q9UK41 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS28Q9UK41 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS28Q9UK41 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS28Q9UK41 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
VPS28Q9UK41 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS28Q9UK41 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS28Q9UK41 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS28Q9UK41 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS28Q9UK41 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS28Q9UK41 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS28Q9UK41 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS28Q9UK41 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS28Q9UK41 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC27.57■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC27.57■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC27.53■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC27.53■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
VPS28Q9UK41 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS28Q9UK41 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS28Q9UK41 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS28Q9UK41 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS28Q9UK41 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS28Q9UK41 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS28Q9UK41 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS28Q9UK41 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS28Q9UK41 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS28Q9UK41 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS28Q9UK41 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS28Q9UK41 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
VPS28Q9UK41 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
VPS28Q9UK41 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
VPS28Q9UK41 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS28Q9UK41 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS28Q9UK41 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS28Q9UK41 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms